针对日本忍者这种在黑暗中生存的生物，大明也不是没有准备，毕竟如果他们搞起暗杀我军中将领来，那可是防不胜防，所以在动手准备对日作战的开始，朝廷就已经秘密的建立的一支队伍，这一支队伍是专门对付想忍者这种特殊国家组织的，虽然皇家特战队也可以胜任，但皇家特战队毕竟是军队，是一群人结合起来的力量，如果用于对付忍者这种卑劣的生物未免是大材小用了，他们应该在战场上建立功勋才是，而军情司虽然也有这等机构的存在，但它只是一个情报机构，不是一个暴力机构，所以大明龙组就悄悄的成立了，这是一支专门培训保护大明国内重要人员的特殊部队，他们有点类似一种警卫部队，但却不是普通的警卫，而是特殊的警卫，他们的职责一半是保护一些重臣和重要的人才和将领，有的时候还会处理一些特殊的事件，比如由情报司提供情报，龙组出动打击敌国在大明境内的情报人员或者破坏人员等等，总之这是一群以高手组成的特殊部队，其中也包括保护皇帝的安全！
为了对付日本的忍者，朱影龙派出了代表大明最高武力的代表龙组，龙组接受了林容关于忍者方面的训练后，在以各种身份的掩护下，进入日本，开始了对日本忍者的打击！一时间，日本忍者中最著名的两支队伍“甲贺”、“伊贺”都遭到了莫名其妙的打击，损失惨重，忍者之间也并不是和平相处的，他们经常有摩擦，因为效忠的主子不同，暗杀、偷袭对方根本就是常有的事情，龙组悄悄的登陆日本，并且还是如此熟悉日本忍者的路数，在没有发现龙组之前，所有的忍者都相互怀疑起自己的敌人来，毕竟最了解自己的还是敌人，而龙组故意的错开了时间，做成是对方故意报复的假象，这下子日本国内的忍者就先闹腾起来了，狗咬狗一嘴毛，加上龙组悄然一蛰伏，忍者根本就查不到龙组的存在，而日本国内根本就不知道龙组的存在，一下子打翻了天，忍者的战争虽然看不见，但是更可怕，因此更加加剧了日本社会的剧烈的动荡。
日本的乱局和动荡对大明来说那就是一个巨大的机会，加上日本幕府对天主教派的仇视，从而让来自大明的中土佛教得到了巨大的发展，日本国民困苦不堪的时候，就去祈求神明保佑，佛教就充当了一个悲悯的救世主的角色，一面传教，一面传播大明朝的制度，在日本国内，越来越多人产生了对天朝的崇拜，尤其这些佛教人士早已被朱影龙利用，他们暗地里告诉日本人，他们与大明朝在古时候就是一个祖先，他们的祖先是因为没有完成当时皇帝教派任务，因此才不敢回家，在日本这块海外之地生根发芽的，其实本是同根生，只是现在大明和日本是两个国家，虽然是一个祖先，大明也没有办法帮他们，并且将百姓的仇恨引导到现在的幕府和地方诸侯贵族身上。
由于贵族和诸侯的贪婪，赋税一年比一年加重，田地里的收成却是一年不如一年，百姓们的积怨在不断的被加深着，日本幕府只看到佛教帮助他们安抚了百姓，让他们安安静静的接受幕府的统治，但却没有想到他们已经做在了一个火药桶上面，随时都有可能炸的粉身碎骨！
日本国内越是混乱，越是战乱，越是加剧了百姓对德川幕府的不满，也在他们心中加大了对同属一个祖先的国度幸福生活的向往！
而秦始皇为求长生不死药，徐福带着三千童男童女东渡求药的故事在日本国内流传起来，并有些考证，日本古文献《神皇正纪》、《林罗山文集》、《异称日本传》、《同文通考》说徐福就是日本的神武天皇，同时徐福还被日本百姓尊称为农神、蚕桑神和医药之神，日本开始相信除了部分土著之外，他们都是秦人的后代，也就是他们与华夏民族是一脉相承的。
《同文通考》中说，“今熊野附近有地曰秦住，土人相传为徐福居住之旧地。由此七八里有徐福祠。其间古坟参差，相传为其家臣之冢。如斯旧迹今犹相传，且又有秦姓诸氏，则秦人之来往乃必然之事”。和歌山新宫町《秦徐福碑文》这样描述：“今东海可当蓬莱者，无可舍皇国他求，则谓日本国，得其实也必矣。”
这些凡是能跟徐福扯上关系的，证实日本人是徐福后代的，跟大明是一脉相承的华夏血统的古籍资料以及学说一下子成了日本国内谈论的话题，而这个时候日本本来就对天朝有着一种崇拜，还没有扭曲到三百年后那种疯狂境地，他们甚至迫切的希望自己变成一个大明人，拥有大明公民的身份，这就意味着拥有土地和财富，还有不必看国内那些个贵族老爷们的脸色了！
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