败亡原因之一，便是门户之见特深，党同伐异。其排斥异己之厉害程度，几乎到了凡不是东林党人，就不是什么好人；凡和东林党政见不一致的，就必然是不正确的地步，东林党的一切，几乎成了唯一的判断标准。《明史》崔景荣、黄克缵传中，对此现象有几句话说得可谓淋漓尽致：
崔景荣、黄克缵皆不为东林所与，然特不附东林耳。方东林势盛，罗天下清流，士有落然自异者，诟谇随之矣。攻东林者，幸其近己也，而援以为重。于是中立者类不免蒙小人之玷。核人品者，乃专以与东林厚薄为轻重，岂笃论哉？
说几句公道话或者政见不同的中立者，就不免要担小人之恶名被其所攻，而人品之好坏又全以和东林关系之近远而论，这是一种何等可怖的情形。崔景荣、黄克缵、毕自严等人，只不过和东林党人在“三案”等问题上意见有所不同，便为其攻击不已；又如弹劾方从哲庇李可灼等事，凡此种种非止一端，比比皆是。正是这种举动，使得东林党丧失了大批中间派人士的支持，甚至把他们推向了对立面，无端给自己制造了不少敌人。
败亡原因之二，是行事偏颇，持论过苛、过激，导致与东林本无大碍者最终酿成大祸。如本文所叙的阮大铖，后来苦苦讨饶却依然被攻杀，十多年后，终于在弘光朝大肆报复便是一例。甚至连魏忠贤在某种程度上也可以归入此类，关于这点，东林党人夏允彝曾经有过这样一番反思：
（诸贤）咸清激操论，不无少苛，人益侧目。大珰魏忠贤阴持国柄，初亦雅意诸贤。而诸贤以其倾杀王安，弥恨恶之。周宗建、侯震旸等相继纠弹，并及客氏。客氏者，熹庙之乳母而与忠贤私为夫妇者也。上于庶务皆委不问，宫中惟忠贤、客氏为政。向高故欲调停之，而诸贤必欲逐去为快。杨涟二十四大罪之疏上，遂为不共仇。夏允彝：《幸存录》。
魏忠贤和王安之争，本质上只是内廷太监之间的争权夺利，原本并无太多政党、政见之异同成分在内，而当时的魏忠贤也一度颇倾心于东林，盖东林实为当时朝中最大的一股政治势力，谁愿无故与其为敌哉。东林党若是纯为宗庙社稷计，则先前既能联王安，何以独不可联魏忠贤？其孜孜于王安者，实因王安先通东林，此无非亲疏之别耳。又，自神宗亲自当政后，其虽任用内监为之虎狼天下，然太阿独持，并无内监勾通外臣把持朝政之事。而明季之外臣通内，内外勾结把持朝政者，实始于天启初东林通王安。东林开此风气之先，乃无可辩驳之事实。
然东林党人自己做得，却不容别人说得，如阮大铖因《七年合算》疏而被报复十七年之久；更不容别人和他们一样做得，如魏广微于天启二年通魏入阁，去拜见星被斥为“见泉无子”而三拒之。至于激成仇隙，此又做何解哉，谁又能谓东林党人于此无过焉？
东林之中并非无人认识到这一点，只是发展到后来他们已势单力薄，根本无力控制局面。如叶向高、邹元标、黄尊素等人，虽然凭藉位高望尊而一直努力调停东林与各方面的关系，但终因部分东林党人的固执己见而徒劳无功，陷入无可挽回之境地。甚至这些温和派也因其调停之举受到了来自东林党内部的攻击，以至对他们的人品也提出了质疑。那些东林党人持论之苛激，于此可见一斑。
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