补给部队：由“极地丸”、“极东丸”、“健洋丸”、“国洋丸”、“神国丸”、“东邦丸”、“东荣丸”和“日本丸”等七艘油船组成，负责为编队进行海上加油。
先遣编队：指挥官为第六舰队司令清水光美海军中将。
第一潜艇部队：指挥官为第一潜艇战队司令佐藤勉海军少将，下辖“伊-9”号、“伊-15”号、“伊-17”号和“伊-25”号四艘潜艇，在瓦胡岛东北展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。
第二潜艇部队：指挥官为第二潜艇战队司令山崎重晖海军少将，下辖“伊-1”号、“伊-2”号、“伊-3”号、“伊-4”号、“伊-5”号、“伊-6”号和“伊-7”号七艘潜艇，在瓦胡岛与考爱岛、莫洛凯岛之间的考爱海峡、卡伊威海峡展开，监视并伺机攻击美军。
第三潜艇部队：指挥官为第三潜艇战队司令三轮茂义海军少将，下辖“伊-8”号、“伊-68”号、“伊-69”号、“伊-70”号、“伊-71”号、“伊-72”号、“伊-73”号、“伊-74”号、“伊-75”号九艘潜艇，在瓦胡岛以南海域展开，攻击美军可能出动反击的舰艇。
特别攻击部队：指挥官为第三潜艇大队司令佐佐木半九海军大佐，下辖“伊-16”号、“伊-18”号、“伊-20”号、“伊-22”号和“伊-24”号五艘潜艇，各携带一艘袖珍潜艇，在空袭前将袖珍潜艇放出，由袖珍潜艇自行潜入港内，必须在第一攻击波开始后才能乘乱从水下发射鱼雷进行攻击。
要地侦察部队：由两艘潜艇组成，“伊-10”号，侦察斐济、萨摩亚群岛，“伊-26”号侦察阿留申群岛。
补给部队：由“隐户丸”、“东亚丸”、“新玉丸”、“第二天洋丸”、“日立丸”、“富士山丸”六艘油船组成，部署在本土和夸贾林群岛，为先遣部队的潜艇提供燃油补给。
美国方面在任指挥官为太平洋舰队司令梅尔 金上将。
珍珠港方面停靠了美国“企业”号、“列克星敦”号、“萨拉托加”号三艘航空母舰，还有“宾夕法尼亚”号、“加利福尼亚”号、“马克兰”号、“俄克拉荷马”号 、“田纳西”号、“西弗吉尼亚”号 、“亚利桑纳”号、“内华达”号、“科罗拉多”号9艘战列舰。但袭击当天美国珍珠港只停泊了8艘战列舰及其他较小型军舰，三艘航空母舰并未在场。“企业”号正在返回珍珠港的路上，“列克星敦”号数日前刚刚开出，“萨拉托加”号正在圣地亚哥维修。于是，这次战役当中日本摧毁美国方面除却航空母舰以外的大部分舰艇，这也逼迫美国在之后的反击中主要依靠这几艘航空母舰，从而彰显出了航空母舰的巨大威力。
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