此后刘邦转战沙场，萧何一直跟随刘邦左右。刘邦的部队攻入秦都咸阳之后，许多将士都争相抢夺秦朝国库里的金银财宝，刘邦有些坐不住了，贪图享受荣华富贵，萧何却不争夺财宝，他率领一批手下人，将秦朝收藏的所有的地图文件都收集起来。这是萧何与众不同的最大的一点，是萧何之所以为萧何的点睛之笔。一帮子农民起义军，蜂拥杀入秦的首都咸阳，又蜂拥杀入皇宫和达官贵人的府邸，能干出什么事来？当然是抢劫。金帛钱财美女珍玩，都在他们抢劫分赃之列。什么文书、档案、地图、户籍、法律、法令，谁知道它们是什么，有什么用？只有萧何认识它们，知道它们的价值。所以，他像别人抢劫金银珠宝一样去争夺这些至宝，收藏起来。这样，萧何这个人物，就从千千万万个他的同事中间凸现出来了。萧何为什么能做到这一点？这与他的经历有关。他是秦*的一个基层公务员，他懂得这些文书、资料、法律、档案对于国家*建设的重要意义。通过这个行动，他已经给自己在新*中的角色、地位作了一个准确的定位。他是刘邦集团的总管家：战时是根据地的最高行政长官和后勤部长，夺取*后就是当仁不让的丞相。
项羽*咸阳后，把刘邦分封到偏僻穷困的巴、蜀、汉中一带为汉王，刘邦忍不下这口气，决定和项羽决一死战。萧何劝刘邦：大丈夫能屈能伸，暂时先服从项羽的分配，先去汉中为王，然后招兵买马，不断地扩大自己的力量。只要卧薪尝胆，奋发图强，天下早晚要属于刘邦的。因此，刘邦开始醒悟，迅速带领兵马来到汉中。此时，萧何被任命为丞相。刘邦在汉中暗自培养自己的实力，招贤纳士，治理巴蜀，逐渐变得强大起来。
刘邦进攻关中时，萧何留守汉中，他全力以赴，征集兵源，筹备粮饷，保证了刘邦在前线的作战需要。刘邦攻下关中后，东出函谷关，继续与天下诸侯争雄，而刚占领的关中正是满目疮痍，萧何又赶来进行了一系列的治理整顿。他辅佐太子刘盈，订立规章制度，建立宗庙、社稷、宫室，设立地方*等。可以这样说，刘邦率领将士在前方开拓疆土功不可没，而对于所夺得疆土的巩固，却全都应该归功于萧何。正是由于后方的巩固，军备物资的充足，刘邦才能不断地向前开拓疆土，与项羽争夺天下。
获得了秦朝收集的文件和地图后，萧何帮助刘邦就很清楚地知道天下各处要塞，百姓户口，何处强弱，人民的疾苦，因此刘邦再和项羽交战时，总是得到地利优势，屡次击败项羽，即使有时候失利，刘邦也是很容易找到撤军、逃跑的路线，而不至于被全军歼灭。楚汉战争初期刘邦实力弱小，和项羽相去甚远，这对刘邦最终强大起来发挥了重要的作用。
楚汉战争爆发后，刘邦率军和项羽争天下，观众的后方基地，刘邦就交给萧何看管。关中地区是刘邦的根据地，是刘邦发展的根基，如果关中地区失守，刘邦就失去了赖以生存的基础，把关中地区交给萧何，充分说明了刘邦对萧何的信任。萧何也没有让刘邦失望，体现出了超凡的治理内政的能力，刘邦在前线作战，需要大量的供应给养，萧何总能够在后方为刘邦及时地补充，使刘邦转被动为主动。为了防止刘邦对自己起疑心，萧何还主动把自己宗族里面的人都送到前线去作战，这样就对萧何更加放心，而萧何也可以高枕无忧，安安心心做好自己的工作了。
独具慧眼，识将认才
萧何不仅独具慧眼以发现刘邦这样的非凡之人，他还是一位识将认才，大度能容的人才。他善于识别人才，给刘邦推荐了有军事才能的韩信，在楚汉战争中，他留守关中，保证了前方粮饷供应和兵源的补充，使刘邦无后顾之忧。因此，楚汉战争结束后，高祖刘邦以他功高，封他为酂侯。他一生治国有方，制定的法令严明齐备。他不计前嫌极力推荐曹参做下一位丞相。他死后曹参一直按他的法令办事，仍然把国家治理得很好。
汉初三杰中，韩信的出身最卑微，在他还是一个平民时，就受到许多人的奚落和唾骂，而且还有后来人们常说的“*之辱”。后来项梁率军渡淮河时，韩信参加了义军，但他在项梁的手下没有什么作为，项梁兵败身亡，他又投奔项羽，项羽又任命他做个卫队的郎中，他曾经多次向项羽出奇策，都没有被采纳。汉王刘邦到了蜀地，韩信逃跑投归刘邦，仍默默无闻。后来滕公夏侯婴见韩信谈吐不一般，便向汉王推荐韩信，但汉王任命韩信为治粟都尉，可是韩信仍未被发现有什么特长。韩信与萧何多次接触，萧何很赏识他。后来许多将士都进军途中逃跑了，韩信觉得在汉王手下仍不能展示他的才能，也随着逃跑了。萧何知道后，立即追回。此时，刘邦正准备收复关中。萧何就向刘邦推荐韩信，称他是汉王争夺天下不能缺少的大将之材，应重用韩信。刘邦采纳萧何建议，七月，择选吉日，斋戒，设坛场，拜韩信为大将。从此，刘邦文依萧何，武靠韩信，举兵东向，争夺天下。
汉高祖在为功臣分功时，众将觉得曹参功劳最多，应排第一位。但结果是萧何第一，而曹参第二。过去萧何与曹参同为沛县的小吏，两人相处很好，交情很深，但到了后来分封将相后，两人有了隔膜，曹参总是与萧何对着干，或者采取不合作的态度，两人关系就这样紧张起来。
公元前195年，汉高祖刘邦病死。萧何辅佐太子刘盈登上帝位，即汉惠帝。惠帝二年，年迈的相国萧何，由于长期为创建汉业*劳，终于卧病不起。惠帝亲临病榻探视相国病情，趁机询问以后的事情，说：“您去世之后，谁可以代您为相？”萧何回答说：“皇上你最了解臣下的心思了，还是请皇上自己决定吧。”惠帝又问：“曹参怎么样？”萧何素知自己不如曹参贤能，听了惠帝的话，竟挣扎起病体，顿首回答说：“皇上如果能得到曹参的辅佐，我即使死了也没什么可遗憾的了。”萧何与曹参虽然存在过矛盾，但萧何始终不计前嫌，举荐曹参，这是萧何大度能容的体现。
设计消疑，自污保身
萧何有缺点，他的缺点是只知道兢兢业业地做好本职工作，只知道竭尽全力为刘邦*多做贡献，而不懂得在关键时候，要去琢磨揣度刘邦在想什么。为此，他几次在不知不觉中陷入了危机。亏得有好心人帮助，他才一次次化解了危机。萧何并非聪明不及张良，而是对刘邦的了解深度不如张良，明哲保身的哲学境界不如张良。
萧何是刘邦的同乡，刘邦任泗水亭长时，他曾以沛县主吏的身份多次袒护刘邦。沛县起兵后，他一直辅佐刘邦争夺天下，在还定三秦、楚汉战争中立有大功。萧何拥戴刘邦，为刘邦成就帝业可谓呕尽了心血。然而，由于萧何功高震主，曾多次受到刘邦的怀疑。
第一次是发生在高帝三年（公元前207年），当时刘邦与项羽在京（今河南郑州荥阳东南）、索（今河南郑州荥阳城内）一带相持不下，楚汉战争处于相持阶段。萧何身在根据地关中，负责根据地的巩固和前方的军需供应。这时，刘邦多次派使者从前线回到关中，向丞相萧何表示慰劳。萧何对于刘邦的慰劳并没有多想什么，而此时一位名叫鲍生的先生向萧何提醒说：“汉王在前线风吹日晒，风餐露宿，却多次派使者来对您表示慰劳，这是对您有疑心啊。为您着想，不如派遣您的子孙兄弟凡是能手持兵器作战的，一律送到前线，只有这样，汉王才能更加地信任您。”于是萧何送子弟上前线，刘邦果然十分高兴。试想一下，在战斗环境异常艰苦、鹿死谁手尚未分晓的情况下，对下属刘邦最担心什么？最担心下属和他不一条心，见风使舵，脚踏两只船，更不用说投敌叛变了。谁要是能够把自己甚至整个家族的前途命运，都捆绑到刘邦的战车上，谁就能取得刘邦的信任。几年后，刘邦平定天下、论功行赏时，说了这样一句话：“诸君独以身随我，多者两三人，今萧何举宗数十人皆随我，功不可忘也。”这说明他对萧何在他困难时举宗助他是念念不忘的。在别人的提示下，萧何在关键的时候走对了关键的一着棋，化解了一次危机。
第二次是在高帝十一年（公元前196年），韩信谋反，吕后采用萧何计诛杀了韩信。韩信被杀后，刘邦派使者拜萧何为相国，加封五千户，并为相国专门组建了一支五百人的卫队。这是极为少见的荣耀，大臣们都来向萧何表示祝贺。按理说，这样的嘉奖萧何受之无愧。尽管韩信由于他的推荐而显赫，但一来他与韩信长期不在一起，决无结成死党的嫌疑，二来韩信的上当、落网，乃是采用了他的建议。在韩信的问题上，无论过去与现在，萧何都是为刘邦立了大功的。面对嘉奖，萧何可以坦然接受。恐怕萧老相国当时也是沾沾自喜的吧。召平此时对萧何说：“祸难开始了。因为韩信谋反，皇上疑心你了。这五百人不是保护你的，是监视你的。你还是推却新封，拿出全部家产来劳军。”萧何听从了召平的建议，刘邦果然非常高兴。
这是与刘邦的猜疑引起的，当时萧何并没有想到这些。其实萧何应该要像召平一样，吃准刘邦此时的心态，需要回顾一下历史。
刘邦平定三秦，东出函谷关后，在江苏、河南的彭城、荥阳、成皋一带与项羽打了四年的仗。其间败多胜少，多次死里逃生。最后之所以能反败为胜，除了自己的努力外，主要得益于韩信、彭越、英布三人。韩信率领汉军，消灭了黄河以北多支归附于项羽的诸侯军，先后平定了魏、代、赵、燕、齐，最后与刘邦一道围项羽于垓下。彭越、英布分别在梁、楚广大的项羽控制区内开展游击战，配合刘邦的军事行动。韩信、彭越，当时都处于一种“助楚则楚胜、助汉则汉胜”的特殊地位。可以说，没有这三人的支持，刘邦是不可能最终战胜项羽的。所以，在高帝四年、五年，尽管刘邦心里不愿意，他还是听从了张良的建议，先后封韩信为齐王（后改封为楚王）、彭越为梁王、英布为九江王。这个决定，对扭转战局，彻底消灭项羽，起到了关键作用。
消灭他亲自封的异姓王，是从刘邦当上皇帝之日起就定好的大向方针。有人举报韩信谋反，在没有任何证据、也没有进行任何调查核实的情况下，他抓了韩信，撤销了他的楚王封号。虽然后来不得不释放，但楚王已经变成了淮阴侯。彭越只是因为没有亲自随刘邦去讨伐陈豨，被怀疑为谋反，最后，在刘邦与吕后双重阴谋的迫害下，被夷灭三族；刘邦还将彭越的肉煮成肉汤，遍赐诸侯们“品尝”。刘邦从高帝五年当上皇帝，到高帝十二年四月去世，七年中“平叛”的战争几乎不断。除了与匈奴的平城之战外，攻打韩王信、陈豨、黥布、臧荼、卢绾，几乎都是消灭异姓王的战争。当然，不愿坐以待毙，不得已而首先发起叛乱的例子也有，黥布就是。
萧何没有被封王，但除了不掌握军队外，他的影响力比任何一个异姓王都大。韩信谋反未遂被杀后，刘邦心有余悸。尽管彭越、黥布当时还在，但解决他们，只是时间问题，何况这二人的影响要比韩信小得多。真正能给刘邦心中留下阴影的，应当首推萧何。这个阴影不会因为萧何设计捉拿了韩信而消失。所以，给你一支五百人的卫队，不是宠信于你，而是对你不放心。正因为对你不放心，才会在表面上对你更加亲热，更加关怀备至。捐献财物，辞谢封赏，诚惶诚恐，以示效忠和无私，萧何当时所能做的，也只能如此，所幸这些措施暂时还收到了效果，萧何度过了第二次危机。
第三次发生在高帝十二年（公元前195年）。黥布造反，刘邦亲率大军平定黥布叛乱的过程中。尽管萧何还像往常那样兢兢业业地工作，献出私产捐助军队，但刘邦的使者又开始频繁光顾，询问相国的日常起居和其它琐事了。
其实这是又一次刘邦对萧何的猜疑，这次与前两次已经大不相同，这次让萧何真的不知所措了。尽管这一次与第二次相隔不过一年，但形势已经发生了极大的变化。第一，韩信被杀几个月后，彭越接着被杀，黥布离被消灭也为时不远，异姓王的威胁已经消除。第二，刘邦因战争中多次负伤，身体明显不支，已经来日无多了。他对此已有预感，急于要安排后事。异姓王被消灭，去掉了他一病。此时他心中的第一件大事，是谁来继承皇位。除此之外，还有没有影响子孙后代坐稳皇位的隐患？萧何的功劳、声望、能力、甚至忠诚，对他都是潜在的威胁。他不担心张良，张良早就聪明地逃出红尘之中了。只有萧何的谦虚、谨慎、兢兢业业、克己奉公，让他感到害怕。这与刘备在白帝城临终时对诸葛亮的担心一模一样。这时，要消除刘邦的担忧，若再靠捐献财物、辞谢封赏、努力工作，表示效忠，恐怕只会适得其反。这时，只有明白无误地表示自己没有政治野心，不会去篡夺刘氏江山，只求安享荣华富贵，为子孙后代多留福荫，才最能使人信服。
萧何在门客的建议下，表演了这样一个“求田问舍”的新角色，不顾自己的一世英名，竟用低价强买了老百姓很多房屋地产，刘邦班师时，结果居然被数千百姓告到刘邦那里。刘邦大喜，将控告书全部发给萧何，说：“你自己去道歉吧。”
萧何到了老年，终于遭受了一次牢狱之灾。起因正是他的“求田问舍”。皇家公园上林苑地方辽阔，萧何觉得长安城太小，最好将皇家公园让百姓前往耕种。刘邦大怒，说：“相国定是拿了生意人的黑钱”，有受贿之罪，把他关进牢里去。很显然，是萧何的这次为民请命，无意之间打破自己“求田问舍”的假面具，一个原本面目的萧何，又**裸地*在了刘邦的面前。原有的猜忌、担心，在行将就木的刘邦心中，又一次强烈地泛起。要在自己活着的时候解决这个隐患，刘邦终于下了决心。决心一旦下定，就要急于实施，于是，连借口是否合适，是否经得起推敲，是否能服众，一时都无暇顾及。然而，在萧何被关入监狱之后，刘邦却不能不认真考虑这些问题。他一旦处置了萧何，就必须给朝野一个交代。另外，萧何是否会在自己死后真的不利于儿孙，是否一定要除掉萧何，这个矛盾在他心中始终在激烈地斗争着，并未最终解决。
思想斗争的结果，刘邦放弃了处置萧何的最后一次机会。这一幕的草草收场，留下了让人回味无穷的余韵。人们都来说情，说萧何要反早就反了，为百姓说话是相国的职责。刘邦听了，道理虽对，心里面仍不舒服，但把萧何放了出来。萧何素来恭谨，赤脚前往行礼。刘邦对从监狱里释放出来、前来谢恩的萧何说：“相国，算了吧，你是为民请命，我是桀纣无道之君，你是贤相。我这次关你，是想让老百姓都知道我的错误啊。”这几句话说得极重，萧何哪敢再言？只有叩头谢罪的份。一场惊心动魄的政治斗争，就在这样一番言不由衷的哈哈声中收场了。
在一般人的心目中，一个领导者有一贤相辅佐，两人定是如鱼得水，志同道合。实际上事实往往不然。贤相固然少不了，但相太贤，总有威胁主子权势的可能，所以一定要把他整得小心谨慎，如履薄冰。刘邦与萧何能有良好的配合，一方面是萧何能尽心竭力为汉朝效力，另一方面也在于萧何的善于审时度势，不居功，不自傲，避免让刘邦产生功高震主之感。他谨守臣节，不惜贬抑自己来消除刘邦的疑心。故而萧何与刘邦的良好信任关系一直保持着。
历史上对刘邦处理与将相之间的关系多有非议，尤其是建立西汉后，刘邦对将相有着猜疑、排挤甚至诛杀的行为。刘邦本为雄猜之主，对功高之臣颇含猜疑，但刘邦不失有为之君，只要臣子不居功、不自傲，常自贬抑，他也不会无端迫害。而对这样的雄猜之主，更需要丞相谨守臣节，萧何做得不错，故能与刘邦形成良好的合作态势，从而一起制定了汉初许多正确决策（如休养生息、低税政策等等），保证了政局的稳定，促进了生产的发展和社会经济的发展。而萧何是以一代名相名留史册的。
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