9月2日，星期天。天空阴云密布，凉气袭人。清晨，"密苏里"号的水兵们在旗杆上升起一面曾在1941年12月7日开战那一天，飘扬在美国国会大厦上空的国旗。7点半左右，各国记者乘坐一艘驱逐舰来到"密苏里"号。8点刚过，"尼古拉斯"号驱逐舰把盟国陆海军高级军官送上"密苏里"号。几分钟后，尼米兹及其一行也到了。主桅上升起他的蓝色将旗，扩音器里响起"海军上将进行曲"。这时，整个"密苏里"号上任何能立住脚的地方都站上了人，有的水兵和记者甚至爬到桅杆、烟囱和炮塔上。各国代表和将领穿着整齐的制服，佩戴着五颜六色的勋章和授带，把甲板映衬得喜气洋洋。
8点43分，麦克阿瑟及其随行人员乘"布坎南"号驱逐舰到达。他的红色将旗在乐声中冉冉升起，与尼米兹的蓝色将旗并排飘扬，显得格外壮观、醒目。上舰后，他和迎候他的尼米兹和哈尔西握手致意，并被引到哈尔西的舱中休息。哈尔西拿出咖啡来招待，但麦克阿瑟说："不，谢谢，比尔，仪式完了以后再喝吧。"
8点55分，早已等在附近的载有日本代表的"兰斯多恩"号驱逐视接到信号后开了过来。这个由11人组成的日本代表团为首的是新任外相重光葵，他对被委以首席代表感到非常荣幸，因为这意味着天皇对他的信任。代表团第二号人物是陆军参谋总长梅津美治郎，他则是在天皇的亲自劝导下勉强接受这一使命的。其他9名成员分别来自外务省和陆海军。重光葵首先登上"密苏里"号舷梯，但他走得十分艰难。他的左腿十几年前在上海被刺客炸断了，现在走路用的是假腿。他每走一步都要呻吟一下，弄得跟在他后面的人也都应声叹一口气。当这一行人终于登上甲板时，舰上所有的人都注视着他们。代表团成员之一加獭俊一事后写道："千万只眼睛像千万枝利箭疾风狂雨似地射向我们。我感到它们的锋芒射入我的身躯，引起一阵剧痛。我从来还没有感受到瞪着眼睛的目光能这样厉害地伤人。我们就像一群做错了事的孩子那样等待着威严的老师，在众目睽睽之下立正等了几分钟，每过一分钟就好像过了几个世纪一样。"他们被指定站在盟国高级将领们的对面，中间隔着一张铺有绿毡布的大餐桌，桌上放着两份用英、日两种文字印制的投降书。
9时许，随着一声"全体立正！"舰上立即肃静下来。接着，扩音器里传出牧师的祈祷和美国国歌《星条旗永不落》。在乐声中，麦克阿瑟、尼米兹和哈尔西从舰舱中走上甲板。麦克阿瑟神情庄重、气宇轩昂地来到桌子对面的一排麦克风前，并让温赖特和珀西瓦尔作为荣誉代表站在他身后。他首先致辞说：
我们，各主要参战国的代表们，今天聚集于此，来签署一项庄严的协定，以使和平得以恢复。…我们胜败双方的责任是实现更崇高的尊严，只有这种尊严才有利于我们行将为之奋斗的目标，使我们全体人民毫无保留地忠实履行我们即将在这里正式承担的责任。……在这个庄严的时刻，我们将告别充满血腥屠杀的旧世界，迎来十分美好的新世界。在这个新世界中，我们将致力于维护人类的尊严，实现人类追求自由、宽容和正义的最美好愿望。这是我的真诚希望，实际上也是全人类的希望。
讲完话，麦克阿瑟指着对面的桌子，让日本代表上来在投降书上签字。重光葵一瘸一拐地走到桌子旁坐下，慌乱地摘下礼帽和手套，结果把手杖也掉在地上。他右手颤抖地拿着笔，迟迟疑疑地好像不知道在哪里签字。看到他这样，哈尔西真想过去给他一个耳光，并说："快签！他妈的！快签！"麦克阿瑟这时转身命令他的参谋长："萨瑟兰，告诉他在什么地方签字。"在萨瑟兰的指点下，重光葵代表天皇和日本政府签了字。接着，代表日军大本营的梅津美治郎昂首挺胸走过来，连坐也没坐就弯着身子草草地签了字。轮到麦克阿瑟了。他用了不下六支笔来签名，一支笔写一个音节。他这样做的目的是想把这些在历史上扮演过重要角色的笔分送给友人和有关单位(据肯尼说，温赖特、珀西瓦尔、杜鲁门、西点军校、海军学院、"密苏里"号都得到了这样一支笔)，当然他自已也留了一支。随后，美国、中国、英国、苏联、澳大利亚、加拿大、法国、荷兰和新西兰等国的代表，也先后签了字。签完字，麦克阿瑟宣布："现在，世界已恢复和平，让我们为上帝永远保佑它而祈祷。仪式到此结束。"整个仪式用了不到10分钟。
恰在此时，乌云散开，阳光从云缝中照射下来。近2000架美军飞机从天际隆隆飞来，在"密苏里"号上空掠过，形成一幅雄伟壮观的画面。当日本代表团离开时，他们受到例行的礼遇，以表明他们现在已不是敌人了。送走日本人后，麦克阿瑟来到另一个麦克风前，向美国公众发表广播演说：
今天，枪炮沉默了，一场大悲剧结束了，一个伟大的胜利赢得了。天空不再降临死亡，海洋只用于贸易交往，人们在阳光下可以到处行走。全世界一片安宁和平，神圣的使命已经完成。……我们体验了失败的痛苦和胜利的喜悦，从中领悟到绝不能走回头路。我们必须前进，在和平中维护在战争中赢得的东西。
一个新的时代出现在我们面前。我们取得了胜，利，但胜利本身也使我们对今后安全与文明之延续产生了极大的关注。随着科学发明创造的不断涌现，战争力量的破坏实上已到了改变传统战争观念的程度了。人类一开始就在寻求和平。多少个世纪以来，他们用种种方法企图建立一种国际力量来防止或解决国与国之间的争端。……军事同盟、力量均势、国际联盟，这一切都一一归于失败，留下的唯一途径是借助于残酷的战争。我们还有最后一次机会，如果我们现在不建立某种更伟大更公正的制度，那么最后的生死大决战就要来临。
他还谈到要拯救，就必须先拯救精神；他的任务就是要消除日本的战争潜力，尽快把日本人民从被奴役的境遇中解放出来，把日本民族的才智转移到建设上来，使其"活力向纵的方面而不是向横的方面发展"。他最后说："一个新的解放了的世界前景已来到太平洋地区。今天，自由处于攻势，民主政治正在前进。今天，在亚洲也同在欧洲一样，那些摆脱了枷锁的人正在体验自由的充分乐趣。"麦克阿瑟讲这番话的目的是要使日本人相信，他不是他们的征服者和压迫者，而是他们的保护者和救世主，他的使命是要带给他们和平、新生、光明、民主、自由、进步和尊严，而不是相反。
9月8日，麦克阿瑟及哈尔西、艾克尔伯格等一行人驱车前往东京。此前，日本方面曾希望盟军不要进驻东京，但被麦克阿瑟拒绝。来到美国大使馆，麦克阿瑟站在办公大楼的台阶上，对艾克尔伯格说："把我们的国旗展开，让它作为被压迫者的希望象征，作为公理胜利的象征，在东京的阳光下荣耀地飘扬吧！"于是，艾克尔伯格命一名仪仗兵把那面曾飘扬在美国国会大厦和"密苏里"号上空的国旗升上旗杆。这时，军号吹响，在场的许多人面对此情此景"眼睛都潮湿了"。
麦克阿瑟决定把家就安在使馆里，而把总司令部设在商业区皇宫对面的第一大厦。使馆在大轰炸中虽未受大的破坏，也未被日本人占领，但馆内仍破烂不堪，没一件像样的家什，有的房间地面上还淌满了水。士兵们忙了几天才把使馆收拾得整洁了一些，原来的一些老佣人也都陆续被召了回来。一切准备就绪后，麦克阿瑟即派人去马尼拉接他的家人。
第一大厦距使馆只有5分钟的汽车路程，其所有权属于日本一家大保险公司。麦克阿瑟选中六楼的一个带空调的小房间作他的办公室，据说这里原来是一间储藏室。他把办公室当作一个幽闭独处的场所，连部电话也不安。室内布置得也很简单，只有一套旧沙发、一张办公桌和一个书柜，唯一的装饰是墙上挂着的华盛顿像和林肯像。
9月19日，麦克阿瑟的妻子琼和儿子阿瑟及老保姆阿珠，还有在马尼拉新近请的家庭教师吉本斯夫人，乘飞机在厚木着陆。麦克阿瑟和一名助手未带任何武器去机场迎接。在返回东京的路上，琼看见路两旁有日本兵，担心地问："安全吗？"她的丈夫回答说："绝对安全。"
麦克阿瑟之所以有这样的把握，是因为他对日本人有充分的了解并对自己所采取的立场有充分的信心。他在进驻东京之初即宣布："最高统帅部的职责并非抑制日本，而是使它重新站起来。"这是他在总结了历史上亚历山大大帝、恺撒、拿破仑实行占领时的经验与教训后得出的结论，当然也借鉴了他父亲在菲律宾，还有他自己一战后在莱茵地区的占领经验与教训。在莱茵地区驻防时，他亲身体验到"军事占领形式所带来的根本弱点，文官权力为军事权力所取代，人民失掉了自尊和自信，不断占上风的是集中的独裁权力而不是一种地方化的代议制体制。在外国刺刀统治下，国民的精神和道德风尚日益沦丧；占领军本身也由于权力弊病渗入到他们队伍中而产生了一种种族优越感，从而不可避免地堕落下去"。他认为，在这种一方为奴隶而另一方为主子的占领状态下，"几乎所有的军事占领都孕育着未来的新的战争"。因此，他要求占领军尽量采取一种克制和善意的作法以赢得日本人的信任与合作，并确定了"一切占领政策都将通过包括天皇在内的日本政府实行"的原则。他在9月22日代表美国政府发布的《日本投降后美国的对日政策》中，首次明确了这一间接统治原则，但规定："上述原则在天皇及其他日本当权者不能满足最高统帅实施投降条款的要求时，最高统帅将要求改组政府机构和变动人事，或以直接行动之权限和义务加以限制。"
上述原则显然使日本人感到放心，但却招致美国国内舆论和其他战时盟国的非议。苏联认为，麦克阿瑟对日本的占领可能过于软弱，提出要参与占领日本，并像在德国那样在日本建立一个四国委员会，以加强对日管制。在美国国内，舆论界则发动了一场反对保留天皇制的运动。大多数美国人认为，裕仁天皇同东条英机一样对战争负有最大的责任，应把他作为战犯进行审判并处以死刑。有些日本人这时也骂起天皇来，说他是战争贩子，甚至还在盟军总部前举行游行示威，要求废黜天皇。但麦克阿瑟认为这样对待天皇是不公正的，他对战争不负有责任。况且绝大多数日本人崇敬天皇，如果把他抓起来并进行审判，那势必会引起战乱，"导致灾难性的后果"。他警告华盛顿说，如果采取那样的行动，至少需要100万援军来应付可能爆发的游击战争。在他的强烈坚持下，天皇的名字被从战犯的名单上划去了。不仅如此，他还要求对天皇的待遇"不应有任何降低之处，凡是一位君主所应得到的礼遇都要给他"，以求得天皇的支持，通过其对日本人民的影响，来实现他重建这个国家的宏图。因此，当他的参谋们建议把天皇召到最高统帅部以显示一下最高统帅的权威时，他否定了这个建议，并对他们解释说："这样做会伤害日本人的感情，使天皇在他们心目中成为一个殉道者。不，我要等一等，到时候他会自动来见我的。在目前形势下，东方人的忍耐较之西方人的急躁更有利于我们的目标。"
果然，没过几天，日方通知说天皇要求见，麦克阿瑟欣然同意。9月27日，天皇在侍从长藤田的陪同下来到美国大使馆。44岁的裕仁身穿燕尾服、条纹裤，头戴高礼帽，在参谋人员的引导下，来到麦克阿瑟的会客厅。麦克阿瑟在门口热情迎接了他，把他引到壁炉旁就座，并让其他人都出去，只留下天皇的一名翻译。他发现裕仁"心神不安"，意识到战争结局给他带来了巨大压力和痛苦。为了减轻天皇的不安，麦克阿瑟愉快地说起他在日俄战争结束时曾受到老天皇的接见，并给他点上一支美国香烟。但他看到这仍不能使天皇平静下来，因为天皇拿烟的手在不停地颤抖。看着这位他曾极力保下的天皇，麦克阿瑟担心他会为自己可能被指控为战犯(此时他还不知道自己的名字已被从战犯的名单上划去了)进行辩解，但天皇却出乎意料地说道："麦克阿瑟将军，我到您这里来，是为了接受您所代表的各国的裁决。我对我国在这次战争中所做的一切政治、军事决定和采取的一切行动，负完全责任。"听了这话，麦克阿瑟对天皇"如此勇敢地承担一种意味着死刑的责任"深为感动，并油然升起一种敬意："我原只知道他是一位与生俱来的天皇，但在那一瞬间，我深深感到，坐在我面前的天皇，就其个人品质来说也是日本最高尚的绅士。"会见结束后，他和天皇一起照了相。
送走天皇，麦克阿瑟马上去找琼，告诉她天皇长得什么样。但琼却打断了他的描述，笑道："嗅，我看见他了。我和阿瑟躲在红幕帘后偷看来着。"第二天，当日本国民从报纸上看到穿着军装的麦克阿瑟与穿着燕尾服的天皇并肩站在一起时，无不感到异常惊讶。
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