防卫省是首相领导下处理国防事务的行政机关，其任务是管理、指挥陆上、海上、航空自卫队，处理与防卫有关的事务。防卫省下设陆上自卫队、海上自卫队、航空自卫队。陆、海、空自卫队分别设有参谋部，是管理和运用各自卫队的执行机构。参谋长联席会议是辅佐防卫省长官的参谋机构，参谋长联席会议由主席和陆、海、空自卫队参谋长组成，负责拟定和调整三军作战、训练和后勤计划，搜集研究军事情报，在实施两个军种以上的联合作战、演习时统一指挥。参谋长联席会议主席协助防卫省长官对自卫队进行统一调度。
日本自卫队与美国在亚太地区驻军有千丝万缕的联系，正在由相对独立的指挥协调体制向“统一司令部”的方向发展。根据《日美防务合作指导方针》规定，当日本遭到武力进攻时，日美实施共同作战，两军在各自的作战指挥系统指挥下，按照预先制定的作战计划、实施要领、作战运用程序实施协同作战，但须确保协调一致，必要时日美军队将在统一指挥下实施联合作战。
日本武装力量由现役部队、预备役部队和准军事部队组成。而现役部队又由日本陆上自卫队、海上自卫队、航空自卫队组成。日本自卫队由首相领导，管理则由防卫省负责。现役编制员额约为27万人，文职人员2万余人，预备役编制5万余人。陆上自 卫队约17余万，海上自卫队和航空自卫队各约4万余人。从人数上看，日本自卫队规模并不大，然而部队员额中的军官和士官等骨干人员比例高，一旦形势需要，日本可迅速充实军队，调动起十万、百万的兵力。
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