选举结束后，怀着强烈危机意识的鸠山对民主党的人事进行调整，改变原来由菅直人负责政策与国会对策、熊谷弘负责包括选举对策在内的党务的所谓“双干事长”制，将原干事长代理熊谷变为国对委员长，大胆起用民主党后起之秀前原诚司接任干事长代理，从而使党务大权集中到菅直人一人手中。鸠山此举试图通过加强“鸠山·菅”的双人体制增强党内的向心力。但是，作为当初在党首选举中力挺鸠山取代菅直人的核心人物的熊谷弘与菅直人之间尖锐对立并未因此得到缓解。在菅直人取代鸠山重返党代表宝座的2002年12月，熊谷与佐藤敬夫等5人一起离开了民主党。
鸠山改组民主党人事不久后的2001年9月11日，美国发生震惊世界的“9·11事件”。小泉内阁在事发八天后的9月19日便迫不及待地推出了包括派遣自卫队在内的七项应对举措并决定在当月27日开始的临时国会上通过以后方支援美国为内容的“反恐特措法案”。与从始至终就坚决对该法案说“不”的社民党与自由党不同，作为民主党最高领导的鸠山由纪夫对此问题的前后立场发生了很大动摇。起初，他主张“应当在现行法律框架下考虑该如何支援美国”，但在与小泉纯一郎进行了党首会谈之后，他的立场随即发生180度的大逆转，认为“如果现行法律做不到，制定新法也是可以的”。而民主党内各派系的分歧也在此次大争论中暴露无遗。来自旧社会党的横路孝弘主张“新法不要论”，干事长菅直人却公开表示“法制上的准备必不可少”。党首的左右摇摆以及不同出身背景、不同年龄段的民主党人相互间步调的参差紊乱进一步加深了外界对民主党“令人费解的政党”的印象。
9月23日，民主党再次举行党代表选举。鸠山由纪夫虽然战胜另外三位候选人菅直人、横路孝弘、野田佳彦取得三连任，但党内的纷乱局势却并没有因此得到缓解。为回报支持自己连任党代表的中野宽成，鸠山在新一轮的人事任免中将举足轻重的干事长一职委派给了中野。这一带有“露骨的论功行赏”色彩的人事任免不仅引来党内的一片非难之声，更使民主党在国民中的支持率猛跌到危险的2.9%。
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