这年11月，罗斯福要国务卿赫尔向东京下达最后通牒，要求日本完全从印度支那和中国撤军以保护门户开放，从而迫使日本采取行动。日本外相首次提出谈判要求，遭到总统的拒绝，在日本谈判者到达华盛顿之前，1941年 12月3日，美国海军截获并译出了日本要求“同美国进行战争，同英国进行战争”的电讯。4天后爆发了对珍珠港的袭击事件，美国被迫参战。美国参战以后，又有十多个国家对德意日轴心国家宣战，世界大战进入了一个新的阶段，接着美英苏三国研究制订迅速开辟欧洲第二战场的计划，并在英国大量收集储存武器。这样杜邦公司又面临火药产销一个千载难逢的大好时机。
拉蒙立即把杜邦公司从事化学品生产的工厂，迅速地转入生产炸药、毒气和其他战争中的重要材料，这时拉蒙控制着世界上最大的军火工业，按照他提出的高价跟政府签订了生产火药的大合同。杜蒙简直是乘国之危，趁火打劫。他说现在是销售者卖方市场，买方急需要货，那就必须按照卖方的价格。1942年9月，正值美海军与日本进行关岛之战时，苏德正进行斯大林格勒之战时，他大言不惭地说：他们需要我们所拥有的东西，好，让他们付出相应的高价吧。杜邦公司生产了40.5亿磅的火药。大约相当于战时全国总产量的70％，比杜邦在第一次世界大战时的产量增加了3倍。杜邦的非火药生产和营业利润甚至更大。
这一时期，瓦尔特·卡班达全力抓非火药产品的生产与销售，他组织开发部的人员研制出适应战争需要的新产品，投放市场，杜邦公司的尼龙代替了日本丝质降落伞、滑翔机的索引索和热带用的蚊帐。杜邦漆被涂上了整个海军舰队的舰身。杜邦染料被用于军服，杜邦阻冻剂使军车能在冬天行驶，杜邦玻璃纸用于包装给养、药物和供给品。单单一个杜邦公司就制造出 86件独一无二的超级空中堡垒轰炸机的配件。战时经济耗费了相当于 5.0929万英里的杜邦35厘米胶卷，3800万英里尼龙降落伞布，9290万磅玻璃纸和1100万磅滴滴涕。杜邦公司又获得了超额利润，仅1941年他们就获得净利7700万美元，1942年年度报告销售收入4.98亿美元，获红利近500万美元，是杜邦公司140年历史上生意最大，赚钱最多的一年。
战争需要军火，战争也需要汽车，通用汽车公司的生产十分火红，战争期间其销售额达140亿美元，杜邦从中获得了巨大红利，仅1941年，就捞得红利3700万美元。对杜邦家族来说，这场战争的胜负与他们无关，数千万人流血牺牲与他们无关，他们关心的只是如何更多地赚钱，更可耻的是，在美国和德日交战中，他们仍信守过去同德火商签订的销售合同，对敌人的军火生意照做不误。
然而正如中国有句俗话所说的，又想当婊子，又想立牌坊。拉蒙深怕杜邦家族又会像在第一次世界大战时一样，被人冠以“死亡贩子”的称号。因此，他一方面在做昧良心的生意，一方面又搞宣传活动，标榜杜邦家族的爱国精神与行动，企图改善杜邦家族在民众心目中的形象，但是真正的爱国者，不是杜邦家族的人，而是那些老实遵守罗斯福“坚守岗位的号召”和冻结工资政策和不准罢工的法规而拼命干活的工人，杜邦公司就靠工人们的爱国牺牲精神，为自己创造每年一亿多美元的利润。
3. 高效的汉德福工程
1941年，拉蒙·杜邦辞去了总经理职务，由瓦尔特·卡班达继任总经理，瓦尔特不仅成了世界上最大的军火企业的掌权人，而且获得了将自己的名字和世界上第一颗原子弹联在一起的机遇。在后来的二十多年，也许在美国企业界的名人中，没有一个比沃尔特·卡彭特更令人肃然起敬，尤其是在他的那些同等地位的人当中，有关杜邦公司如何参与建造原子弹的“曼哈顿研究计划”的故事，既反映了卡彭特对杜邦公司应起作用的态度，也反映了在杜邦公司人们对这种态度的接受程度。
1942年10月30日，当时负责《曼哈顿计划》的莱司利·r.格罗夫斯基将军打电话给杜邦公司的威利斯·哈林顿，请他去华盛顿·哈林顿带了杜邦公司试验所所长c.l.斯坦一起前往，格罗夫斯在概述了这项研究计划后，便提出请杜邦公司给予帮助。在威尔明顿最初的反应是既勉强又怀疑，这项研究计划超出了杜邦公司的研究领域，它既有相当大的危险性，又没有任何成功的把握，况且杜邦公司当时能做的生意已经足够了。然而，卡彭特确信，这项研究计划是必需要做的，因为如果美国不做，那么德国或日本就可能捷足先登，杜邦公司执委会被他说服了。在接着召开的董事会会议上，董事们围坐在一张大会议桌旁，每人的面前都堆着一摞文件，卡彭特侃侃而谈，他阐述了将要承担的任务的性质。当他的说明完毕后，他对各位董事说，在表决前，诸位可以首先阅读各自面前的那摞文件，里面有关于这项研究计划的更详细的说明，但无论是在表决前还是在表决后，董事们却没有一个翻阅这些文件的，因为大家对这个计划似乎既不懂也不怎么关心。杜邦公司参加这项研究计划的决定就这样在董事会获得了通过。
研究原子弹这项工程，说来话长，第二次世界大战期间，有几个国家在从事这项研究，其中美国、英国和德国几乎在同一时候开始的。因为 1939年关于原子裂变能放射出巨大能量的结论也为各国科学家所了解，人们记得1943年英美联军执行“火炬”作战计划，大军逼近罗马时，为了挽救意大利的命运，巴多格利奥元帅将墨索里尼逮捕，将他关在阿布里奇高山上一个小型休养地，后被希特勒派飞机救出，被送往德国慕尼黑去见希特勒，希特勒给他打气说，德国正在研制一种秘密武器，等这种秘密武器一成功，他们就有希望了。研究什么秘密武器，希特勒没有说。不过据英美情报部门掌握的德国暗中寻找“重水”的材料分析，肯定是在研制原子弹。也许是由于没有获得“重水”，所以希特勒和墨索里尼都没有能盼望到这颗救命草，结果一个自杀，一个被处死。
英国在1940年就开始这项研究，主要是在牛津、剑桥、伦敦等大学里进行。后来由主要科学家组成了一个委员会，由乔治·汤姆森爵士主持。1941年夏季已经取得了可喜的进展，汤姆森报告说，在从事研究的科学家们看来，在大战结束前制造出一枚原子弹已经完全有可能。后来英国三军参谋长建议应抓紧这项研究，于是英国政府在科学家和工业部门设立了专门机构作为对这一工作的指导。为了保密，他们把这个机构称为“合金管局”。两年前，美国的物理学家们就已经成功地从天然铀中分离出一种核物质——铀 ，这 235
种核物质有可怕的爆炸力，远远超过了tnt炸药。但把这两项科学理论转化为实用技术还处于初步的实验阶段，于是哥伦比亚大学的乔治·培格拉姆博士和由意大利逃到美国的物理学家费米博士在普林斯顿大学高等研究所的爱因斯坦博士（流亡美国的德国犹太人）的联合下，于1940年给罗斯福总统写信提出了研制原子弹的计划。开始，罗斯福总统对此并不十分重视，命令由政府标准局负责这项研究工作，拨给6000美元作研究费。1941年12月，在爱因斯坦博士的推动下，罗斯福总统终于下令成立特别研究小组。参加这一小组的成员有：哥伦比亚大学的培格拉姆博士，芝加哥大学的康卜顿博士和费米博士，加州大学的劳伦斯博士等等，全是物理学界的泰斗。
1941年12月11日，罗斯福写信给当时的英国首相丘吉尔，建议两国联合进行研究。因此，英美双方所有的工作就联合起来了。而且，一些有关的英国科学家去了美国。1942年6月，这个绝密的计划命名为“曼哈顿计划”，并且隶属于以莱斯利·格罗夫斯将军为首的陆军领导，研究费用也有了保障。
两个月后，杜邦研究室的库帕博士也参加了研究工作。
1942年上半年，丘吉尔了解到研究工作已经到能够投产的时候了，便于6月份访美时，同罗斯福举行会谈，在会谈中，他们俩人都感到，在全面试验以前，谁也说不准能否碰到什么实际问题，同时感到有一种一事无成的危险。如果德国人先于英美获得一枚原子弹，那将是多么可怕的情景，俩人都决心努力做工作，决不冒落在敌人后面的危险。丘吉尔提出应立即搜集所有情报，在平等条件下共同工作，如果获得好的结果，要平等分享。于是，俩人又研究了建设工厂的地址、经费等问题，然而使丘吉尔为难的是，英伦三岛正遭德国轰炸，肯定不能建原子能工厂，而且英国也负担不起巨额经费。
这时罗斯福表示由美国承担建厂和试爆的一切任务。于是，英美共同作出决定，达成了协定的基础。这是一项巨大的事业，美国政府对这个研究计划的拨款总数达23亿美元，最后大功告成时花去的费用为22亿美元。杜邦公司负责的最大部分是建造汉福德工厂。这是一家生产钚的工厂，位于华盛顿州，占地近50万英亩，耗资约3亿5千万美元。此外杜邦公司在原子弹的研制阶段，还在田纳西州的橡树岭建了生产钚的分厂。当时格罗夫斯将军向卡班达宣称除设备建造外，原子炉的建造及运转也由杜邦公司承担。卡班达提出杜邦公司是化学公司，而这些事情主要依靠物理知识，恐怕一家承担不了。格罗夫斯将军进一步向他说明，这是一项重大的绝密计划，不能涉及过多的公司及人员，所以尽量由杜邦公司一家来承担。随后卡班达派格林沃尔特与格罗夫斯将军进行具体谈判。而杜邦公司此时的顾问是哈佛大学的校长詹姆士·卡依博士，他利用这一特殊的地位，斡旋于卡班达和格罗夫斯之间，促成双方达成协议：
1.杜邦公司负责全部计划所需工程的设计、建造及安全运转，报酬除成本费外，再加上适当的利润，但杜邦公司将利润定为1美元。
2.在整个计划中，杜邦公司开发出的新技术应一律为陆军所拥有。
1942年12月2日，克罗福德·格林沃尔特成为“曼哈顿计划”董事会的一个成员，并被委任为发展处主任，亲自代表杜邦领导。他的具体工作是在从事原子弹研究的芝加哥科学家和从事制造原子弹材料的杜邦公司工程师之间穿针引线。从那天开始标志着核时代的开始，也标志着格林沃尔特流星般地升到董事职位的开始。那天开始，研制世界上第一颗原子弹的实际工作主要成了杜邦的责任。曼哈顿工程实际上成为杜邦工程。这项工程是高度保密的，因为那时候德国的间谍遍布各地，几乎是无孔不入，所以工厂警卫非常严密，在带刺的铁丝网后面，秘密地建造了生产车间，杜邦的经理人员十分喜欢清静，因而来调查的美国议员们被挡驾了。据说有一次，一位议员询问卫兵，“他们在里面制造什么？”卫兵毫无表情地回答：“口香糖。”为了保守机密，杜邦公司将全体职工六万人从东至西搬迁了约4345公里。
麻省理工学院毕业的高才生，曾任杜邦公司实验室主任的格林沃尔特，在曼哈顿工程中工作得十分出色。格罗夫斯对格林沃尔特在这项研究计划中所做的管理工作赞不绝口，因为这些工作主要是由格林沃尔特负责的。格罗夫斯称格林沃尔特和当时的杜邦公司总工程师格兰维尔·m.里德是两位必不可少的功臣，要是没有他们，那座宏伟的“汉福德”工厂就不可能竣工，在兴建“汉福德”的工程开始后，格林沃尔特便被派往哥伦比亚里弗工地任技术负责人，这是一项举足轻重的棘手工作，那些在后方的芝加哥科学家相当怀疑这位在核物理方面未曾受过任何训练的企业家。他们起先都不愿将有关“汉福德”工程的各项设计确定，而愿不断寻找改进。为此格林沃尔特集中 精力对核领域的知识作了快速认真的学习，并且不久就用内行人的语言与那些科学家交谈了。他使那些科学家们认识到了加快进行这项工程的紧迫性，为了节省宝贵的时间，他冒着犯错误的风险当机立断，就连这批科学家也感到佩服。杜邦公司为曼哈顿工程做出了巨大贡献，然而却坚决索取一美元的利润，与他们过去那种见利忘义、心狠手毒的表现两相比较，实在让当时外界惊诧莫名。其实，杜邦公司的领导人拉蒙·卡班达等想得很远，一方面，他们不会忘记第一次世界大战后，被美国国会一些人冠以“借战争坐大的军火贩子”的头衔，他们是想借这项工程以雪家耻；另一方面，也是最重要的方面，曼哈顿工程提供了极为宝贵的情报资料，并带来了以后享有的名声。
尽管专利权是属于政府的，而实际知识却属于杜邦家族。正如他们在德国染料上的经验所教育他们的：没有实际知识的专利权是不值钱的，在实验和生产最花钱的阶段中，杜邦公司分文未出便获得了无价的知识。
正如人们所熟知的，曼哈顿工程经过两年的艰苦奋战，终于产生了令人兴奋的然而致命的可怕结果。1945年7月17日，一个震动世界的消息传来了：在墨西哥沙漠里进行的核试爆获得了成功。
8月6日，美国制造的铀238原子弹投在广岛；同年8月9日，美国人又在长崎投下了他们研制的钚239原子弹。日本上空出现了两道耀眼的闪光，他使广岛、长崎两个城市和7万无辜的居民在可怕的黑色蘑菇云中消失了。
美国在日本广岛投掷原子弹的第二天即8月8日，早已做好对日作战准备的苏联红军向驻守中国东北的日军主力关东军发动进攻，在中国人民抗日武装配合打击下，日军迅速土崩瓦解，8月15日，日本宣布无条件投降。第二次世界大战结束。
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