当时，斯坦因从藏经洞盗走大批写本的消息还没有传出，伯希和是从清朝伊犁将军长庚那里，得知敦煌莫高窟发现了古代写本的消息，并且看到了一卷流散出来的写经，立刻判断出这是8世纪的珍贵文物。伯希和取消了从乌鲁木齐向西北方向行进的原订计划，甚至连他向往的到处是古物的吐鲁番盆地都不去，立即赶赴敦煌。
1908年2月25日，伯希和一行来到莫高窟前，一面开始对所有洞窟进行编号、测量、拍照和抄录各种文字题记，一面和王道士进行交涉。伯希和流利的汉语很快就博得了王道士的好感，而且，王道士从谈话中得知，伯希和并不知道他把一大批写本出卖给斯坦因的事，所以对这些洋人的坚守诺言感到满意，很快，在3月3日，伯希和就被引进藏经洞，而且还允许他在洞中挑选。
面对着这数万件珍贵文献，伯希和在惊呆之余，立刻盘算了一番，然后下决心把它们全部翻阅一遍。在以后的3个星期中，伯希和在藏经洞中，借助昏暗的烛光，以每天1000卷的速度，翻检着每一件写本，并把它们分成两堆，一堆是最有价值的文献，他给自己订立了几条标准，即：一是谊有年代的，二是要普通大藏经之外的各种文献，三是要汉文之外的各种民族文字材料，这堆写本是不惜一切代价都要得到的；另外一堆则是必要时可以舍弃的写卷。
伯希和挑选完毕，向王道士提出想全部得到的要求，王道士当然还没有这样的胆量，结果，伯希和以600两银子，换得了藏经洞写本的精华，伯希和获取的数量虽然没有斯坦因获取的多，但质量最高，说不清有多少件是无价之宝。
5月30日，伯希和等人结束了敦煌的考察，一面派人把大批文物运往巴黎，一面又沿河西走廊进入中原，最后在10月5日到达北京，采购图书。狡猾的伯希和知道写本尚在途中，这次来京，对在莫高窟得到写本的事守口如瓶。
同年12月，伯希和回到河内的远东学院。1909年5月，伯希和又受法国国立图书馆委托，从河内出发，经南京、天津，到北京购买汉籍。这时，从藏经洞劫得的大批文献已安全运抵巴黎，入藏法国国立图书馆。伯希和于是随身携带一些敦煌珍本，如《尚书释文》、《沙州图经》、《慧超往五天竺国传》、《敦煌碑赞合集》等，来到北京，出示给北京的中国学者，目的是买好他们，以取得在收购珍本汉籍时的帮助。
当时在北京的许多著名学者如罗振玉、蒋伯斧、王仁俊、董康、宝熙、柯劭、江瀚、徐枋、吴寅臣等，都前往伯希和寓所参观或抄录，他们为这些珍贵写本落入外人手中大为震惊，立刻上书清朝学部，电令驻兰州的陕甘总督，让敦煌县知县调查清点藏经洞文献，不许卖给外人，并让甘肃布政使何彦升押运送京，交京师图书馆（今北京图书馆）收藏。王道士好像早就料到这一点，在官府清点之前，他早把一些比较好的写本转移收藏起来。而前来押运的清朝官吏很不用心，并没有把藏经洞文献收拾干净，而且沿途又遗失了不少。当运载写本的大车进了北京城后，押运官何彦散没有马上移交学部，而是拉到自家宅院内，伙同亲友李盛铎、刘廷琛等人，把其中的许多珍贵写本据为己有，然后才把剩下的交给学部，入藏京师图书馆，总共约九千多迹
何家藏品后来卖给日本京都藤井氏有邻馆；李家藏品一部分归南京国立中央图书馆，今在台北，其他也大部分转售日本了。王道士隐藏起来的写本，一部分后来送给了斯坦因，还有一部分在1911—1912年间被日本大谷探险队的吉川小一郎和橘瑞超买走，总数也有数百卷。大谷探险队的成员，没有经过考古学的训练，从他们在新疆盗掘古墓的行径来看，也不是虔诚的佛教徒。他们得到敦煌写本后，既没有编目，也没有马上放入博物馆保存，以至后来流散各地，甚至不知所在。
最后一个来藏经洞但收获并非最少的人是俄国的奥登堡。他是帝俄时期的著名佛学家，在1914?1915年间，率领俄国考察队来敦煌活动，他们测绘了莫高窟400多个窟的平面图，还拍摄了不少照片。据说他们还在已经搬空了写本的藏经洞从事了挖掘，结果获得了大批材料，虽然多是碎片，但总数在10000件以上，它们目前收藏在苏联科学院东方学研究所列宁格勒分所。因为奥登堡的工作日记一直秘藏在苏联科学院档案库，所以奥登堡究竟是如何搞到这么多藏经洞文献的，至今仍然是一个谜。
敦煌文献的被盗，是中国近代学术文化史上的最大损失之一。难怪著名学者陈寅恪先生悲愤地说：“敦煌者， 吾国学术之伤心史也！”
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