核裂变的发现使世界开始进入原子能时代。由于当时正值第二次世界大战，哈恩不愿让纳粹政权掌握原子能技术，所以拒绝参与任何研究。
这一消息传出之后，正处于野心极度膨胀的希特勒把他强留德国，收编到自己智囊团中，但哈恩始终不为希特勒效力。为此他和海森堡等几位原子科学家在1945年的时候被送往英国剑桥附近的一个古老的庄园暂行关押。三个月后，美国的原子弹在日本广岛爆炸，他得知后悔恨至极。从此以后，他联合许多科学家一道坚决反对使用核武器。
晚年的哈恩走出了实验室，主要从事马克思-普朗克学会的建设，对德国战后科学研究事业的重建做出了重大的贡献。此外，他还负责起草了著名的“海洛宣言”，对滥用原子能的危险提出警告。
哈恩一生的著作颇丰，例如《应用放射化学》、《新原子》、《人造新元素》、《钴60——对人类是危害还是福音》等。
1959年，柏林成立了哈恩-迈特纳核研究所，以表达人们对这两位科学家的敬仰。九年后，哈恩在哥廷根因病去世。新任的马克思-普朗克学会主席希特南特在追悼会上的致词中这样写道：“奥托·哈恩是一位名符其实的最仁慈的人，而这正是他作为一位探索者和科学家，作为马克思-普朗克学会的创始人和主席，作为在蒙受耻辱的年代中坚韧不拔的战士，以及在他晚年时作为一位贤明的忠告者而吸取其创造性力量的源泉。”这是哈恩一生的写照，同时也是一位伟大的科学家所表现的高尚人格的体现。
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