作为“曼哈顿计划”主任的奥本海默，为原子弹试验的成功，付出了艰辛的努力。正如洛斯阿拉莫斯实验室的人们所言，没有奥本海默的非凡领导，原子弹赶在战争结束之前试验成功是不可能的。但这种成功既是他一生的骄傲，更是他一生的负担，可说是一场噩梦的开始。
在美国向日本投掷两颗原子弹，将广岛、长崎变间地狱之后然，尽管奥本海默在内心里充满了悔恨和痛苦并一直为之内疚，但他依清醒地说，“如果世界上的人们不了解这样一种新型武器已经问世，这场战争还会继续下去。如果原子弹依旧是一个军事秘密，那么下一次大战必定是一场原子弹战争，并且会被用来进行突然袭击。”也许对他的话，人们莫衷一是，但二战后几十年来人类再无世界大战发生，这其实正印证了他的观点：全人类恐惧核战争！未来的世界大战再不会有胜利方！这也许是奥本海默一生为之内疚、担忧，也一生应感到欣慰的地方。
悲剧同时让有责任感的科学家们清醒。以致1947年美国决定发展威力更大的氢弹时，奥本海默坚决反对，他甚至曾面对美国总统杜鲁门表示：“我们科学家的双手沾了血。”向一名政治家说流血，奥本海默真是太天真了，简直是自取其辱。可他顾不了那么多。
二战结束后，代之是可怕的“冷战”。一直有“通共”嫌疑的奥本海默在1953年被控告对国家不忠。第二年，在政府举行的一次听证会上，尽管没有发现其犯有叛国的罪证，美方仍决定他不能再接触军事机密，并解除了他的职务。但与此同时，他的“原子弹之父”的声名也更加响亮。
被解职后，美国科学家联合会对他被审查进行抗议，认为他是、排外的麦卡锡主义的牺牲品。肯尼迪担任总统后，建议为在普林斯顿大学任教的奥本海默颁发“费米奖”，以示平反。但不幸的是肯尼迪遇刺身亡。他的继任者约翰逊在1963年为奥本海默颁发了费米奖，但只是在形式上的恢复了他的名誉，仍不允许他介入军事秘密。
1965年，患了肝炎的奥本海默，身体逐渐衰弱，翌年退休。1967年，因患喉癌在普林斯顿去世，遵照他的遗嘱，火化后，将其骨灰撒在了维尔京群岛。
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