随着金融体制改革第一个基本任务的完成，90年代后我国的金融体系发生了较大的变化。在明确分业经营分业监管原则后，监管系统从原来只有中国人民银行发展到包括中国证监会、银监会和保监会以及自律性组织（协会）的完善监管体系；银行系统中，除了四大国有商业银行外，成立了政策性银行，发展了股份制银行，区域性城市商业银行纷纷建立，外资银行在2001年中国入世后也加快步伐进入，还包括农村信用社、其他存款贷款类金融机构，总之，90年代后的银行系统呈现出多层次的金融市场活动主体。非银行金融中介也得到空前发展，除了之前就已经存在的保险公司、信托投资、租赁公司等，还出现了更多的新型非银行金融中介，如金融资产管理公司、证券公司、汽车金融、基金管理公司、产业基金、社保基金等等。同时，随着股票市场、债券市场、资金市场、外汇市场、金融衍生品市场（期货）等市场的建立，我国金融体系改变了之前有机构无市场的窘境。
尽管金融体制改革初见成效，顺利完成了第一项基本任务，建立了独立于财政的金融体系，但作为市场微观主体的金融机构在当时仍然面临一系列问题，以银行业为例，主要表现在：1.不良贷款过高，如2003年底，四大国有商业银行的不良贷款率达20.4%，股份制商业银行平均不良贷款率为7.7%，城市商业银行为15.0%；2.资本金不足，如2003年底，中国工商银行的资本充足率为5.52%，而中国农业银行的资本充足率估计仅为4%；3.经营效率低下，中国银行业的成本/收入比率远远高于国际平均水平，员工和分支机构的创利能力差；4.风险审核系统和风险管理系统技术落后，中国风险管理监管力度及技术相对落后，制约了银行开拓高回报的业务渠道；5.信息科技落后，主要表现在数据处理中心互不兼容，不同银行间不能有效处理及共享信息资源。
面对加入wto后外资金融机构竞争的威胁，为了建立更完善的中国金融体系，建立有效的金融市场微观主体并与经济体制改革中的宏观层次相配合，我国开始对金融机构进行企业化改造，力图使之成为真正的市场主体。由此，金融体制改革进入第二阶段。
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