1932年6月24日，祖籍广岛县福山市的藤井出生在东京的一个医生家庭。东京教育大学（现筑波大学）附属中学毕业后，考入东京大学法学部。在大学期间，藤井是东京大学棒球部的有名选手。
大学毕业后，藤井进入日本大藏省（现财务省）工作。由于藤井刻苦钻研财政政策，成为当时大藏省的政策才子。田中角荣内阁时，藤井先后担任了二阶堂进、竹下登两位内阁官房长官的秘书管。1976年，成为大藏省主管预算计划的主计官。
1977年，藤井作为自民党候选人参加参议院大选，一举当选。后来又当选为众议院议员。
1993年，藤井与小泽一郎等离开自民党，组建新生党。在细川内阁、羽田内阁中，担任大藏大臣。新生党解散后，又加入小泽一郎领导的新进党。新进党解散后，藤井与小泽一起组建自由党，并担任党的干事长（小泽担任党首）。自民党与民主党合并为新民主党后，藤井曾担任过党的干事长、代表代行。
2005年，在第44次众议院大选中落选。藤井以自己已是高龄为理由宣告从政界引退。当他前往小泽的办公室告辞时，小泽为此留下了热泪。但是，此后民主党议员永田寿康因为伪造电子邮件攻击自民党干事长一事被迫辞职后，藤井继任永田的议员席位重回日本国会。
2007年，担任民主党最高顾问，同时兼任党的税制调查会长。为了帮助民主党夺取政权，最近几年，藤井作为民主党的一位说客，在电视节目中宣讲民主党政策理念，并多次陪同小泽一郎到全国各地游说。本来计划引退的藤井，在2009年8月的众议院大选中再次当选，成为鸠山内阁中财务大臣的最有力人选。
藤井出生于大藏官僚，又长期担任国会议员，因此对于官僚社会与政治世界两面都十分地了解。在民主党积极推行改革现行官僚体制的浪潮中，藤井公开表示：“不要对官僚进行打击，而是应该团结和利用”，成为民主党中唯一一位替官僚们说话的政治家。
作为一名财务专家，藤井对于自民党麻生内阁制定的2009年度国家预算持坚决的反对态度，认为是迄今为止最为恶劣的预算。他表示，为了修补这一份预算，需要改动的预算金额将会达到7万亿日元。
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