马克思主义以前的哲学思想，由于生产力水平的低下，科学知识的肤浅，以及剥削阶级的偏见，不可避免地会产生许多缺陷。孙武的军事哲学当然也不能例外。这里，略举其主要之点分析如下。
（一） 过分旁大贤君良将的作用
历史的发展主要由于生产力与生产关系的矛盾运动，个别的英明杰出或昏庸残暴的人物，固然可以加速或延缓历史的进程，但是推动历史发展的主要力量是广大的物质资料生产者--人民群众。在孙武当时，限于生产规模的狭小.历史发展的脉络还不清楚，加之剥削阶级立场。观点的作祟。因而他在论述国家兴衰、社会变迁时，总是突出君主将帅的作用。他说"知兵之将，生民之司命，国家安危之主也。"（《作战篇》）"夫将者，国之辅也。辅周则国必强，辅隙则国必弱。"（《谋攻篇》）他强调，战争的成功，国家的强盛，只要"明主虑之，良将修之"；"明君慎之，良将警之，此安国全军之道也。"（《火攻篇》）他在分析殷周朝代更迭的历史时说："昔殷之兴也，伊挚在夏；周之兴也，吕牙在殷。故惟明君贤将，能以上智力问者，必成大功。"（《用间篇》）对于殷、周两个朝代的兴替，他也归因于"明君贤将"的"以上智为间"。归因于伊尹、吕尚等个别杰出人物的活动。
应当指出，孙武强调个别明君贤将在国家兴衰、人民存亡中的作用，是有其历史的原因的。在当时，有些明君贤将确实在国家的政治、经济、军事上作出了卓越的贡献，而有些昏君庸将对国家和人民造成了不可弥补的损失。如春秋初年的齐桓公，任用管仲改革，使国势蒸蒸日上，"一战帅服三十一国"（《国语·齐语》）"九合诸侯，一匡天下"（《论语·宪问》）；晋文公也任用狐偃等人进行"利民"、"教民"的改革，在城濮与楚"一战而霸"（《左传·僖公二十七年》）。战国时期的秦孝公，任用商鞅变法，同样使"兵革大强，诸侯畏惧"（《战国策·秦一》），奠定了秦国统一六国的基础；而赵孝成王听信秦的反间计，以赵括代廉颇为将，致使赵军大败，数十万之众降秦而被活埋。"赵前后所亡凡四十五万"（《史记·廉颇蔺相如列传》），国家濒临覆灭的边缘。历史唯物主义并不否认个人在历史上的作用，从这个角度来讲，孙武的上述言论，有其合理的一面。但是他过分夸大个人的力量，把"知兵之将"，说成"生民之司命'和"国家安危之主"；把殷周的兴起，说成是由于个别"为间者"之"成大功"，而不从经济、政治、军事和人心向背等方面去分析，这不能不是失之偏颇的。
（二） 贬低人民群众的创造力
在夸大明君贤将个别英雄在历史上作用的同时，孙武又极力贬低人民群众的创造力。他主张将军指挥作战，要"能愚士卒之耳目，使之无知；易其事，革其谋，使人无识；易其居、迂其途，使人不得虑"（《九地篇》）。在这里，将军是独断一切的英雄，军中无论什么"事"、"谋"，"居"于何地，路经何"途"，都由他来决定；而军中的士卒（实际上是人民群众），只是一群"无知"、"无识"、"不得虑"的愚氓，听凭将军的摆布。孙武并把士卒比作"群羊"，认为将军指挥士卒，"若驱群羊，驱而往，驱而来，莫知所之"（同上）。"群羊"当然是没有任何创造才能，只能听人驱使的动物。孙子还把士卒比做"木石"。他说："任势者，其战人也，如转木石。木石之性，安则静，危则动，方则止，圆则行。故善战人之势。
如转圆石于千仞之山者，势也。"（《势篇》）孙子认为，把士卒象木石一样，放在适当的位置，就能造成对敌人的"势"：借助这股"势"而"转木石"，就能克敌制胜。这里士卒又成了任人安置转动的、没有任何思想意向的物品。
不过，由于历史经验和战争实践的教训，孙武在一定程度上也能看到人民群众的力量。他列举战争中应当通晓和熟悉的"五事"，其中第一件就是"道"。他解释说："道者，令民与上同意也，故可以与之死，可以与之生，而下畏危。"（《计篇》）
民众与国君意愿一致，同心同德，生死与共，就能产生巨大的物质力量，保证战争赢得胜利。孙武又曾指出"上下同欲者胜。"（《谋攻篇》）这也是阐明同样的道理：下层的民众和上层的君主、将帅，和衷共济，同仇敌忾，是战争取胜的保证。孙武还告诉将帅，必须爱护士卒："视卒如婴儿，故可与之赴深溪；视卒如爱子，故可与之俱死。"（《地形篇》）显然，将帅对士卒态度的好坏，决定了士卒在交战中能否出力拼搏。这对战争的胜负关系极大，在谈到晋国六将军谁先灭亡、谁能成功时，孙武指出：赵氏制田宽，税敛薄。这样。"公家贫，其置士少，主敛臣收，以御富民，故曰固国，晋国归焉"（银雀山汉墓竹简《孙子兵法·吴问》）。他把经济上 给民众以好处从而获得民众的拥护，作为国家强固、政权归属、兼并成功的关键。
这里孙武已经朦胧地看到，人民群众在战争和社会变化的过程中有着不可小视的力量。孙武的历史观在看待帝王将相和人民群众在历史上的作用这个问题上，显然是存在着矛盾的：剥削阶级的偏见，使他过分夸大明君贤将的作用和贬低人民群众的创造力：而历史的经验和战争的实践，又使他认识到人民群众力量的强大。在矛盾着的这两方面中，应该说，前者是其主要方面。在孙子那里，明百贤将是历史的主宰，而人民群众则处于被利用的地位。
（三） 处理问题有时绝对化
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