《尚书》是我国最古老的一部历史文献，它保存了许多殷周时代的原始材料，具有根高的史料价值。但是，由于《尚书》的版本和内容经历过曲折离奇的变化，所以围绕着《尚书》，产生了种种的疑问和争端。两千年来，数以百计的学者，参加了《尚书》问题的辩论。
引起争论的第一个问题，是汉代《尚书》的今古文版本问题。
《尚书》的成书是在先秦，最早的本子应该是用古文字写的。然而，这种古文字本《尚书》，由于秦代的统一文字、焚烧诗书以及秦末的战火而亡佚了。西汉初年，曾在秦始皇时担任过博士的伏生传出一个《尚书》残本，先是流传于齐鲁民间，文帝时由晁错笔录，带回朝廷。这个本子是用当时通行的隶书写的，故而被称为今文《尚书》。不久，鲁恭王刘余在孔子故宅中又发现了另一个《尚书》残本，由孔安国加以整理，献给了朝廷。这个本子，据说是用古文字写的，所以被称为古文《尚书》。今文《尚书》，古文《尚书》，究竟哪一个本子是先秦的真本呢？复杂的争端就此开始了。
西汉时，相信今文《尚书》的人在学术界占绝对优势，官方的博士都是今文派，古文《尚书》只在民间流传，没有立于学官。到西汉末，刘向、刘歆父子因为看到了中秘书里的古文本子，遂竭力提倡，要求把古文《尚书》也立于学官。刘歆的《移让太常博士书》，就是和当时的今文博士进行辩论的名文。这场辩论，以刘歆的失败而告终。整个西汉一代，相信古文《尚书》的人始终是少数。东汉时，形势逐渐发生了逆转，虽然官方仍然只承认今文《尚书》，但是在学术界，经过杜林、贾逵、马融、郑玄等经学大师的倡导，古文《尚书》日趋风行，今文《尚书》却显得暗淡无光了，到汉末魏初，古文派郑玄的《尚书注》，不仅立于学官，而且风靡一时，伏生所传的今文《尚书》，则由于失势而流传日少，到西晋永嘉之乱以后，就彻底失传了。
不久，社会上又出现了一部标榜为孔安国真本的伪古文《尚书》。这部伪书，不仅在短期内取得了和郑注《尚书》并行的地位，而且越来越得势，排挤了郑注《尚书》。渐渐地东汉以来的古文《尚书》也失传了。
尽管今、古文《尚书》本子相继失传，但争论却并未结束。宋、元、明、清的学者，如吴棫、朱熹、吴澄、梅赜、阎若璩、孙星衍等，在辨析伪古文《尚书》的时候，都力求把《尚书》的版本还原成马融、郑玄等人所注的本子，即东汉流传的古文《尚书》，他们相信那就是孔安国所传的《尚书》真本。但是从清中叶起，又出现了另一种意见，不少学者对汉代的古文《尚书》表示了怀疑。例如，龚自珍在《总论汉代古文今文名实》一文中提出，无论是孔安国的《尚书》，还是伏生的《尚书》，未读之前都是古文，已读之后都是今文，这就好像翻译外国书，原本是一个，只是译主不同。因此，他认为汉代不存在什么古文《尚书》的问题。魏源在《书古微》一书中，则否认东汉古文《尚书》的可靠性，认为这个本子并非西汉孔安国所献的那一种。
康有为的《新学伪经考》干脆连孔安国献古文《尚书》的事也加以否定，认为这是刘歆编造的谎言，而所谓古文《尚书》，乃是刘歆一手伪造出来的，只有伏生所传的今文《尚书》，才是唯一可靠的《尚书》真本。
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