1918 年末，乌克兰、白俄罗斯和波罗的海沿岸各国的工人和农民，如火如荼地展开驱逐外国侵略者的斗争。由察里津归来的斯大林，又奉党中央之命，去组织乌克兰战线。1918 年11 月底，在斯大林的指挥下，乌克兰战线的部队迅速解放了哈尔科夫，并继续向基辅和顿巴斯挺进，把皮特柳尔白匪和德国侵略军从乌克兰领土上撵了出去。12 月10 日，红军解放了明斯克，以后又解放了白俄罗斯的其他城市。立陶宛、爱沙尼亚和拉脱维亚的大部领土也很快光复了。
1918 年12 月，东方战线告急，红军第三集团军在与高尔察克匪军的战斗中连吃败仗，元气大伤，并于12 月24 日放弃皮尔姆。这样便产生了西伯利亚反革命势力与由阿尔汉格尔斯克向前挺进的英、美干涉军会师的危险。
为了挽救这种危急局势，经列宁提议，党中央委员会和国际委员会决定派遣由斯大林和捷尔任斯基组成的党的审查委员会到东方战线去，调查皮尔姆失守的原因，并采取措施扭转东线的战局。1919 年1 月5 日，斯大林抵达前线后，及时查明了失利的原因，迅速整顿了第三集团军参谋部的程序，加强了领导，补充了新的步兵团和骑兵营，组成了神速的滑雪出征队，随即向白匪和干涉军展开了有力的反击。与此同时，还采取各种措施来清洗和巩固后方。
在维亚特卡城（现改名基洛夫城）设立了革命军事委员会，以便统一东部战区党政军和革命委员会的活动，把广大劳动人民团结在苏维埃政权的周围。
斯大林采取这些措施的结果，使东线形势发生根本性的转折。第三集团军有效地阻止了白匪的进攻，并在东线转入反攻。红军信心百倍地向前挺进了。1 月22 日解放奥伦堡城，1 月24 日英勇的夏伯阳师团进入乌拉尔斯克。到1919年春天，白匪高尔察克的部队遭到了严重的打击。
列宁对斯大林在东方战线所作出的努力十分赞赏。在短短的几个月内，斯大林规定了改造党、苏维埃和军事机关的工作办法，制订了巩固苏维埃国家国防能力的完备而严格的纲领。在军事建设方面，为动员和整编、建立常备军和加强红军中的政治工作，以及大兵团协同作战等创造了宝贵的经验。
在1919 年3 月举行的布尔什维克党第八次代表大会上，他捍卫了列宁的建党、建军原则，粉碎了“军事反对派”的有害论点。“军事反对派”维护军队中的游击主义残余，反对建立正规红军，反对利用军事专家，反对铁的纪律。斯大林在演说中指出，只是在有了“富有遵守纪律精神、有善于做思想工作的政治部、一旦接到命令即善于而能够奋起抗敌的正规军”时，才能保卫苏维埃共和国。斯大林的发言，受到大会的热烈欢迎。
1919 年春天，英、法、美等帝国主义组织了对苏维埃共和国的“联合征讨”，再次掀起了武装干涉的新。高尔察克是这次进犯的主要突击力量。
帝国主义者趁着红军与高尔察克大战方酣之际，又派尤登尼奇将军所部进攻彼得格勒，派芬兰白军和爱沙尼亚白军以及英国舰队到波罗的海来声援他们。在红军后方的反革命也猖獗起来。新生共和国再次面临严重的危险。
为了组织在彼得格勒近郊对白军的反击，党中央特派斯大林前去彼得格勒掌握保卫战的全盘事宜。他发动红军战士和工人保卫城市。5 月底6 月初，他亲自到处于白军直接打击之下的加特琴纳地区去，到危急万分的纳尔瓦前线去，视察卡列里地峡的防务，就地采取击退敌人攻势的对策。斯大林特别重视波罗的海舰队的作用，他采取种种办法，清除了波罗的海舰队中的叛徒和间谍，恢复了波罗的海海军的战斗威力。5 月25 日，斯大林向列宁报告说：
“我确信，我们舰队正在变成名副其实的舰队，它有纪律严明的水兵，准备用一切力量保卫彼得格勒。”波罗的海的战士们，没有辜负斯大林对他们的高度评价。
1919 年五六两月，波罗的海舰队给了侵犯苏维埃共和国的英国武装干涉者以毁灭性的打击。6 月14 日，舰队水兵和工人分遣队又奉斯大林之命，查剿了彼得格勒间谍破坏分子的巢穴，收缴了他们的武器，把帝国主义的代理人消灭了，从而粉碎了英、法帝国主义企图利用勾结者和间谍破坏分子，对彼得格勒保卫者从背后施加打击的阴谋。
在保卫彼得格勒的这些日子里，斯大林还领导了肃清“红丘”和“灰马”两个炮台的反革命叛乱工作。这次叛乱是武装干涉者在叛徒的帮助下制造的。在奥兰宁巴乌姆举行的海陆军指挥官会议上，斯大林夺回“红丘”炮台的计划虽然遇到海军专家们的反对，但他仍建议从海上和陆上围攻“红丘”炮台。在斯大林亲临前线指挥下，“红丘”被拿下来了，尤登尼奇见势不妙，迅即由彼得格勒狼狈逃窜。
1919 年6 月27 日，按照斯大林的指挥，红军部队在阿尼亚湖舰队和波罗的海舰队的支援下，以突然行动占领了拉多加湖岸上的维德里茨，并从苏维埃国家领土上将芬兰白军驱逐出去。与此同时，还阻止了波兰白军在白俄罗斯的攻势。这对巩固西方战线有着重大的意义。
红军在斯大林领导下，在彼得格勒附近取得重大胜利之后，又挥师东进，继续同高尔察克斗争。经过多次激烈战斗，终于击溃了高尔察克的军队。这个号称为“俄国最高执政者”的沙皇海军上将也做了红军的俘虏，最后被革命委员会枪决了。当时，在西伯利亚流行着一支讽刺高尔察克的歌曲：
英国的军装，
法国的肩章，
日本的烟草，
鄂木斯克的执政王。
军装穿破了，
肩章脱落了，
烟草吸完了，
执政王不见了。”
外国武装干涉者看见高尔察克没有实现他们所寄托于他的希望，便改变其进攻苏维埃共和国的计划。他们经过一番准备，于1919 年秋天又发动了第二次进犯。丘吉尔把这次侵犯吹嘘为“14 国联军的征讨”。从南俄库班地区北上的邓尼金匪军是这次主要的突击力量。列宁号召“大家都去与邓尼金斗争！”成千上万的员、青年团员、工人阶级的优秀儿女都纷纷响应他的号召，拿起了武器。为了组织南方战线的胜利，党中央根据列宁的提议，派斯大林去担任这个战线的总指挥，以便整顿被托洛茨基搞乱了的南方战线的秩序，并保证把邓尼金匪军消灭掉。
斯大林抵达南方战线后，经过周密的调查研究，首先制定了严格的军纪和机动灵活的战略战术。他抛弃了托洛茨基所主张的从伏尔加河至诺沃罗西斯克突破邓尼金阵线的计划，制订了由沃龙涅什一带经过哈尔科夫—顿巴斯—罗斯托夫实施主要打击的有名的战略计划。按照这个计划，邓尼金所部将被截成两段，并保证红军迅速通过许多由无产阶级所控制的中心城市和铁路密布的地区，解放燃料工业城市顿巴斯。党中央采纳了斯大林的计划。为了打击邓尼金的主要部队，在奥勒尔西北，斯大林把南方战线第十三和第十四两集团军最有战斗力的部队，组成突击队。在他亲自指挥下首战告捷，于1919年10 月20 日一举解放了奥勒尔，使白匪军遭到重大的损失和决定性的失败，从而军心大振。布琼尼的骑兵随即乘胜追击，在沃龙涅什附近将白军击溃。
10 月25 日，斯大林在给列宁的报告中这样写道：“作为反革命的主要支柱，经过协约国和邓尼金长期努力而建成的施库罗和马蒙托夫的骑兵军，已在沃龙涅什附近战斗中被布琼尼的骑兵迎头击溃。沃龙涅什已由英雄的红军所占领。”邓尼金的主力部队遭到毁灭性的打击之后，斯大林就满怀信心地指挥南方军向敌人展开猛烈的进攻。根据他的建议而建立的以布琼尼、伏罗希洛夫和夏殿科为首的第一骑兵军对取得胜利起了极大的作用。邓尼金的败北使协约国的第二次进犯又彻底破产了。
在1920 年初，苏维埃政权有了一个短暂的喘息时期，经济建设问题就特别尖锐地提出来了。苏维埃国家劳动人民纷纷响应党的号召：“一切为了恢复被破坏的国民经济而斗争！”这时斯大林奉列宁的指示，负责领导恢复乌克兰被战争破坏的经济，领导乌克兰劳动军委员会。这年3 月，在他的领导下，举行了乌克兰（布）第四次代表会议。斯大林在关于经济政策和其他问题的发言中，确定了党组织在经济战线上的任务。他指出必须从工人中提拔新的领导干部，推行企业一长制及岗位责任制，发挥地方机关的创造性，组织各工厂、矿山、铁路劳动者开展竞赛。在斯大林的具体领导下，乌克兰工人阶级以巨大的努力，首先恢复了顿涅茨矿区的生产。斯大林认为，如果不先把燃料工业恢复起来，全国的工厂和交通便不能开工和运行。这个极端困难的任务解决后，被白军破坏的矿山纷纷恢复生产，扩大了采煤量，铁路、桥梁、工厂和发电站也都迅速修复，重新投入生产。这对发展经济、支援战争起了重要作用。
1920 年春，协约国的武装干涉集团派波兰地主军队和弗兰格尔白军开始第三次进犯苏维埃共和国。
1920 年5 月底，斯大林根据党中央的决定，开始指挥西南战线。列宁在发给他的电报中说：
“我认为，你在权衡整个环境时，一定会发挥你的全部精力，并将获得重大成就。”苏维埃国家顺利地击退了这次帝国主义的进攻。斯大林在西南战线上实现了他制订的战略计划，对第聂伯河右岸乌克兰的波兰白军给予反击。骑兵军突破波兰白军阵线，并于6 月7 日占领日托密尔城。有名的日托密尔城突破战在扭转前线的形势上起了决定性的作用。它使敌人进行联合作战——运动战和阵地战的一切打算都失败了。波兰地主军队很快就开始退却，以后则变成狼狈的逃窜。骑兵军展开攻势，配合其他部队共同解放了基辅，并在短期内开始向里沃夫挺进。在西南战线上的战果，也促成了白俄罗斯领土上战争发展的转变。
在红军与波兰地主军队进行激烈战斗的时候，弗兰格尔从克里米亚发动了新的攻势，威胁顿巴斯和西南战线的后方。斯大林在1920 年7 月11 日《真理报》上发表的《论波兰战线形势》的谈话中，指出必须消灭来自南方的危险。他说，党必须在自己的旗帜上标明当前新的口号：“记住弗兰格尔！”“一定要消灭弗兰格尔！”在斯大林为党中央起草的《致各级党组织的信》中，号召全党重视克里米亚前线。列宁对这封信十分赞赏，并作了如下的批语：“我赞成立刻把它分发出去，这是毋庸讨论的一个文件。”为了尽快肃清弗兰格尔匪军，1920 年8 月2 日，党中央政治局通过了一项决议，把西南战线的克里米亚战场划分为一个独立的南方战线。责成斯大林来执行这个决议。为了完成这一重要的战略任务，斯大林进行了一系列的组织工作，他亲自到辛涅里尼柯沃、沃尔诺瓦哈、阿历山大罗夫斯克、马利乌坡里以及克里米亚战线的其他地区去，亲自指挥战斗，进行思想政治工作，帮助指挥员们制定作战计划。经过激烈的战斗，反复争夺，终于在1920 年秋解放了克里米亚，彻底击溃了协约国走狗弗兰格尔的部队。协约国帝国主义分子对苏维埃国家的第三次武装进犯就这样遭到了失败。
在1918 年至1920 年内战期间，在反对白匪和外国帝国主义武装干涉的斗争中，斯大林作为国防委员会副主席和红军的统帅，作出了卓越的贡献。
正是：
保卫革命立奇功，
察城鏖战扬威名；
哪里危险哪里去，
扭转战局倍称颂。
欲知后事如何，且看下文分解。
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