正是在他的指挥之下，朝廷才平定了西南奢崇明和安邦彦两大土司引起的动乱。
而此时，正处于奢安之乱时期。
天启五年，明廷将川、贵督府合并，升授朱燮元为兵部尚书，兼督云南、贵州、广西军务，赐尚方剑，移镇遵义。
天启六年二月，安邦彦乘朱燮元赴重庆、官军未动之机，分别派兵入侵云南及遵义。
而负责攻打永宁的奢崇明之子奢寅被朱燮元收买的阿引刺杀。
奢寅死后，奢崇明年迈无能，安邦彦也愿意接受招抚，朱燮元便将此事奏禀朝廷，派参将杨明辉前往招抚。
六月，朱燮元因父亲去世而离职服丧，杨明辉根据制书，只说招抚安邦彦之子安位，却未提及赦免安邦彦。
安邦彦大怒，杀死杨明辉，重新备战。
而接任巡抚的张鹤鸣在任期间，无所作为，致使水西安氏得以养精蓄锐。
崇祯元年三月，朱由检起复朱燮元为五省总督，总管云南、贵州、四川、湖广、广西军务兼川蜀巡抚。
根据之前的功劳，朱由检加封朱燮元为太子少保，忠定伯。
朱燮元虽然是川蜀巡抚，但是为了更好地制衡水西土司，他移驻到了贵竹司。
招募流民，开垦土地，一边恢复经济一边立营垒，充实军伍，积极备战。
朱由检和萧升一开始并没有关注西南的战事，因为他们始终把建虏这个敌人放在第一位，一直做的努力就是征讨建虏。
并且，在原本的历史之中，朱燮元也是凭借着永宁之战一战解决了奢崇明和安邦彦两大土司。
故而朱由检并没有担心西南战事。
就算是现在，他仍然没有担心。
只不过，原本把绝大部分心思都放在对抗建虏和草原势力上，现在他不说要放眼全球，但至少东南亚地区，是不能放过的。
因此，西南战争，越早结束越好。
不仅如此，川蜀是个好地方，以川蜀为跳板，向西可以进一步掌控青藏地区，向西南过云南进取缅甸，印度地区，向东南则是可以过贵州，取泰国及东南亚岛国地区。
川蜀可以作为京师向更南方地区进取的一个中转站，只要把这里驻扎一支强军，随时可以进取热带国家的丰富资源。
蜀王府的财富不会运走，因为这就是新军发展的基础。
自古以来，入川便是一件难事，然而朱由检偏要打通川蜀和外界联系。
川蜀要建立新军，同时，还要修路。
现在正在修建的是从太原到西安的铁路和水泥公路，接下来要修的就是从西安到成都的铁路和水泥公路。
只有道路通达了，京师的政令才能够快速准确地传达到川蜀，形成对川蜀地区的直接管辖。
关系到未来对东南亚，南亚以及西亚地区的利益问题，朱由检可不放心让这里全部托管给某个人或者组织。
这里一定是要直属于皇帝管辖的，而这样的条件，就是基于便捷的交通上的。
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