1927年，接替普朗克担任柏林大学理论物理学教授的薛定谔，对波动力学进行了更为深入地研究，并先后发表了《波动力学论文集》和《关于波动力学的四次演讲》。但好景不长，1933年，面对纳粹政权迫害，薛定愕不得不弃职移居英国牛津。但值得欣慰的是他在背井离乡的路上，迎来了诺贝尔物理学奖。三年后，回到故国的薛定谔在格拉茨大学任教。不久奥地利被德国吞并，在纳粹的严重迫害下，口袋里仅有十枚银币的薛定谔带着妻子先后流亡于意大利和美国，后来被邀请到都柏林理论物理学校任教。
都柏林的生活相对稳定，在这里他迎来了“天赋的第二个春天”。1944年，薛定谔在《生命是什么？——活细胞的物理面貌》一书中，依据热力学、量子力学和化学理论对功能细胞做出了合理的解释，认为生命的要素通过其化学和物理的性质可以被完全获知。这是理解生命中神秘事物的一次有力尝试，书中虽然有些错误，但仍不失于20世纪最具有影响力的科学著作。薛定谔也因此被人们尊称为分子生物学的先驱。
薛定谔在对科学研究的同时，从来没有停止哲学思考。被称为“薛定谔的猫”的假定试验中“既死了又活着的猫”的结论，即让量子理论陷入了困惑，又为哲学制造了难题。
这个实验虽然简单，但提出的思想十分尖锐，扎得哥本哈根学派无力反击。但他试图用连续的波动图象反对哥本哈根学派愿望并未成功。此后，薛定谔从古印度的吠檀多哲学找到了精神的皈依，转向寻求科学与自然、自我与宇宙精神的统一。并先后出版了《科学与人文主义》、《大自然与希腊人》、《心与物》、《我的世界观》等哲学论著和文集，在当时哲学界引起了广泛的关注，被著名物理学家西蒙尼称为 “20世纪物理学家中最为引人注目的哲学家”。
1956年，年已古稀的薛定谔回到了阔别20多年的家乡，奥地利政府再也拿不出与他相配的奖项，只得为他颁发第一届薛定谔奖。1961年1月4日，薛定谔在自己出生的地方离开了人世，走完了他光辉而又伟大的一生。
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