明翰林院官杨士聪的书信中言，在清占领北京后，很多官绅浮海南归，“泛海诸臣，漂没者七十余艘”，一次就沉没载有南归官吏的船只七十多艘，可见南归的官员之多。这样的情况不断出现，以至于到甲申（1644年）七月，清吏部左侍郎沈惟炳颇为忧虑地上疏道：“大清入来……京官南去不返，似怀避地之心；高人决志林藏，似多避世之举。见在列署落落晨星，何以集事而襄泰运哉……急行征聘，先收人望……此兴朝第一急务也。”
清入主北京后，原来大明官员们“见在列署落落晨星”的状况，与当初大顺入主北京时争先求用的局面形成了鲜明对照，这充分说明了当时的人心向背。
另外，在政治上因为明自建国后一直就有南、北两套政府班子，因此北京虽破，但在南京的六部却纹丝未动，所以直接就接管了北京六部的职权，且不要说还有弘光皇帝在彼。而在地域上，清也只有在北京及附近很小的一块区域内有绝对的军事优势。再看物资上，甲申五月，清兵部右侍郎金之俊上疏说，“西北粒食全给于东南，自闯乱后，南粟不达京师，以致北地之米价日腾”，其实不单是粮食，其他如布匹等物资的生产中心也一样在江南，所以只要南方一掐漕运，北方的衣食马上就会面临巨大的困难，但南明却从来没有试图真正掐断运河这一至关重要的补给线。
而在文化和思想上又诚如顾炎武所言，“易姓改号，谓之亡国；仁义充塞，而至于率兽食人，人将相食，谓之亡天下”。是以明遗臣、百姓在思想文化上的优势和对清的排斥，与在政治、军事上是一样的明显。在这些方面，清不要说和南明比，即使和大顺比，也是明显地处在劣势地位的。
与这样的局面相对应的结果是，在清入关、大顺败出北京后很长一段时间内，清决策集团因此一直没有下定占领全中国的决心。甚至说过分一点，他们是抱着捞一把就走的思想，根本还没有想到这个问题，因为他们很清楚自己的劣势。
多尔衮刚入北京时曾推行剃发，据当时正在北京的张怡在《謏闻续笔》中记载：
剃发令下，有言其不便者曰：“南人剃发，不得归。远近闻风惊畏，非一统之策也。”九王（即多尔衮）曰：“何言一统？但得寸则寸，得尺则尺耳。”
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