科学试验证实，人体血液中汞的安全浓度为1微克/10毫升，当到达5-10微克/10毫升时，就会出现明显中毒症状。经计算，如果一个人每天食用200克含汞
0.5毫克/公斤的鱼，人体所摄入的汞量恰好在此安全范围内。然而，经测定水俣湾的海产品汞的含量高达每公斤几十毫克，已大大超标，加之人们每天还要搭配其他食品，其中也可能含有一定量的汞，这样全天摄入的总量就更是大大超过安全限度标准了，每天就相当于在慢性自杀，终会有爆发的那一天。
1964年，日本西部海岸的新泻县阿贺野川流域昭和电工公司也是不顾环境的利益，任意排放含汞污水。该地也出现了水俣病，在很短时间内患病者增加到45人，并有4人死亡。这使人们进一步认识到，汞污染能给生命财产带来巨大的损失。
1968年9月，日本政府确认人们生病确实是由于长期食用受含有汞和甲基汞废水污染的鱼、贝。病从口入的说法一点也不假。
1972年日本环境厅统计，水俣市的180名病患者中已有50多人死亡。新泻县阿贺野川的病患者102人，其中有8人死亡。共有283人受到严重毒害或死亡。事实上远远不止这个数目，仅水俣市受害的居民已有1万人左右。但日本氮肥公司长期以来以保密为借口，拒不提供工艺过程和废水试样，致使水俣病一直拖了6年才弄清楚。受害的只能是人民群众，这些坑蒙拐骗的公司发的是昧心财。
铁的事实已经摆在所有人的面前，但是氮肥厂却责令该厂医院的试验者严加保密并拒绝承认事实，加之当时政府只注重发展经济，完全没有考虑环境保护和居民的安全，地方政府极力反对公开事实的真相。这一切的一切使得从1956年发现水俣病的病因，到1968年日本氮肥厂停止排放含汞废水，期间共拖延了整整12年的时间，使水俣病在当地不断蔓延，给人民群众造成的危害不是用金钱所能估计出来的，更多的是留在人心中的痛。
到1967年8月，在400只猫以醋酸厂废水作试验全部得水俣病的事实面前，该公司虽然不得不承认该厂含汞废水污染带来的灾害，但仍继续排放含汞废水，对人民群众的身体健康问题置若罔闻，一点悔改的迹象都没有。直到1972年仍有渔民不断地向该公司提出抗议，举行游行示威，但力量非常的有限。
1979年3月23日上午10时，在熊本地裁刑事二部对原氮肥公司经理吉冈喜一（时年77岁）和造成水俣病的工厂原厂长西田荣一（时年69岁）进行公判。裁判长右田实秀宣判：因企业活动引起的公害犯罪，必须严格追究组织上的管理者的责任，但考虑到两被告年事已高，分别判处他两人监禁2年缓期3年执行。这是日本历史上第一次追究公共场所害犯罪者的刑事责任。
目前已知水俣市的受害者数多达1万人，死亡人数超过1000人。到1997年5月，水俣病的赔偿金才全部到位，共10355人得到赔偿，氮肥厂为此而支付的赔偿金额和医疗费、生活费等费用累计超过300亿日元。另一方面，为了恢复水俣湾的生态环境，日本政府花了14年的时间，投入485亿日元，将水俣湾深挖4米才把含汞底泥全部清除。同时，在水俣湾入口处设立隔离网，将海湾内被污染的鱼统统捕获进行填埋。在整个水俣病公害中，日本政府和企业至少花费了800亿日元。如果当初能够注重对环境的保护，也许一切就不会发生，也许一切就都可以避免，政府也不用这么“赔了夫人又折兵”，但是历史不容假设，我们只能在以后的日子尽量避免类似的事情发生。
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