国家统一了，对地方如何管理呢？丞相王绾提出沿用周代的分封制：“诸候初破，燕、齐、荆地远，不为置王，毋以填之。请立诸子，唯上幸许。”意思是，刚刚推翻六国政权，燕国、齐国、楚国距离秦遥远，不分别在这些地方分封诸候王，就没有办法镇得住它们。请求分封诸子为诸候王，希望得到皇上允许。王绾认为分封诸候王是巩固新兴政权的好办法，应该继续周王朝以来的分封制。
“众臣以为如何？”秦始皇把这个问题交给大家讨论。
“这样好。”“应该这样。”诸臣都纷纷支持丞相王绾意见。只有李斯提出不同意见：“周文、武所封子弟，同姓甚众，然后属疏远，相攻击如仇雠，诸候更相诛伐，周天子弗能禁止。今海内赖陛下神灵一统，皆为郡县，诸子功臣以公赋税重赏赐之，甚足易制。天下无异意，则安宁之术也。置诸候不便。”
秦始皇看看众臣，说：“天下共苦战斗不休，以有候王。赖宗庙，天下初定，又复立国，是树兵也。而求其宁息，岂不难哉！廷尉议是。”
于是决定全国实行郡县制，分天下为三十六郡：
河东、太原、上党、三川、东郡、颍川、南阳、南郡、九江、泗水、钜鹿、齐郡、琅邪、会稽、汉中、蜀郡、巴郡、陇西、北地、上郡、九原、云中、雁门、代郡、上谷、渔阳、右北平、辽西、辽东、南海、桂林、象郡、邯郸、砀郡、薛郡、长沙
郡设郡守（掌管行政及全面），郡尉（辅佐郡守管军事），郡监（管监察）。郡下又设县、乡（亭）、里。共四级基层政权。县设县令（一县之长），县丞（相当副县长），县尉（管司法）。
秦朝的中央政权机构分为三公九卿。三公是丞相、御史大夫、太尉。丞相为最高长官，辅佐皇帝管理全国行政事物。御史大夫为御史之长，负责百官奏章和传达皇帝诏令，并有监察文武官员的职责，地位相当于副丞相。太尉是由战国时的国尉一职发展而来的，是全国最高军事行政长官。九卿是在三公之下负责具体事物的机构。包括奉常（主管祭祀宗庙等活动）、郎中令（统领皇帝身边的士兵和皇帝的安全警卫）、卫尉（统领卫队，掌管皇城保卫）、太仆（掌管皇帝车马仪仗和国家马政）、廷尉（协助皇帝负责国家的司法事务）、典客（负责朝廷与少数民族的交往）、宗正（负责皇族宗室事务）、治栗内吏（负责全国租税和财政事务）、少府（掌管皇室产业的税收和财政事务）。
秦朝的军事领导体制秦始皇大权独揽。他是国家的最高统治者，军队的最高统帅。。战争的发动与中止、高级武官的任命与撤换、兵员的征集与调动，都由皇帝掌握。除临敌应急外，调遣50人的军事行动，必须得到皇帝的许可，并严格执行盖玉玺、持节的规定。遇有战事，皇帝直接指派将军或尉持节领兵出征。
国尉为最高武官，掌军事行政。将军之下，武官有校尉、候、司马等。地方也有一套完善的军事、治安指挥系统。置郡尉(都尉)协助郡守掌管一郡兵员的征集和调遣、武器装备的制造和保管、治安秩序的维持和督察等军务。郡下设县，置县尉，协助县令管本县军务、治安。
朝廷的主要官吏都由皇帝任命。主要官吏做事也都要报告皇帝，由皇帝批准。造成了高度集权专制的局面
秦朝的法律制度主要原则是：
（一)法令由一统。这有两层意思，其一是全国都要实行统一的法律令；其二是最高立法权属于皇帝。
(二)事皆决于法。秦始皇规定以吏为师，事皆决于法，以法治国。加强立法，凡事“皆有法式”，有法律条文依循。
(三)以刑杀为威。主要表现在两个方面：一是法网严密，以至人们动辄触犯刑律；二是严刑重罚，处罚从严。法制非常严厉。
在秦始皇的直接领导和组织下。秦朝建立了比较完善的封建国家制度。奠定了封建国家的政治制度基础。“百代都行秦政治。”以后中国历朝的制度都以秦制为依托，为基础。
建立比较完善的封建国家制度，是秦始皇对中国封建社会的一大贡献，是他统一中国后的主要业绩之一。
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