孔有德令孙元化致书余大成，要求和谈。余大成见事已闹大，便上疏朝廷。崇祯大怒，撤掉了余大成、孙元化两人之职。孔有德见孙元化已无利用价值，念其旧日收留之情。放其出城，放了他一马。可是崇祯帝却不会放过他。他与余大成两人被逮到京师，最后余大成被充军，孙元化被斩首弃市。
“现在山东局势如何？”朱斌并不显得慌张，不紧不慢地问道。
“回巡抚大人话，孔有德占据登州后，推李九成为首领，自己居第二位。耿仲明居第三。除此之外，尚有一些将领，如李应元、陈有时、毛承禄、陈光福等皆为官，反贼刻印建官。招海盗流寇，四出焚掠。弄得山东以至辽东前线都人心不定……”
“一些海盗乱民成得了什么气候。”朱斌微微笑了一下，忽然大声说道：
“黄飙、郑天瑞、刘风、李天齐、魏重义、龙阁、李德
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“末将在！”
“你等点齐兵马，明日随本抚出征，水路并进，一举而平定叛贼！郭飞、黎风等人留守江南，接应粮草！”
“遵命！”
大凌河之败地这一口气早把朱斌憋坏了，他现在就等着孔有德等人谋反，好把这口气撒到他们地身上。而最为重要地，未来一旦孔有德等人投了后金，将极大地增强后金的火炮技术的突飞猛进，为日后地大明朝廷，埋设下一枚可怕的炸弹……
第二日，一万七千名官兵，八十门各类火炮，三十七战船，由浙江巡抚、肃虏将军、武英伯朱斌亲自率领，浩浩荡荡向山东境内开拔。
谁想到，才走出不到两日，朝廷又来急报，命朱斌所引之军，于原地扎住营盘，不得朝廷命令，不得前行。
原来，不知出于什么考虑，崇祯帝居然下令以徐从治为山东巡抚、谢琏为登莱巡抚，由此二人负责平叛。朱斌大惑不解，遂写信问计于杭州的黎风。
未几天，杭州方面送来黎风急信，上面写得非常简单：
“大人不赞成构筑大凌城，圣上一意赞成，终致大凌河之败。难道大人比圣上还要英明吗？大人自为官以来，屡立战功，朝廷又多树政敌，在此时候，焉能不眼谗言？大人尽管在原地驻扎，属下以为，官兵此去必不能胜，早晚要复启用大人。
为消圣上疑心，一旦朝廷再次命大人平叛，大人可不急着进军，当先问计于圣上，用何等方式行军平叛，如此，平叛之功不为大人所有，乃是当今圣上亲自指挥……”
朱斌苦笑着摇了摇头，将信件付之一炬。他只想为大明朝廷好好的做一些事，却哪里想到这中间弄得这么复杂，崇祯帝这人好是好，可就是有些疑心……
朱斌干脆安下心来，驻扎在浙江和山东的邻近地界，一边派人多加打探，掌握山东方面的信息，一边每日与诸将讨论兵法，静静等候着朝廷地再次调度。
前方不断传来的消息，显示出朝廷的平叛及其不顺。
徐从治、谢两位巡抚，与总兵杨御蕃分头固守城池，拼死抵抗叛军攻击，形势十分危急。而外围的各路援兵都驻扎在昌邑，由于山东巡抚徐从治被围在莱州城内，援军无人督察，诸将观望，谁也不肯拼死驰援莱州。
而兵部尚书熊明遇认为此事尚有招抚的余地，便派主事张国臣去山东处理招抚之事，并要求徐从治不要轻易出兵，破坏抚局。徐从治当然不干，先后三次上疏朝廷，力主抚局无望，应以武力解决。朝廷认为，两抚臣都被困在莱州，应增设总督来山东前线，决定抚战。
侍郎刘宇烈于是被任命为总督，赴山东统辖骑、步兵二万五千人，平定孔有德之乱。但刘总督本无筹略，赴山东后除整天派人去招抚外，不进行任何军事行动，以免动而取咎。
孔有德便故伎重演，说是要降，暗中却把孙元化铸造的大炮调到莱州城下，架起猛轰，打死了山东巡抚徐从治，莱州城危在旦夕。
其后在朝廷的在朝廷的军事压力下，孔有德突然又向登莱巡抚谢提出投降，并约定降期，请莱州城中地文武官员出城。已被困在城中六个月的登莱巡抚谢，在不得已之下，决定冒险，便与知府朱万年出城受降。
但当兵出身的总兵杨御蕃坚决不去，他深知这些叛兵的品性。叛兵见到谢等人，连跪带哭，态度诚恳，并拥之而去。谢刚被带走，叛兵随即攻城。他们把知府朱万年押到阵前，要他呼喊劝降。朱万年大声喊道：
“吾死矣。汝等宜固守
城上地杨御蕃一看形势危急，下令开炮，杀伤叛军不少。而那位朱知府也在自己人的炮火下丧生。杨御蕃地几炮，总算保住了莱州暂时不失。
消息传到朝廷，舆论大哗，举朝痛愤。于是总督刘宇烈被下了诏狱，兵部尚书熊明遇被撤职。朝廷上下没有一人再敢提抚议。
岌岌可危的形势，终于让崇祯意识到了问题的严重性。在这样的情况下，他再次急调浙江巡抚朱斌出兵，并从辽东调劲旅约五千入关参战。而朱斌的结拜兄弟吴三桂，正好也就在这支队伍当中。
接到圣旨的朱斌，并没有立即急着发兵，而是按照黎风的计策，先派快马以密报的形式亲自上书崇祯，只言叛贼势大，自己恐怕有负皇恩，不能克尽成功。乃问计于崇祯，当如何行军，如何克敌制胜等等之类……
不过几天时间，崇祯回书已到，对朱斌的谨慎大加赞赏，仔细提出了自己的判断、谋划，最让朱斌意想不到的是，崇祯竟然再封自己为兵部侍郎，着力勉励自己努力平贼！
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