美国现役航空母舰配置的指挥控制系统主要包括以下几个子系统：
1.航空母舰情报中心：用于海战场大区域情报搜集、整理，监视战场态势，具有综合、分析和传输各种侦察与监视设备得到的侦察数据的能力，可接收带有电子侦察吊舱的侦察机，以能识别预定目标、对敌防空设施定位、评估战果以及其他必要的摄影侦察设施来支持航空母舰编队兵力的地陆攻击。
2.作战指挥系统：又称作战管理系统。主要用于进行威胁判断和武器分配。也就是协调航空母舰和编队的武器与控测设备的工作以对付飞机、舰艇和潜艇的威胁，计算并处理相关信息，并通过数据链条在舰艇之间交换信息。1981年美国海军开发“先进作战指挥系统”，在原有海军战术数据系统的基础上，大大加强了数据处理能力和图像显示功能，使该系统可适应本舰和上舰司令的指挥需求，能对战术反应规程进行调整。该系统还包括电子侦察、三角定位等功能以及其他各种战术功能，采用先进的软件结构。
3.航空母舰战术支援中心：美国的航空母舰战术支援中心主要是指航空母舰反潜战支援中心，用来提供航空母舰编队反潜战方面的信息处理和交换，在反潜飞机起飞前利用计算机数据直接交换的方法，提供给反潜飞机对于敌方潜艇威胁态势的简要资料。返航后，航空母舰战术支援中心将把飞机收集到的传感器数据进行整理分析，并以此为基础重新评估反潜态势，更新全部的反潜战图像，以重新调配反潜力量。在功能设置和界面设计上，航空母舰战术支援中心和p-3c岸基反潜巡逻机的“巡逻机战术支援中心”基本上是相似的。
4.战术旗舰指挥中心：战术旗舰指挥中心的研制，是为了将更高层次的指挥功能从存在的制约中解放出来，以帮助海上部队高层指挥官掌握大区域的情况，实施海上作战指挥。它是美国海军指挥控制系统的主要海上节点，主要配置在航空母舰和两栖指挥舰上，其设备现已被定名为“旗舰数据显示系统”。战术旗舰指挥中心的首要任务是帮助航空母舰编队指挥官计划、指挥和监视大范围海上作战，其次是支持其编队中四个主要作战指挥官，即对空作战指挥官、对海作战指挥官、反潜战指挥官和对陆攻击指挥官的作战指挥。此外，它还可支持电子战、两栖战、水雷战和情报方面的指挥官和参谋人员的工作。
5.舰船信号利用部位：除了航空母舰本身外，其他军舰上也都装有舰船信号利用部位。该部位的主要功能是用于收集和处理电子情报数据。把相关数据信息实时传送到舰上的作战情报中心，并通过专用情报通信信道传送给编队指挥官。虽然不是很起眼，但该部位对电子战系统的有效工作至为重要，其截获的信号情报，可提高航空母舰编队对敌方目标的连续监视能力，帮助掌握战场态势。
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