光绪二十年十一月初一日，奉皇太后懿旨：瑾贵人珍贵人着加恩准其上殿当差随侍。谨言慎行，改过自新。平素妆饰衣服，具按宫内规矩穿戴，并一切使用物件不准违例。皇帝前遇年节照例准其呈进食物。其余新巧稀奇物件及穿戴等，不准私自呈进。如有不遵者，重责不贷。钦此。
同时，慈禧毫不手软地打击帝党官僚。其中与珍妃有关之人，她的哥哥志锐被撤差后贬斥乌里雅苏台，另一个哥哥志锜逃亡上海；她的老师文廷式托病告假、避祸出京，第二年回京销假时仍未躲过去，被革职逐回原籍，永不叙用。
慈禧发动的这场宫廷大难，完全是借题发挥，其重点在于以残酷手段打击帝党，将其扼杀在摇篮中；教训光绪，让他刻骨铭心地认识到：不可无视她的存在，动摇她的地位，觊觎她的权力。同时顺便整肃宫闱，捍卫代表她的侄女——皇后的崇高地位和绝对权威。
慈禧的目的基本达到。但整个过程中，珍妃以直言抗辩表现出的骨气，以反唇相讥、质问、暗讽慈禧干预朝政、卖官鬻爵表现出的勇气，使慈禧看到了又一个阿鲁特氏。尽管一年多后，珍妃从嫔位恢复为妃，然从那时起她已犯下了绝大忌讳，种下了日后被置于死地的祸根。戊戌变法失败后，珍妃冒死为光绪求情，被慈禧打入冷宫。1900年八国联军侵入北京，慈禧出逃前夕终将被囚三年、年仅二十五岁的珍妃推落井中。
有人说，“光绪一生，无母子之亲，无夫妇、昆季之爱，无臣下侍从宴游暇豫之乐。”慈禧将光绪培育成为一个人格心理有严重缺陷的人，突出表现为懦弱自卑、犹豫不决、自觉无能、依赖性强、难以独当大任。而后来维新变法的失败远远超出了光绪个人挫折的范围，其影响所及，直接造成了中华民族更为深重的灾难。
戊戌变法失败后，光绪被慈禧长期囚禁在北京中南海瀛台，生不如死，受到种种非人的虐待。光绪三十四年十月二十一日（1908年11月14日）酉时，光绪于瀛台涵元殿去世。第二天未时，慈禧于中南海仪鸾殿去世。
光绪之死，成为清末最大的疑案之一。
“正常死亡”的说法是，光绪自幼体弱多病加之长期精神抑郁，造成了严重的气血两亏。他遗精频繁，有时一月达十几次，到最后肾亏严重得已排不出精血。而旧有的结核症又波及到肺、胃及其他器官，引发了诸多综合病症。光绪发病在光绪三十四年年初。七月，光绪卧床不起，杜钟骏等六位名医会诊，均认为他已病入膏肓，所开药方无非静养补身而已。十月初十，慈禧患了痢疾。太监崔玉贵等怕慈禧死在光绪之前对己不利，遂进谗言，诬告光绪听说慈禧有病面露喜色。太医早将光绪不治、不过捱时日的诊断结果告诉了慈禧，她摇摇头，凄然道：“只怕皇帝要走在老身前头了。”果然，二十日光绪咳血不止，二十一日痛苦地告别了人世，终年三十八岁。光绪的死，应该对慈禧有所冲击。同治死后，她将母爱全给了光绪，一手抚养他长大。现在最亲的儿子和最恨的对手均化为乌有，她顿觉失去生命所依。二十二日，慈禧在仪鸾殿从容交代后事，宣醇亲王载沣子溥仪入宫嗣位，由光绪皇后叶赫那拉氏监护，摄政王载沣监国。之后，亦故去，终年七十四岁。
“非正常死亡”的说法主要有以下几种。
清末名医屈桂庭《诊治光绪皇帝秘记》中说，光绪临死前三天，肚子痛得在床上乱滚，脸颊发暗，舌头又黄又黑，不是所患之病应有症状。溥仪《我的前半生》中说：他从一个名叫李长安的老太监和内务府某大臣一位后人那里听说，光绪死前不过是一般的感冒，脉案中脉象极平常。死前一天还是好好的，有人见到他像健康人一样。病重消息传出不过两个时辰，就听说已经“晏驾”了。
《清稗类钞》、《崇陵传信录》等载，慈禧自知己病不治，不愿光绪重掌大权，又听说光绪闻己病面露喜色，因咬牙切齿地说：不能死在光绪之前。遂密令亲信太监扼毙光绪。
《清室外纪》、《瀛台泣血记》、《我的前半生》或说是李莲英，或说是袁世凯，怕慈禧先死光绪掌权后与自己算账，而先下手为强害死了光绪。
一位史家分析道，光绪虽被囚禁，但他没有放弃再度执政的想法，一直进行着准备，他暗暗关注并认真思考国家和世界大势，努力学习英文，了解世界各国风土人情、政治制度、国家间相互关系等。似乎要以三十多岁的年华为唯一资本，与七十多岁的慈禧进行生命的赌赛。他是在默默地等待着那一天。生性敏感、老谋深算的慈禧，又何尝想不到这一层？依她的秉性和一贯做法，她绝不甘心、也绝不能容忍给已被击败的对手留下任何翻身的机会，她要做永远的胜利者，否则，死不瞑目。
“正常死亡”说主要依据的是清宫遗档、脉案。从中可见光绪病情到了不可救药的地步。但不容忽视，光绪的整个治疗过程全部掌握在慈禧手中。当时清廷命奕劻主持皇帝治病事宜。未经批准任何医生不准进入瀛台光绪寝宫，开出的处方也须奕劻过目。而奕劻正是慈禧最得力的亲信大臣，如若伪造“脉案”那实在是很容易的事。事实是光绪确患重病，但病情不至于导致突然死亡。再有，十月二十日，慈禧以光绪名义颁发了两道谕旨，一命醇亲王载沣之子溥仪入宫教养，在上书房读书；一授载沣为摄政王。也就是说，那时慈禧即已预先知道，光绪会死在她的前面。唯一可以解释的，正是她本人决定和操纵光绪的死期。
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