辩证法要求，观察问题考虑到多方面的联系和各种各样的可能，避免片面性和绝对化。孙武的辩证法思想是朴素的、直观的，他不能自觉地贯彻始终，因而在论述某些问题时，又表现出片面性和绝对化的倾向。
例一，在速和久的问题上，孙武强调速胜，反对持久。他说："其用战也（贵速）胜。久则钝兵挫锐"；"夫兵久而国利者，未之有也"；"故兵贵（速）胜，不贵久。"（《作战篇》）战争中贵速胜，还是贵持久，要看具体情况而定。如果一个强大的国家去攻击一个弱小的国家，那当然是贵速胜；但是，如果一个大而弱的国家去对付一个小而强的国家，这就无法速胜而只能采取持久战的方针。更确切地说，应该在战役上取速胜，而在战略上取持久。只有积小胜为大胜，坚持长期作战，才能制胜强敌。孙武认为："夫兵久而国利者，未之有也"，实在是片面之见。
例二，用单纯的数量来判断战争的胜负。孙武说："兵法：一曰度，二曰量，三曰数，四日称，五曰胜。地生度，度生量，量生数，数生称，称生胜。"（《形篇》）军队的数量，只是决定战争胜负的一个条件。决定战争胜负的，还有其他许多条件，比如士兵的素质、将帅的才能、战术的巧拙、人心的向背等等。历史上有过大量的以少胜多、以弱胜强的战例。因此，简单地用"数"、"量"来推断胜负的做法，是缺乏辩证的观念的。
例三，作战方法总结得过于机械、绝对。战争中采用何种作战方法，要根据各方面的具体条件而定。孙武总结的用兵"八戒"，如"归师勿遏，围师遗阙，穷寇勿迫"（《军争篇》），不问时间、地点、条件、敌我双方的情况，机械地规定一个死板的公式，这就违背了辩证法的原则。在春秋时代，已经有不少狙击归师、围师不缺。追迫穷寇而取胜的例子。因此，孙武所列举的这一类"用兵之法"的公式，只能是以偏盖全，把局部经验当成普遍规律的东西。
上述片面性和绝对化的弊病，主要是由于当时战争的规模还比较小，时间也比较短促，武器又甚为原始，作战的方法也不够多样，战争实践还处于低级阶段限制了孙武的视野；同时，孙武在思想方法上也存在着缺陷，他判断事物往往喜欢用全称的、必然的形式，在有些场合显得不够全面和细致。他虽然指出"智者之虑，必杂于利害"，但对这一原则并不能贯彻始终。
（四） 杂有某些不科学的成分
由于当时科学水平的限制，迷信思想的盛行，在孙武论述军事的著作中，也杂有一些违反科学的成分和属于迷信思想的东西。例如《孙子·火攻篇》中谈到"发火有时，起火有日"。对于起火之日，孙武阐述说："日者，月在箕、壁、翼、轸也。凡此四宿者，风起之日也。"原来中国古代的天文学，把天球分为东、南、西、北四个区域，每个区域配以七个星座。其具体配置是：东方为角、亢、氐、房、心、尾、箕；北方为斗、牛、女、虚、危、室、壁；西方为奎、娄、胃、昴、毕、觜、参；南方为井、鬼、柳、星、张、翼、轸。上述二十八个星座，即称为"二十八宿"。据古代传说，在这二十八个星宿中，有司雨之星、司风之星、司战之星等等。如果月亮在司雨之星宿，那末世界上就多雨；在司风之星宿，世界上就起风；在司战之星宿，则会爆发战争。孙武所说的"箕、壁、翼、轸"，传说都是司风之星，其中尤以箕星为最。故风神有"箕伯"之称。张衡《思玄赋》云："属箕伯以函风矣。"（《文选》卷十五）应劭《风俗通义·祀典·风伯》条曰："风师者，箕星也。箕主簸扬，能致风气。"《书·洪范》说："星有好风，星有好雨。"《史记·宋世家·集解》引马融曰："箕星好风。毕星好雨。"可见这种说法流传之深广。但是，箕星等四宿好风，是完全没有科学根据的；月在这四宿就是"风起之日"，更属无稽之谈。
再如，汉简《孙子兵法·黄帝伐赤帝》篇论述黄帝伐赤帝、黑帝、白帝，汤伐桀，武王伐纣，皆用"右阴、顺术、倍（背）冲"的方法取得胜利，"大灭有之"。接着，便称赞"一帝二王皆得天之道"。孙子所谓"右阴、顺术、倍（背）冲"，是古代流行的在战争中讲究左右、阴阳、逆顺、向背等所处方位的迷信思想。这种讲究方位的迷信思想，同样是没有科学根据的，在战国时代受到尉缭、韩非等唯物主义思想家的批判。尉缭在分析黄帝所以能百战百胜的原因时说："刑以伐之，德以守之，非所谓天官时日、阴阳向背也。黄帝者，人事而已矣。"（《尉缭子·天官》）韩非在阐述战争取胜的条件时指出："龟策鬼神不足举胜，左右背乡（向）不足以专战。然而恃之，愚莫大焉。"（《韩非子·饰邪》）尉缭把"阴阳向背"与"人事"对立起来，韩非又把"左右背向"与"龟策鬼神"相提并论，认为"恃之愚莫大焉"，可见讲究方位上的阴阳、左右、向背，带有神秘的色彩，它与作战应占据有利地形的战术无夫。孙子把月在"四宿"会起风之类的没有科学根据的传说。以及"右阴、顺术、背冲"会取胜之类的迷信思想，掺进了他的军事学著作，结果在他唯物主义无神论的世界观中蒙上一丝神秘主义的阴影。
孙武的哲学思想虽然是朴素的、直观的，且存在着上述一些局限和缺点，但是由于它与战争这种最活跃的实践活动结合在一起，因此就显得相当丰富、深刻。这里同样闪烁着孙武智慧的火花，凝结着他孜孜探索的思维成果。他的"不可取于鬼神"的朴素唯物主义的世界观，"作之而知动静之理"的从实践出真知的认识论，"敌佚能劳之，饱能饥之，安能动之"、"智者之虑，必杂于利害"等观察处理问题的辩证方法，不仅在当时的哲学界处于领先地位，而在整个中国哲学发展史上也是卓有建树的。
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