中山文化教育馆（总理陵园内）损失中日文书籍58735册，西文书2654册；
金陵女子文理学院图书馆，战前馆藏中西文图书十万余册，战时除带出数千册外，均为日伪所掠，战后收回2万多册。被抢的重要图书就有1700册，包括湖北官书局版之十三经注疏毛边纸本王应腴玉海、古香斋本史记、汲古阁本汉书、竹简斋本三国志、扫叶山房本资治通鉴正续编、扫叶山房本子书33种，汉碑30种；
金陵大学图书馆战时损失中文图书21353册，西文图书4373册，中西文杂志合订本73928册。
国民政府文官处及各部会的图书损失，估计不下60万册。如1946年11月1日国民政府考试院秘书处函件指出，“查本院图书馆抗战前收藏图书在10万册以上，二十六年政府西迁，因交通关系所有图书并未迁移，本年复原，曾由南京区清理文物委员会发回图书若干，但截至最近综合仍不及原数五分之一，即收回图书亦多残缺不完，损失之巨概可想见”。如此考试院一处就损失8万册以上。内政部图书馆也损失图书92146册。国立编译馆图书，“因前后二者相距之数目太远，原始清册或遭破坏，或遭销毁，已无从查考”。中国第二历史档案馆档案，全5，卷11685。然抗战胜利后该馆回迁时，因“怡康轮”于长江中失事，所载运之精要图书37箱全遭损失。
南京的图书损失究竟有多少？这恐怕已成为历史之谜。其实，上述统计是极不完全的，统计在册的公方损失为四十余万册，但本文所列举的中央图书馆、省立国学图书馆、中央研究院、地质调查所、中山陵园、内政部、考试院所损失图书的翔实可考数51万册，再加上南京各高校、国民政府部会、南京市立图书馆的损失数，结果必定惊人。
1937年10月12日，江阴县南菁中学图书馆被炸，馆藏清代著名学者王先谦的大量宋版珍贵图书一万多卷全部被焚毁。《中华图书馆协会会报》，1938年13卷，第4期，第20页。
苏州图书馆的损失，战后检点发现，图书损失3038种，12798册；杂志期刊927种，15136册；报纸合订本26种1747册；版本损失22种，18179片。此外，苏州东吴大学校舍破坏严重，图书散佚甚多。
私立无锡国学专修学校，原有图书8万册，战时损失过半。教育部教育年鉴编纂委员会：《第二次中国教育年鉴》，商务印书馆1948年版。
1940年5月，日本中支那派遣军胜字第4218部队长田清清郎陆军少佐在江苏省嘉定县外冈镇，劫走地方志535种、《图书集成》及殿版《二十四史》各一部。《汉籍在日本的流布研究》，江苏古籍出版社1992年版，第198页。
浙江省立图书馆藏书有清朝文澜阁四库全书及许多善本书籍。1937年至1945年，该馆为保存四库全书，历尽艰辛，迁徙于浙江、贵州、四川等省。因馆舍被毁不能使用，藏于龙泉的善本、方志，以及留在杭州的报纸、合订本杂志等，多被盗卖，或散落于外省。该馆损失国学书局版片十余万片。
国立浙江大学战时先后六次迁移，损失图书31880册，期刊1000种3500卷。
国立杭州艺术专科学校，战时图书损失过半，1946年迁回杭州时只存7394册。浙江省图书馆志编纂委员会编：《浙江省图书馆志》，中国图书出版社1994版。
私立之江文理学院图书馆，战前中文图书34354册，西文图书9248册，战时只运出西文图书约1500册，其余图书落入日军手中。沦陷期间日军将部分图书移藏于上海亚洲文会图书馆，战后学校才得以领回，其余则不知下落。教育部教育年鉴编纂委员会：《第二次中国教育年鉴》，商务印书馆1948年版。
浙江省嘉兴图书馆规模不大，也被劫走古文献274种，该馆所藏稿本13种全被夺去。13种稿本名为：半间偶录、石经阁日钞、会同县乡土志、芷村手记、冯柳东诗稿、官同苏馆遗集、疑症汇纂、关岳事迹考、愫庵遗著五种、骈体通义、小暴书亭吟稿附焚余稿、古瓶小草、花土苴附小种字林柱铭。《汉籍在日本的流布研究》，江苏古籍出版社1992年版，第200页。
安徽省立图书馆1935年已有藏书17657种，94515册，包括本省方志八十多部以及春秋楚器718件。抗战军兴，该馆首将馆藏善本图书及线装古籍三万多册运藏桐城罗家岭，普通图书四万多册运六安，拨给第一临时中学使用。1938年6月，临中遭日本飞机轰炸，图书散毁殆尽。1940年安徽省立图书馆在立煌恢复，搜集皖北各地残余图书，又从桐城罗家岭藏书中选运一批善本及版本较好的图书，馆藏已达四万多册。1943年元旦，日军入侵立煌，全部藏书毁于日军之火。
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