道尔顿的原子论发表以后，在整个科学界引起了重视和推崇。各种荣誉纷至沓来，1816年法国科学院选道尔顿为外国通讯院士。1822年英国皇家学会增选他为会员。其后他先后被聘为柏林科学院名誉院士、莫斯科自然科学爱好者协会名誉会员、慕尼黑科学院名誉院士。但道尔顿对此没有丝毫兴趣，继续从事原子论研究，依然过着那种简朴而紧张的隐居式生活。
除了发现了原子论，道尔顿还发表过一篇研究色盲的文章，提出人类中存在色盲这一病症。有关这项发现还有个有趣的小故事。圣诞节时道尔顿为了表示自己对母亲的孝敬，为母亲买了一双深蓝色的袜子。当他送给母亲时，母亲厉声责问他，为什么买一双红袜子。依照当地的习俗，妇女禁用红色。由此道尔顿才发现自己辨色能力不正常，发现他的哥哥也一样，另有一些人也具有这一病症。为此他撰写了论文，提出色盲这一病症，所以直到现在英国依然将色盲症说成道尔顿症。
从21岁起，道尔顿坚持记气象日记，直到逝世前一天，整整坚持了57年。由于其长期观测气象，研究气体的物理性质，因而提出了热膨胀定律。
晚年的道尔顿思想变得有些僵化、固步自封，对法国化学家盖·吕萨克在原子论的影响下发现了气体反应的体积定律、意大利物理学家阿佛加德罗建立了分子论进行了无情的抨击和反驳。尤其是对瑞典化学家贝采利乌斯创立元素符号，道尔顿一直到死都是其反对派。
道尔顿是一个终身未娶、没有后人也没有钱财的人，他将自己一生的热情和精力全部奉献给了科学。1844年7月26日晚，道尔顿病逝。虽然他的后半生对科学贡献不大、甚至阻挠别人的探索，但他对促进科学发展方面所做的贡献是不可磨灭的。
诚如恩格斯所言，“在化学中，特别感谢道尔顿发现了原子论，已达到的各种结果都具有了秩序和相对的可靠性，已经能够有系统地，差不多是有计划地向还没有被征服的领域进攻，可以和计划周密地围攻一个堡垒相比。”
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