同时，州议会要求伊利铁路的轨距必须为6英尺，并且没有议会的特许，不能与任何外州的铁路相连。不久，标准的轨距变成了4英尺8.5英寸（这种宽度的具体根源现在还是个谜）。为了能够使用现成的铁轨、枕木和其他配套零件，很多铁路接受和使用这一标准。但是，伊利铁路由于州议会禁止公司使用这种铁轨，直到19世纪80年代才改用标准轨距，为此它们付出了惨重的代价。
关于是否需要同其他铁路连接的问题，州议会好像一直担心其他州的铁路会抢占客源，影响本州交通运输市场。但是，这些议员们没有想到这些外部的铁路也会带来客流，促进本州交通业的发展。到1850年才终于意识到这一点，他们通过一项法律，要求纽约州的所有铁路，包括伊利铁路，与可能连接的外州铁路进行连接运营。诚如所见，由于地形条件的限制，伊利铁路中间有两段必须经由宾夕法尼亚州穿过。（宾夕法尼亚州政府对这样的机会不会视而不见，趁机敲诈纽约州一大笔费用。）
在伊利铁路的费用预算问题上，纽约州毫无经验可言。建筑估算师、伊利铁路的筹建与管理部门以及根本不希望授权建设这条铁路的议员们对于建设费用根本就没有明确的概念。但这丝毫不影响他们对铁路作出各自的预算。结果，估算师的预算费用约为427.6万美元；管理部门在第一份年度报告中指出，“600万美元可能是一个只少不多的数目”（同时认为，整个工程需要5年的时间才能完成），州议会的铁路委员会非常傲慢地宣布“这一估算完全是建立在假想之上，毫无实际价值”。该委员会也抛出了自己的预算，毫无疑问，这个预算更是建立在假想之上，它们的数目是约1 644万美元，包括将全线建成复线的费用。
铁路委员会的预算十分精确，让人感到诧异，当然也错得很离谱，同样让人哑然失笑。最后，伊利铁路耗资2 350万美元，耗时17年，全长450英里，只有60英里被建成复线。这在当时绝对可以算得上天文数字了，相当于19世纪40年代联邦政府每年的财政支出，是伊利运河经费的3倍。为了筹措资金，伊利铁路发行过当时所有种类的证券—有股票、优先股票、债券和可转换债券等。为了防止伊利铁路公司破产而导致政治上的动荡，州政府被迫三次出面帮助公司摆脱财政危机。
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