4月18日是星期日，这天正好是一个万里无云的好天气。
按照事先的决定，山本五十六由参谋长宇垣、副官福崎升、军医长高田、航空参谋端久利雄、室井舍治、会计长北村、气象长友野和通信参谋今村薰等陪同前往。经常跟随山本左右的渡边、黑岛因病未能一同前往。
山本还是那样有规律，早晨5点就起床，5点半进早餐，然后换上军装。山本不论是在特鲁克还是来到腊包尔，一直都是穿着白色军服。一名参谋认为白色太显眼，提议改换战时的草绿色军服，山本答应了。由于当天即可返回，山本只带了眼镜和香烟。
当山本一行来到机场时，705航空队所属的两架“一”式陆基轰炸机已经发动引擎。山本仰望天空说：“今天是飞行的最佳气候。”
山本五十六—一和送行的人员打过招呼后便登上了一号机，宇垣参谋长坐上了二号机。按照预定时间，两架陆基轰炸机于6时整准时起飞，离开了腊包尔机场。紧接着，204航空队所属的6架零式战斗机，也远远抛开卷起的尘埃腾空而起。然后以三三编队的队形分成两队，分别在山本座机的左右两侧护卫飞行。1小时30分钟后，布干维尔岛就在左侧出现，机队开始降低高度，岛上茂密的热带丛林清晰可见。布因基地和巴莱尔岛已经不远了。在二号机上，机械师穿村村调，递给宇垣一张纸条，“7点45分到达巴莱尔。”还有15分钟飞机即可降落。
此时，在南面从瓜岛亨德森机场起飞的16架编队严密的p一38“闪电”式战斗机（狙击队的2架飞机因故障未能起飞成功），正从南面朝布干维尔飞来。机上的驾驶员耳边好像还回荡着上机前米切尔少将那道严厉无比的命令：“无论付出多大代价，也必须给我完成任务！”飞机在飞行中一律不准使用无线电，只使用罗盘和速度表。机队从起飞之后，整整在海面上低空飞行了2个小时，9时33分（7时33分），p—38机群穿过了布干维尔岛绿色海岸线，在林海上空飞行，在预定时间到达了预定地点，只比山本座机的预期时间早到50秒钟。
机群指挥官米歇尔少校看了看表：9时34分。按计划只有1分钟了，山本的座机应该出现在西3英里处，但那里没有一架飞机的影子。就在这紧张的时刻，他的一个飞行员突然打破了无线电沉默呼叫道：“发现敌机，左前方！”
米歇尔看到了在山前飞行的敌机。他飞快地数着：一共8架，其中有2架轰炸机。他好不得意，山本的时间是多么准确啊，与拦截计划时间只差1分钟。
米歇尔转向东飞，与敌机航向平行，并开始爬高。“全体注意，扔掉副油箱！”说完，米歇尔猛地打开油门，率机群爬上6000米的高空以引诱日本护航的战斗机，下面只留下了兰菲尔的狙击分队。日本的护航战斗机果真上当了，他们甩开山本的座机向美机扑去。在距山本座机约500米的右下方担当截击任务的兰菲尔中尉的狙击分队迅速拉起，4架p—38“闪电”式战斗机风驰电掣般地升入山本座机的航线。
正在这时，上当的“零”式护航机发现了悄悄拉起的美战斗机，大吃一惊，急忙全速俯冲下来，企图掩护山本的座机，可惜已经晚了，来不及了！兰菲尔已抢先一步，扭转机身对准山本座机的前进方向一阵猛扫，就在两架飞机即将错开的瞬间，兰菲尔打掉了山本座机的右翼。“一”式陆上攻击机一旦起火，就无法挽救，而且这样低的高度，降落伞也无济于事。
与此同时，宇垣参谋长的座机也遭到阻截，飞机急忙下降高度，并来了一个90度的急转弯。宇垣向前看去，在距二号机4公里处的右前方，一号机正在冒着黑烟，吐着火舌减速低飞。他对站在飞机过道上的航空参谋室并失声叫道；
“保护长官机！”
接着他又向驾驶员大声喊道：“追上一号，追上一号，追上！”
一架美机扑来，驾驶员本能地来了一个急转弯，一号机从他们的视线中消失了。当飞机再次恢复水平飞行时，一号机已不在空中了。忧心忡忡的宇垣只看到密林中一股黑烟冲天而起。唉，万事休矣！
山本座机坠毁的一刹那，兰菲尔看得十分清楚，他说：“我看见山本座机触到密林的树梢上，机翼被卷入紫色火焰、火光和破片当中。机翼掉了，机体像个红火球钻进密林……”
与此同时，兰菲尔的僚机不顾俯冲下来的日本“零”式机的扫射，不失时机地向宇垣的座机射出一排密集的子弹。坐在机内的宇垣无奈地看着p—38机头的机枪吐着火舌，他感到自己的座机在颤抖。p—38的飞行员是个出色的炮手，第一次射击就击中了轰炸机的右部，接着又打中了左部。整个飞机像敲鼓一样被炮弹打得咚咚响个不停，并开始剧烈摇晃起来。
另一发炮弹突然间撕开了轰炸机的右翼。坐在宇垣前面的机长猛推驾驶杆，企图在海上紧急迫降。这是他此时求生的唯一办法。在轰炸机栽进水里之前的一刹那，驾驶员用力拉驾驶杆，想把飞机再拉起来，但是已经来不及了。轰炸机全速砸在海面上，飞机向左翻沉。
飞机坠落的地点是布于维尔岛西南端莫伊拉角稍北处。宇垣没有死，他和北村会计长、驾驶员林浩侥幸活了下来。
这场战斗仅仅历时3分钟，到9点38分，周围又恢复了原来的寂静。
米切尔海军少将向哈尔西报告：“约翰·米歇尔陆军少校指挥的p—38式机群向卡希利地区进攻。上午9时半过后，击落了由编成密集队形的“零”式战斗机护航的2架一式陆上攻击机，还击落了3架零式战斗机。我1架p—38式机尚未返回，4月18日看来是我方胜利日。”
感到满意的哈尔西立即回电：
“祝贺你们成功！在猎获的家鸭中，似乎夹着一只孔雀。”
第二天上午，哈尔西在军官例会上宣读了这一胜利的电报。海军少将特纳欣喜万分拍手叫好。“得啦，凯利，”哈尔西说，“这有什么好的？我原想把那个坏蛋用铁链牵到宾夕法尼亚大街上示众，让你们踢他，那才好呢！”
而此时在日本方面，却是如丧考妣，各等要人大惊失色。
18日当天，留守在腊包尔的黑岛、渡边两位参谋和草鹿任一、小泽治三郎等，即从来自布因的电报和返回的护航战斗机的报告中得知了山本遇难的消息，但对山本的生死尚不明了。下午2时30分，一封电报直发东京，震动了全部日本海军首脑，海军省内一片惊慌，犹如发生了一场大地震。岛田海相、泽本海军次官、永野军令部总长、伊藤军令部次长和福留繁第一部长等海军首脑，当晚都陆续来到部里加班。
在腊包尔，19日上午8时许，渡边和东南方面舰队军医长大久保信乘陆基轰炸机飞抵布因。他们首先看到了满脸扎着绷带的宇垣参谋长。只见宇垣参谋长一边流着泪，一边急促地说道：“长官，在距莫伊拉角四五英里的地方。快去，快去。”渡边立即乘水上飞机飞抵现场进行侦察，但一无所获。后来他命飞机飞回海上，降落在等候的一艘扫雷艇附近，重新研究了新的搜寻计划，决定从扫雷艇上派出60名士兵，组成搜寻队，自己亲自担任指挥，从小河河口上陆。
小河婉蜒曲折，伸向布干维尔岛海岸的密林深处。他们将预先准备好的粮食、衣物、药品等用品放在了小船上，溯流而上。河水越往上游越浅，有些地方还有倒入河中的枯树挡住去路。行至途中，他们不得不弃船上岸，分成两队，沿小河两岸步行，向深山密林搜索而去。
当时，布干维尔岛上驻有日陆军第17军的各种部队，事件发生之后，许多搜索队纷纷出动，其中有驻布因的佐世保第6特别陆战队古川少尉指挥下的9人搜索队；有滨砂盈荣少尉指挥的一支搜索队以及从布因出发的海军搜索队；还有一支是陆军大尉安部茂的搜索队。
滨砂所领导的第1小队在18日曾亲眼看到了几架美国p—38战斗机同日本海军的“零”式战斗机在空中的激烈交战。他们还站起来为海军的战斗机加油：“打！狠狠地打！”这时，只见远处山上的密林中升起一股黑烟。他们以为是被击落的美国飞机，于是，便高兴地一边拍手喝彩，一边向空中的日本飞机喊道：“打得好！打得好！那帮家伙终于被你们打落了！”他们万万没有想到那是山本五十六的座机被击落了。
几小时后，一道紧急命令传来：我海军要人的座机坠落了。令你们马上组织搜寻队前往搜寻。找到后，要立即向上汇报，说明飞机坠落地点的方位。
滨砂接到命令后，立即组织了一支10人的搜索小队进山。他们艰难地穿过茂密的森林，跨过流淌的小河，在密林中转来转去，但一无所获。在接近黄昏的时候，他们不得不失望地返回部队。这一天海军搜索队也徒劳往返。滨砂接到命令明天继续搜寻。
19日一早，滨砂所率领的搜索队不得不再度进入密林。重尝头一天的苦头。又是一天快要过去了，但仍没有发现任何线索。在他们扫兴地决定往回走的时候，队里的一个人突然兴奋地说：“队长，这一带好像有一股汽油味儿。”他们寻着汽油味儿的方向走去，不多时，在不远处的前方出现了一个像土堆一样的东西。
他们疑惑着：在这样的地方怎么会出现土堆呢？仔细一看，原来是1架摔毁的“一”式陆基轰炸机的尾翼在竖着，还有被摔得破烂不堪的主翼和螺旋桨。粗大的飞机机体在印有太阳旗的地方折断了。机头部分已经烧成灰烬。他们在机首约10米处发现山本的尸首。只见山本坐在飞机的座垫上，左手握军刀，套有白色手套的右手复于其上，头耷拉在军刀上方，军装左右襟悬挂着大将襟章。他的左下腋微微依靠椅把，左胸流着血，染红了白色的手套。山本的身旁，倒卧着军医长高田六郎少将。两具尸体皆已生蛆，气味异常难闻。
山本看上去是那样地安然、端详，似乎很难让人理解。这成为后来有关山本之死的各种各样的传说和想象的根据。有的说，山本的遗容像活着的人一样；有的说，飞机坠地后，山本根本没有死，他是走出机体后自刎的；还有的说，当人们向他走去时，他还猛然睁开眼睛看了看周围的一切才安然死去的。
事实上根据分析判断，飞机坠毁后，只有高田一人有意识，他唯恐山本的遗骸烧焦，才把他从机舱里拖了出来，并让他手握军刀，保持威严的姿态。不久，高田自己也断气了。
根据第一基地海军少佐军医田渊义三郎于4月20日写的尸检记录，山本的伤势如下：“左肩肿骨的中央部，有一个食指肚儿大小的子弹射入孔。子弹的走向是右前上方；左下颌角有一个小手指肚大小的子弹射入孔，出口在右眼外眼角，像拇指压痕一样大小……显然系因损伤主要内脏器官而致命。”
4月21日，山本等11具尸体在布因岛火化。22日，渡边和宇垣参谋长护送骨灰回腊包尔。23日，山本的骨灰由专人乘水上飞机从腊包尔送往停泊在特鲁克岛的联合舰队的旗舰“武藏”号。联合舰队的山本时代结束了。
死去的山本享受了帝国的最后一次殊荣。5月17日，载着山本骨灰的战列舰“武藏”号由特鲁克起航，21日驶入东京湾，停泊在木更津外海。同日下午，大本营正式发表山本的死讯：
“联合舰队司令长官海军大将山本五十六，本年4月于前线在同敌人作战的飞机上指挥全面作战中，不幸壮烈牺牲。遵圣上亲命，接替他职务的是海军大将古贺峰一，已前往联合舰队就任。”
与此同时，官方发表公告，追授山本大勋位、功一级、正三位和元帅称号，并准予按国葬规格进行安葬。海军方面还请求加赐山本以“男爵”称号，但未得批准。
山本五十六的国葬仪式在1943年6月5日举行，这一天也是另一位海军英雄东乡元帅的葬礼纪念日。在东京有百万市民排列在街道两旁观看送葬队伍。渡边中佐手捧山本的指挥刀，三和义勇捧着大勋位勋章，走在拒载骨灰盒的炮车后面。山本的骨灰一分为二，一部分葬在小金井多磨墓地东乡平八郎墓的旁边。另一部分由山本的姐姐高桥嘉寿子和其亲友带回家乡安葬在长冈长兴寺。
人们在“武藏”号长官室的抽屉里发现了山本的一封遗书，上面写道：
“征战以来，几万忠勇无双之将士用命奋战已成护国之神。呜呼！吾有何面目晋见皇上，又将何言以告已逝战友之父兄。身非铁石，但欲表坚心一贯，可深入敌阵，以示日本男儿之血气。暂且等待吧，成仁的年青人！你们战死留名的一战打得轰轰烈烈，不久吾将随你们而去。
昭和17年9月末述怀 山本五十六志”
山本五十六实现了他的遗愿。据此曾有相当一部分人认为，山本是自愿去送死的，在他认为局势已无可挽回以后，便有意以身成仁，实现日本武士道战死疆场的最高准则。无论山本是如何死的，有一点可以确认无误的是，随着他魂飘南太平洋，日本帝国寿终正寝的厄运正式开始了。
接任山本联合舰队司令长官遗缺的是他的好友古贺峰一海军大将。尽管古贺峰一同山本五十六一样有着令人目眩的阅历，曾历任日本驻法国大使馆武官、帝国联合舰队参谋、第7舰队司令长官、军令部次长、中国舰队司令长官，但他非但不具有山本五十六的胆识，而且又面临着美军在太平洋的大规模反击，帝国赋予他的使命不过是为日本皇室和大本营谱写一曲哀乐的尾声。
到1943年，第二次世界大战的战局已经发生了根本的变化。在欧洲战场，以斯大林格勒大会战为契机，苏军转入总反攻。与此同时，美英联军在1943年初结束北非方面的作战，于7月越地中海而进攻意大利，9月意大利就宣布投降。在太平洋，美军经过精心准备，从中太平洋和西南太平洋两个方向，分别由尼米兹将军和麦克阿瑟将军对日本的绝对国防圈发起了“双叉攻击”。日本法西斯的统治已是风声鹤唳，四面楚歌。
果然，在不到一年的时间里，古贺就踏上了与山本会面的道路，1944年3月31日，古贺峰一在乘飞机向菲律宾后撤途中，遇风暴机毁人亡。
已如惊弓之鸟的日本军部法西斯，困兽犹斗。裕仁天皇和大本营决策者一致商定，由丰田副武海军大将接任联合舰队司令长官，继续贯彻古贺大将的战略方针，即暂时从中南太平洋诸岛撤退，寻找战机，以备再战。于是，在太平洋上日美又演出了几场大规模的海战，日本军国主义者开始了其“玉碎”的过程。
1944年6月，在马里亚纳大海战中，美军出动3个海军陆战师和1个后备陆战师，另有3支大舰队，总计航空母舰27艘，战列舰12艘，巡洋舰32艘，飞机约1000余架，兵力13万人，一举将日本联合舰队击溃。接着在同月15日，美军又攻克塞班岛，日本太平洋舰队司令长官、当年偷袭珍珠港的南云忠一中将下令“全体战死”，自己也剖腹自尽，岛上3万日军无一幸免，居民万余人也有很多被迫跳崖沉海。战况惨烈，其状目不忍睹。8月10日，美军攻占关岛，日军1.8万人全部“玉碎”。
针对美军大规模反击，联合舰队勉强拼凑起残兵败将，决心在菲律宾与美军决一死战。为此他们在过去“肉弹攻击”的基础上，进一步发明了“特攻战术”，将许多日本青年强制编入所谓的“神风特攻队”，驾驶劣质“特攻机”、“人身鱼雷”（取名“樱花弹”）等撞击敌舰敌机。但这丝毫无助于挽救日本法西斯失败的命运。莱特湾一役，日本枉自付出了5.6万多人的生命。1945年2月3日，美军攻占马尼拉，将战线继续向日本本土推进。
为了打开日本的前大门，美军必须攻克位于日本正南的硫黄岛和冲绳岛。但是日本的抵抗已经变得疯狂，在只有25平方公里的硫黄岛上，2万疲惫不堪的日军面对20多万美军的猛烈攻击进行了拼死的抵抗，但全部被美军封在坑道之内。而冲绳岛战役，美军却付出了很大的代价，伤亡7.5万余人，其中阵亡2万余人，人数超过中途岛和瓜达尔卡纳尔岛两次大规模海战的总和。在冲绳岛战役中，“神风”决死队共进行了10次自杀出击，东京当局把这种扑向死神的飞翔誉为“流动的菊花”，被哀乐送上天空的凋零枯萎的菊花。在10次自杀出击中，飞机先后出动达1500架次以上，共撞沉美国海军舰只34艘，撞伤360余艘。日本统治者在随后通过的《今后应采取的指导战争大纲》中，进一步发挥了这种野蛮而疯狂的军国主义精神，提出“本土决战”，“把国土的万物万象统统化为战力”，“发挥一亿特攻之攻击精神”。要求日本人民“七生尽忠”、“一亿玉碎”。这种人类自从有战争以来最野蛮而残忍的行动，给美国人的心里埋下了仇恨和报复的种子，大大激怒了罗斯福死后的继任总统杜鲁门，他决心给日本人还以颜色。
1945年8月6日，美国在广岛投下了第一颗原子弹。这颗命名为“小男孩”的原子弹将当时拥有24.5万人口的广岛市毁灭了：11平方公里的城市中心地带被夷为平地，当日死者计为7.8万余人，负伤和失踪者为5万多人。如果将爆炸后的几年内因原子病死亡者计算在内，死亡人数在20万人左右。8月9日，美军在长崎投下了第二颗原子弹，又有7万人伤亡。
此时，苏联政府亦已完成了对日作战准备。8月8日夜，苏联外长莫洛托夫在克里姆林宫召见日本驻苏大使，向其递交了宣战书。8月9日，苏联贝加尔方面军、远东第一方面军和远东第二方面军，共约150万人的机械化部队，在华西列夫斯基元帅的指挥下，以排山倒海之势，向中国东北境内迅速推进，对哈尔滨、长春、沈阳和吉林等重要城市进行分割包围。筑垒坚守的近百万关东军，一周之内即告崩溃。
8月9日，在延安发表《对日寇的最后一战》。八路军、新四军和抗日根据地的广大人民，向日军发动了空前的大反攻。
这样，从太平洋的四面八方，都为日本军国主义的覆灭敲响了丧钟。东方大海盗在太平洋地区辉煌的盛世，已如烟云般地散去。
8月14日，裕仁天皇在他的防空洞里召开了最后一次御前会议，决定向盟军投降。第二天，天皇通过广播下达“终战诏书”。8月27日，美军占领军开始进驻日本。9月2日，在美军军舰密苏里号的甲板上，日本外交大臣重光葵、参谋总长梅津美治郎代表日本天皇、日本政府和日军大本营签署了无条件投降书。猖狂一时的日本法西斯终于被押上了历史的审判台。
战争结束以后，山本五十六的同僚们都被押上了国际军事法庭，接受正义的审判。法庭起诉书列举了55项罪状，历数了日本军国主义集团在政治上、军事上所推行的一系列侵略政策，揭露了他们在中国和太平洋地区的血腥暴行，最后给以东条英机为首的7名战犯判处绞刑，16人被判处无期徒刑。
然而，由于山本死在了大战正酣的战场，他逃过了人们的审判。作为太平洋战争的直接发动者，不用说在他的手上也沾满了屠杀善良、无辜人民的鲜血。与其他战犯不同，他给后人留下了许多谜一般的问题：毫无疑问，他是日本最具法西斯侵略胆识和伎俩的将领，但却为自己对珍珠港由奇袭变成了偷袭而苦恼；他生前最遭美国人的痛恨，死后却受到美国人的同情和尊敬；有人说他是疯狂的法西斯战犯，也有人说他是反战的英雄；为了帝国的利益，他反对同德、意结盟而同英、美开战，但却亲手策划了对珍珠港的偷袭；在战略战术上，他主张发展航空母舰，支持航空兵的建设，却在中途岛败于航空母舰战术。山本五十六就是这样一个矛盾得几乎无法统一的人，然而这就是山本五十六。在日本法西斯疯狂向外侵略的日子里，他选择了为法西斯效命的道路。他在这一历史环境中所作的选择和他的武士般服从的性格，以及拥有卓尔不群的见识和理智，犯下累累罪行并决定了他悲剧般的命运。这正是：忠勇百战多，奈何无战果。从来暗算精，卿卿命投火。
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