然而，到了晚年，炎帝的创造力发挥得差不多了，他的同父异母的弟弟，另一个伟大的领袖一一黄帝开始崛起，而黄帝也是一位锐意进取的、很有能力的领袖，他们的处世方式产生了矛盾。矛盾如此之激烈，以至于只能通过战争的方法来解决矛盾。最后，他们二人在阪泉之野展开战斗。炎帝是太阳神，手下又有火神祝融，就采用火攻。黄帝是雷雨之神，就用水攻。你来我去几个回合，不分上下。黄帝统率十万神兵、十万人众、十万鬼卒，以翱翔天穹的鹰、雕、鹫、鹞等凶禽作旗帜，以驰骋原野的虎、豹、熊、罴等猛兽作前驱，与炎帝展开决战。两军交锋，杀声震天，白刃耀日，战争异常地残酷和激烈，战场上血流成河，使那些木质的武器都漂浮了起来。结果，战争以年富力强的黄帝的胜利而告终。
阪泉之战后，炎帝意识到自己的时代已经结束了，他就顺应潮流，急流勇退。来到了偏僻的南方，做了掌管南方的天神，和火神祝融一起，齐心协力治理着南方一万二千里的地方，掌管着一年四季中的夏季。
炎帝的夫人是赤水氏之女听沃，她与炎帝所生的男孩名叫炎居。炎居生节并，节并生戏器，戏器生火神祝融。祝融被贬谪到长江流域，生下了后来怒触不周山的水神共工。共工的儿子术器生有异相，他的头顶平整如削；另外一个儿子叫后土，是土地之神。土神后土生下时间神噎鸣，噎鸣有十二个孩子，他们是困敦（子年）、赤奋若（丑年）、摄提格（寅年）等十二太岁神。后土还有位孙儿，即逐日的夸父。
炎帝有四个女儿，这四个女儿的命运各不相同。
其中一个命运最好。炎帝手下有个掌雨官，名叫赤松子。这个人喜欢炼丹药，常常服食一种“水玉”，也就是水晶。日子久了身体就起了变化，最后跳进大火中，让身体焚烧结果脱胎换骨，成了神仙。炎帝的这位女儿自幼十分信服赤松子，在赤松子得道后，跟着赤松子到昆仑山，在西王母住过的石屋中修仙，最后经过服食水晶和焚烧，也脱了凡胎，修成神仙，一直随赤松子云游四海。
炎帝还有一个女儿，学遒得了仙，住在南阳愕山的桑树上，她的身躯有时候化为白鹊，有时候仍然保持女人的姿态。炎帝看见她的如此奇怪的举动，悲痛万分，千方百计的想把她引诱下来，可是，绞尽脑汁，都没有成功。后来，炎帝干脆让人在树下放一把火，企图迫胁她下来，可是，在万丈火焰中，年轻美貌的姑娘反倒蜕化了血肉的身躯，冉冉升上了天空。此后，人们每年都拿这棵树上的雀巢烧成灰，调和水，来喂蚕，据说，如此这般，孵化出来的蚕可以多吐丝，吐好丝。
炎帝另一个女儿名叫瑶姬。她是个多情少女，可惜刚到出嫁的年龄就死了。一缕芳魂飘到姑瑶山上，变作一棵瑶草，开出美丽的黄花，结成像菟丝子一样的果实，吃了这种果实的人，会人见人爱。天帝哀怜她早死，就封她做巫山的神。早晨她化作美丽的朝云，在山谷间飘游，黄昏又变作潇潇的暮雨，倾泻满腔哀怨。她始终是那么多情，等待着知心的人……
炎帝还有一个女儿叫女娃，她的事迹最悲壮。
据说有一次她到东海去游玩，海上忽然起了风暴，她不幸淹死在海中。她的灵魂不散，化成了一只花头、白嘴、红足的“精卫鸟”。她深怨大海吞没了她年轻的生命，发誓要把大海填平，因此不断去衔西山的石子和树枝去填海，精神真可和愚公移山媲美。民间又把这种鸟叫作带女雀。晋代诗人陶渊明曾有“精卫衔微木，将以填沧海”的诗句，歌颂这种锲而不合的精神。
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