祸不单行难振作，巴丹科岛两陷落；
福至成双风向转，珊瑚中途奏凯歌。
话说麦克阿瑟乘坐的火车在驶进墨尔本时，当地群众把他当作救星一样来欢迎。华盛顿为表彰他在菲律宾的英勇行为，特授予他国会荣誉勋章，这是麦克阿瑟等了28年才得到的最高奖赏。嘉奖令中写道："在敌人的猛烈炮击和飞机轰炸的情况下，他把个人安危置之度外，在每一个危急关头，镇定自若，沉着应战。他以行动鼓舞了部队的斗志，激励了菲律宾人民对其武装部队的信心。"在美国国内，这位"蒙难的君主"成了光彩夺目的英雄。一些街道、场馆、建筑、孩子甚至一种舞步，都以他的名字命名。有人希望他重返陆军部担任最高军事统帅，还有人甚至敦请他参加1944年的总统竞选。
然而，面对这些荣誉，麦克阿瑟却高兴不起来。本来，他满怀信心地来到澳大利亚，希望能得到一支强大的军队，率领他们打回菲律宾，解救被围困在那里的守军。但他发现，这样的军队压根就不存在。整个澳大利亚还不足2．5万陆军，而且大部分是工兵等支援部队；空军也只有约250架飞机，而且大部分不能用；海军的情况也好不了多少。麦克阿瑟几乎是一个光杆司令，成了"一位坐冷板凳的将军"。大话已经说出去了，可拿什么去反击日本人？从马尼拉起一直跟随他的新闻记者克拉克·李写道，当麦克阿瑟发现这"整个该诅咒的战争中最使人震动和吃惊的事实"时，他的脸色死一样的苍白，膝盖弯曲，嘴唇抽搐。沉默了好长一段时间后，他才伤感地低声说道："上帝可怜我们吧。"他因此而苦恼沮丧，整整一个多月闷闷不乐。他认为这是华盛顿对他的出卖，而这出卖是企图中伤和毁灭他的阴谋诡计。
更糟的是，不仅没有可打回菲律宾的军队，就连澳大利亚本身也处于危险之中。在麦克阿瑟到达澳大利亚时，日本人已彻底征服了荷属东印度，并在所罗门群岛、新不列颠岛及新几内亚建立了据点，严重威胁着澳大利亚在巴布亚东南部的前哨基地莫尔兹比港及在南太平洋诸岛的补给基地。在讨论"作战第二阶段"战略时，日海军军令部极力主张进攻澳大利亚，但陆军参谋本部以超出国力为由加以反对。最后，日军大本营通过一项折衷的《尔后战争指导大纲》，决定在实施印度洋作战后，在太平洋攻占中途岛及南太平洋和大洋洲一些岛屿，以切断美、澳之间的海、空交通线，阻止澳大利亚成为反攻基地。
对日军大本营的上述决定，澳大利亚方面当然不可能知道，他们完全有理由认为日军的下一个目标就是澳大利亚。当时，恐惧笼罩着整个澳大利亚，绝大部分澳大利亚人存在着失败主义情绪，预料他们不久就会遭受像北部邻邦那样的厄运。他们对主要由民兵组成的极为薄弱的澳大利亚防御力量毫无信心可言，认为这样一支部队根本不可能击退日本人的攻势。军方决策者们甚至已经决定撤退到布里斯班到阿德莱德一线，准备把整个澳洲的3／4拱手让给日本人。麦克阿瑟对这种失败主义的消极战略进行了坚决的抵制，认为这只能导致最后的失败，使澳大利亚变成另一个巴丹。他在到达墨尔本后不久，即驱车前往堪培拉会晤约翰·柯廷总理，与柯廷达成"通力合作，坚持到底"的共识："您照顾后方，我指挥前线。"此后不久，他提出了一个积极防御计划，即将防线移到巴布亚东部，在新几内亚境内的欧文·斯坦利岭阻击日本人，把保卫澳大利亚的战斗放到澳大利亚境外去进行。这样，既可以使澳大利亚免受侵犯，也可提供一个反守为攻、争取主动、向前推进的机会。
与此同时，华盛顿的决策者们就"欧洲第一"还是"亚洲第一"的问题展开了激烈的争论。以金海军上将为首的海军作战部试图修改"欧洲第一"的战略，主张向太平洋增援部队，尽早向日本人进攻，阻止其南下进攻澳大利亚。他认为，澳大利亚必须守住，"因为这对世界上非白种人必然产生影响"。以马歇尔和艾森豪威尔为首的陆军参谋部则坚持"欧洲第一"的战略，认为德国的垮台必定导致日本的毁灭，要想最终打败轴心国，把力量集中在大西洋战区是绝对必要的，即使失掉澳大利亚也在所不惜。在3月16日的参谋长联席会议上，陆军部取得了最后胜利：仍维持"欧洲第一"战略，在太平洋地区只取守势。同时，参谋长联席会议还决定，将太平洋战场分成两个独立的战区：即西南太平洋战区和太平洋战区，前者包括澳大利亚、所罗门群岛、俾斯麦群岛、新几内亚、荷属东印度和菲律宾，由麦克阿瑟任总司令；后者包括中南美洲航线以外的其他太平洋海区，由太平洋舰队司令切斯特·尼米兹海军上将任总司令。此外，鉴于太平洋战区辽阔，又将其划分为北、中、南三个次战区，其中南太平洋战区单独成立了以罗伯特·戈姆利为首的司令部。
当麦克阿瑟于3月30日收到上述决定后十分气恼。他原以为把他从科雷希多接出来是要他担任整个太平洋战场的最高统帅，然而现在却让他和海军另一位资历不深的将领平分秋色、平起平坐，这实在令他不能容忍。他始终深信不疑地认为："在有关这场战争的所有错误决定中，最令人费解的恐怕就是没有建立对太平洋战争的统一指挥……其结果是分散了力量，延长了战争，增加了伤亡和费用。"
其实，马歇尔将军本来有任命麦克阿瑟为整个太平洋战场的最高统帅的想法。但金海军上将认为太平洋战争在很大程度上是一场海战，而他不能接受由一位外行的陆军将领向他的海军发号施令的事实，因此反对这项任命，结果便导致了上述折衷方案。麦克阿瑟对此极为气愤，认为他遭到华盛顿一伙有权势的敌人的反对，他们对世界战略和太平洋战略的考虑都受到他们对他的仇视的影响。他甚至指名道姓地攻击马歇尔，并把海军部称作"一个阴谋小集团"，正是这个小集团未能使他担任太平洋的最高统帅。他进而得出结论说，他最凶恶的敌人"不是在前线，而是在我背后的华盛顿"。
但不管怎样，麦克阿瑟现在毕竟有了新的职务，成为一方统帅了。4月18日，他正式就任西南太平洋战区最高司令。随后，他在墨尔本的孟席斯饭店建立了司令部，同时把家也搬了进去，上下班都在一个楼。他在澳大利亚深孚众望，常常举行记者招待会，到议会发表讲话，在广播中进行演说，以唤起美国政府对太平洋战场的重视。然而，巴丹的厄运使他变得非常抑郁和孤独，除了澳大利亚总理柯廷外，他很少与别人有密切的私人交往。他的夫人琼则一切以他的活动为转移，尽可能给丈夫以帮助和安慰。由于没有多少实事可做，麦克阿瑟在那段黑暗的日子里在他儿子身上花了不少时间和精力。他几乎每天早上都要送给阿瑟两件新礼物，害得他的副官赫夫为了每天找到不同的新礼物而四处奔走，同玩具批发商打了不少交道。
除了家庭之外，他经常的活动围就是他的司令部了。以萨瑟兰为参谋长的参谋机构多是由"巴丹帮"的人组成，他们像琼一样一切以麦克阿瑟为转移，逐渐形成了一个怨恨和怀疑"外人"的排外集团。这样一来，以他为首的总司令部和他的三军司令之间便处在一种十分紧张的关系中。不久，陆军司令、澳大利亚的托马斯·布莱梅就发现，他实际上被剥夺了指挥权，因为总司令部常常越过他直接向他的部队发号施令；海军司令赫伯特·利里和空军司令乔治。布雷特则成为麦克阿瑟经常发泄不满的对象，因为在麦克阿瑟看来，正是海空军使他在菲律宾吃了败仗，他们胆小如鼠，不去救援他的部队。
虽然美英决策机构仍坚持"欧洲第一"的战略，但由于海军作战部长金的努力和罗斯福的支持，美英联合参谋部还是决定加强太平洋特别是澳大利亚的防御力量。还在麦克阿瑟前往澳大利亚时，罗斯福和丘吉尔就已同意将一直在北非作战的两个澳大利亚陆军师调回澳洲，同时将正在国内受训的两个美国陆军师及一些支援部队立即运往澳大利亚。此外，海空军力量也得到了部分加强。
在麦克阿瑟刚刚接受新任命之际，他的遥远的巴丹守军正面临着最后的灾难。1942年4月3日，恰逢耶稣受难日，它实际上也成了巴丹守兵们的受难日。这天晚上，已经得到加强的日军在飞机、大炮的狂轰滥炸之后，开始向马里韦莱斯防线大举进攻。此时的巴丹守军已经被长时间的饥饿和恶劣的环境彻底拖垮了。他们骨瘦如柴，身体极度虚弱，甚至连枪都举不起来了。这样一支垂死的军队在日本人的猛烈进攻面前，已经毫无还手之力。他们几乎一触即溃，纷纷弃阵而逃。到第二天下午，太阳旗即在马里韦莱斯山顶升起，它预示着巴丹半岛再也守不住了。
然而，远在澳大利亚的麦克阿瑟，却武断地电令温赖特：在任何情况下都不许投降，如果食物和弹药不足，就向日军发动一次进攻，夺取敌人的补给以扭转局面。同时，他还打电报给马歇尔将军，报告了他的进攻计划，并声称他"将很高兴暂时重返部队，负责这一行动"。麦克阿瑟此时要求部队进攻实在太不现实了。这种进攻若在两个月前实施的话，或许还有成功的希望，但此时已绝对不可能了。但尽管没有希望，温赖特将军还是服从了这一命令，要求在巴丹的战地指挥官爱德华·金少将立即进行反攻。但金将军在冷静地判断情况后，认为反攻是不现实的也是不可能的。他的战线已被分割，部队正在溃散，根本没有赖以反攻的兵力和阵地：第2军已经崩溃了，第1军也快支持不住了。
4月8日下午，金发出了绝望的信号："我们再也没有办法进行有组织的抵抗了。"当夜幕降临，金的野战指挥部被捣毁之后，他意识到最后的时刻马上就要到来了。午夜，他把参谋人员召集在一起，告诉他们抵抗已经没有希望了，为了挽救更多人的生命，他命令第二天早上6点挂起白旗。他没有把这一决定通知温赖特，因为他不想让温赖特承担责任。
4月9日清晨，美菲军战线到处飘起白色的旗帜。上午9点，金少将乘坐吉普车来到达拉瓦奥日军司令部，把手枪放在桌子上。此时此刻，他不由得想起，李将军在1865年的同一天向北军投降时，肯定感受到同样的奇耻大辱。金将军所感受到的耻辱肯定比李将军要深重，因为李将军毕竞是向本国人投降，而他则是向"日本鬼子"投降，而且是7．5万之众，是美军历史上缴械投降的最庞大一支部队。
巴丹最终投降是麦克阿瑟早已预料到的，但这一天真的到来时，他还是感到震惊、迷惘，甚至气愤、沮丧。他强打起精神举行了一次记者招待会，对他的巴丹守军给予了高度评价："巴丹部队按照自己的愿望参加了战斗，只要还有一线希望，它就会战斗到底。没有哪一支部队在力量如此弱小的情况下作出如此巨大的贡献，它在最后时刻所经受的考验和苦难比谁都多。"
然而，对于投降的部队来说，考验和苦难还仅仅是个开始。7．5万名饥病交加、筋疲力尽的俘虏兵，在烈日的暴晒和日军刺刀的威逼下开始在巴丹的丛林中长途跋涉，前往100余公里外的圣费尔南多战俘营。一路上，他们很少甚至根本得不到食物，掉队的俘虏还要受到毒打。有的坚持不住倒地而毙，有的奄奄一息便被弃之路旁或被活活埋掉，还有的被兽性大发的日本兵用刺刀活活挑死。这次可怕的"巴丹死亡行军"，共夺去了7000多名战俘的性命，在历史上写下了悲惨的一页。
麦克阿瑟是在几个月后从日军战俘营中逃出来的几个美国兵嘴里，得知"巴丹死亡行军"的情景的。当时他流下了眼泪，发誓要报仇雪恨，要重返巴丹。从此，巴丹成了他一切行为的目的，成了他寝食不忘的圣地。他把他的"吉恩"号专机改称"巴丹"号，把他的司令部的代号也叫作"巴丹"，并命令他的参谋人员用"这是巴丹"来回答所有的电讯。当他的部队在新几内亚的布纳取得第一次胜利时，他只说了一句话："巴丹阵亡的官兵今晚可以安息了。"
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