公元前108年，司马迁继承父亲司马谈的遗志，当上了太史令，开始从皇家藏书馆中整理选录历史典籍。司马迁的祖先并不十分显要，其家族世代掌管太史的官职。但是司马迁和他的父亲都以此为荣，在他们的心目中，修史是一项崇高的事业。他们为此奉献了自己一生的精力。司马谈一直准备写一部贯通古今的史书。在父亲的直接教导下，司马迁十岁时便开始学习当时的古文。后来，他又跟着董仲舒学习《春秋》，跟孔安国学习《尚书》。司马迁学习刻苦，进步非常快，极有钻研精神。
司马迁的父亲病危时，拉着儿子的手，流着眼泪对他说：“我死了以后，你一定要接着做太史，千万不要忘记我一生希望写出一部通史的愿望。你一定要继承我的事业，不要忘记啊！”这一番谆谆嘱托极大地震动了司马迁，他看到了父亲作为一名史学家难得的使命感和责任感，他也知道父亲将自己毕生未竟的事业寄托在自己的身上。司马迁低着头，流着泪，悲痛而坚定地应允道：“儿子我虽然没有什么才能，但我一定完成您的志愿。”
司马迁做了太史令以后，就有了阅读外面看不到的书籍和重要资料的机会。可是，资料整理工作非常繁复。由于当时的那些藏书和国家档案都杂乱无序，连一个可以查考的目录也没有，司马迁必须从一大堆的木简和绢书中找线索，去整理和考证史料。司马迁几年如一日，绞尽脑汁，费尽心血，几乎天天都埋着头整理和考证史料。司马迁一直记得父亲的遗志，他决心效法孔子编纂《春秋》，写出一部同样能永垂不朽的史著。公元前104年，司马迁在主持历法修改工作的同时，正式动手写他的伟大著作《史记》。
正当司马迁全身心地撰写《史记》之时，却遇上了飞来横祸，这就是李陵事件。这年夏天，武帝派自己宠妃李夫人的哥哥、二师将军李广利领兵讨伐匈奴，另派李广的孙子、别将李陵随从李广利押运辎重。李广带领步卒五千人出居延，孤军深入浚稽山，与单于遭遇。匈奴以八万骑兵围攻李陵。经过八昼夜的战斗，李陵斩杀了一万多匈奴，但由于他得不到主力部队的后援，结果弹尽粮绝，不幸被俘。
李陵兵败的消息传到长安后，武帝本希望他能战死，后听说他却投了降，愤怒万分，满朝文武官员察言观色，趋炎附势，几天前还纷纷称赞李陵的英勇，现在却附和汉武帝，指责李陵的罪过。汉武帝询问太史令司马迁的看法，他对汉武帝说：“李陵只率领五千步兵，深入匈奴，孤军奋战，杀伤了许多敌人，立下了赫赫功劳。在救兵不至、弹尽粮绝、走投无路的情况下，仍然奋勇杀敌。就是古代名将也不过如此。李陵自己虽陷于失败之中，而他杀伤匈奴之多，也足以显赫于天下了。他之所以不死，而是投降了匈奴，一定是想寻找适当的机会再报答汉室。”
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