1938年8月底，全国有25所高校关闭，继续维持的83所中，37所迁入内地，15所在敌机轰炸中勉力支撑。全国原有大专教师7500多人，职工4300人，学生42000人，因战争而失学者超过2万，占了一半，失业的教职工也达2000人。据北京大学、北平大学、清华大学、中央大学、同济大学、暨南大学、南开大学、复旦大学等46所高校统计，师生死伤不知下落者108人，财产损失3360余万元。其中有些图书仪器，可谓为价值连城。如南开大学关于华北经济之研究资料、清华大学收集的中国近代史档案、北京大学关于中国地质之资料，“均为极珍贵之物，故不能徒以金钱数字为之表现”。毛磊等：《武汉抗战史要》，湖北人民出版社1985年版，第186页。
教育主管部门对西迁的69所高校财产损失进行调查。1939年据统计，这69所高校由于在西迁途中辗转搬运，图书设备损坏严重，直接财产损失22491867元。1940年，时任教育部长的陈立夫在《中国季刊》上撰文称，截至1939年12月底，全国公立专科以上77所院校总损失达90451000元以上，国立23所院校共损失37013000元，省立16所院校共损失9276000元，私立38所院校共计损失44171000元。1943年，中央研究院社会科学研究所学者韩启桐对高等院校财产损失进行分析研究，将南开大学损失数内的中学部分减去不计；补充了陈立夫报告中没有的12所院校的损失，这12所院校为：东北大学、贵阳医学院、福建学院、湘雅医学院、戏剧专科学校、中央工业职业学校、华西大学、燕京大学、江苏教育学院、山西医学专科学校、大同大学及广西大学；根据教育部1943年统计，对厦门大学、暨南大学、光华大学、大夏大学、东吴大学、上海商学院、民国学院、南通学院、广东光华医学院、音乐专科学校、同德医学院及无锡国学专修学校等12校损失进行了修正；扣除校园土地价值部分，初步估计89所院校的损失为74750000元，即国立26所院校损失35970000元；省立20所院校损失7700000元；私立43所院校损失31080000元。韩启桐：《中国对日战事损失之估计（1937—1943）》，中华书局1946年版，第55页。对照可以发现，韩启桐的统计并没有将1940年、1941年日军对内地高校轰炸所致损失计算在内。
事实上，有些学校也作了西迁损失的调查和统计。如1944年私立金陵大学统计，截至1941年8月，金陵大学共计损失146785008元，其中，校舍损失2999000元，设备损失1479500元，林场损失10200000元，折合美金4448028元。《为查报抗战损失金大与教育部的往来文书》，中国第二历史档案馆档案，全649，卷13。以金陵大学战前每年预算100万中国元计算，其损失相当于14年的预算。金陵大学战前图书已达317839册，而据1938年5月31日的统计，仅剩16946册，这里面还包括1938年添置的603册。国民政府教育部档案：《金大1926—1937学年度学校概况统计表》，中国第二历史档案馆藏，全649，卷68。
1943年10月，国民政府指示行政院和教育部，迅速成立“向敌要求赔偿文化事业研究会”，专门从事文化教育事业损失调查统计工作，并形成了一些统计资料。但由于战事仍未结束，统计局限于一时一地，无法完整地反映抗战中高等院校损失的全貌。
抗战胜利后，内迁69所高校的大部分又千里迢迢迁回原地，撇开物质和精神损害不论，这往返的搬迁费用就很惊人。1946年统计，专科以上学校间接损失中，迁移费为503 120 695元。中国第二历史档案馆档案：全5（2），卷584。
战后调查统计，1937年全国专科以上学校计有108校，七七事变后应战时停顿及先后迁移后方者达2/3以上，其后陆续增设至1945年8月，共有专科以上学校142校，其中受战事损失者共115校，占总校数80%以上，其未受损失者仅后方新设之少数学校。同上。
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