儒家的仁治思想虽使刘备在领导工作上受益莫大，但也存在许多明显的局限性。
首先，儒家的“仁”是主张爱有差等，这就导致刘备在处理集团内部的关系时，有较明显的亲疏之别。比如刘备在决定自己的王位继承人时，在义子刘封和亲子刘禅之间要选择其一，当他征求军师诸葛亮的意见时，诸葛亮答道： “此家事也，问关、张可矣。”(第七十六回)这样的大事，诸葛亮竟然觉得难于参与，只好投了弃权票。以诸葛亮的态度中可以揣测，在事关“立太子”这样的大事上，就算崇尚“仁”的刘备，也难免受非常复杂的情感因素所左右，孔明“推”得实在高明，尽显微妙。又如刘备自领益州牧时，同时封关羽为荡寇将军、汉寿亭侯；张飞为征虏将军、新亭侯；赵云为征远将军；黄忠为征西将军；魏延为扬武将军；马超为平西将军。六员虎将均封为将军，但其中惟有关羽、张飞另加侯爵，连赵云这样的心腹爱将亦不能与关、张平列，而给官员的赏赐又是按等级差别给予的(见第六十五回)，这就不难见其亲疏之别。这种不能平等对待部下的领导方式很容易带来消极的后果，仅仅由于刘备在人际关系上的倍加殷勤才侥幸补偿了这一局限。
其次，仁治思想在领导工作上的另一种消极影响是，当领导集团变得庞大时，主要领导人不可能和每一成员保持“食则同桌，寝则同床”的交往，感情联络稀少。从而，曾经促使集团发展的方式会变成限制集团发展的方式，甚至有些旧部可能会因感情联络变得稀少而产生怨情。比如蜀中豪杰彭羕在刘备攻西蜀途中，进一言救了刘备数万人性命，受到重用，但刘备称帝前，彭竟因刘备待他昔厚今薄而背地辱骂，并企图联络孟达，挑动马超谋反。蜀国政权的上层人物主要由两部分组成，其一是刘备收川前四方征战长期跟随的骨干，其二是收川过程中刘璋手下的降将，其他来源的官员极少。儒家的仁治思想，导致庞大集团内部的封闭性，窒息了领导集团的吸收功能，以至使西川内外的再生人才无法跻身于领导集团，发生“蜀中无大将，廖化作先锋”的可悲情形，这不能不说与刘备贯彻仁治思想有很大关系。
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