在给军机阁上奏折的同时，熊廷弼还不忘联合辽东的袁崇焕，还有远在福建的洪承畴，广州的常炎林，南京的熊兆等人，一时间，数份要求兵制改革的奏本摆到了孙承宗的案头上。
尽管孙承宗也同意了熊廷弼等人关于改革朝廷兵制的意见，但这几份奏折来的却不是时候，正是处在朝局震荡之时，果断能干，刚正不阿的史可法因为触动了太多人的利益，招致过半数的在京官员弹劾，皇帝都没能保住，现在还关押在大理寺的大牢中，如果再让军队乱将起来，那可是天塌下来的大祸，故而孙承宗接到这些个奏折，谨慎的他小心的将其压了下来，这也是朱影龙奇怪为何从张嫣处回宫那日军机阁居然没有一份奏折，还以为孙承宗会在次日大朝之时直接呈报，岂料大朝那日孙承宗站在列班中一言没发，而朱影龙因为史可法引发的党争事情烦恼，没有任何的察觉，等到他想到暂缓新政改革，巩固已有的成果，转向军制改革，召孙承宗入宫询问之时，才看到了熊廷弼等人关于朝廷军制改革的建议奏本。
熊廷弼在奏折提出了划分全**区的构想，这绝对是一个相当超前的想法，这也与朱影龙不断的循循善诱有关，还有军区换防制度，这也是防止军队大将拥兵自重，不听朝廷调令。
袁崇焕也提到了两点，一是兵役制度，现有的卫所制名存实亡，而募兵制太宽，兵员素质难以保证，毕竟当兵吃苦，而且随时面临死亡，除了生计所迫，谁愿意当兵？二是，今后朝廷军队的编制？他对京营新军起了极大的兴趣，这种“四四”的军队编制似乎作战更有效，指挥更为灵活，还有在旅、团以及设参谋的做法他已经在辽东边军中试点，已经取的很好的效果，尝到甜头的他建议全国推行。
熊廷弼和袁崇焕两人在奏折中的共同点就是他们已经意识到了火器的厉害，尤其是火炮集中突击轰炸的威力让这两位赫赫有名的名将念念不忘，奏折各是狮子大开口管朱影龙索要火炮已经大量的炮弹，而这些由于朱影龙决定了优先海军的原则，新铸造的火炮几乎都被拨给了海军，故而对于两位心腹大将的哀求只能无动于衷。
军制改革最大的难处并不是对现有的军队用新的编制打乱了之后进行改编，还有重新制定将官职称以及实施皇帝首创的军衔制度，最难的是兵役制度，这才是军制改革最根本的问题，这个问题不能有效的解决，军队的强大只是一时的，昙花一现。
对此，朱影龙早就想到了后世的义务兵役制度，不过这个兵役制度要在等级观念严重的封建王朝实施的话，也只能说是一个有局限的义务兵役制度。
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