礼部：礼部、祠部、主客、膳部、宣传
礼部司，掌礼乐、学校、衣冠、符印、表疏、图书、册命、祥瑞、铺设，及百官、宫人丧葬赠赙之数。
祠部司，掌祠祀、享祭、天文、漏刻、国忌、庙讳、卜筮、医药、僧尼之事。膳部司，掌陵庙之牲豆酒膳。
主客郎司，掌诸蕃朝谨之事。
宣传司，掌朝廷报社，宣称诸事等。
兵部：兵部、职方、驾部、库部
兵部司，兵部郎中一人判帐及武官阶品、卫府众寡、校考、给告身诸事；一人判簿籍及军戎调遣之名数。员外郎一人掌贡举、杂请，一人判南曹，岁选解状。
职方司，掌地图、城隍、镇戎，烽候、防人道路之远近及四夷归化之事。凡蕃客至，鸿胪寺先询问其国山川、风土，然后制成地图上奏，并送副图于职方司，殊俗入朝，则图其容状及衣服样式通达于上；
驾部司，掌舆辇、车乘、传驿、厩牧马牛杂畜之籍。
库部司，掌兵器、卤簿仪仗。
刑部：刑部、都官、比部、司门
刑部司，掌律法，按覆大理寺及天下上奏诸案件。
都官司，管理俘虏，奴隶的簿录，给以衣粮医药，并审理其诉讼事件。
比部司，负责通会内外赋敛、经费、俸禄、勋赐缺乏物资，以及军用物资、器械等事。
司门郎中、员外郎，管理门禁关卡出入登记，以及各地上缴失物的处理。
工部：工部、屯田、虞部、水部、铸造
工部司，掌城池之工役程式，为尚书、侍郎之助手。
屯田司，掌天下屯田及在京文武官员之职田、诸司官署公田的配给。
虞部司，掌苑囿、山泽草木以及百官蕃客菜蔬薪炭的供给和畋猎之事。
水部司，管理河流过渡、船舻、沟渠桥梁、堤堰、沟洫的修缮沟通，以及渔捕、漕运诸事。
铸造司，掌铸造兵器、研制新式武器机构等。
其中一些部门叶桓没有按照这个古代的行政制度习惯来设立，像是户部里面应该有一个户部司的，被他改成了民政局，还有就是户部里面新设立了一个中央银行，加强对货币的管理。
除了内阁六部外，大汉王国中枢还有五监九寺，五监包括由原来的辽州书院变国子监、少府监、匠作监、军器监和都水监，九寺有太常寺、光禄寺、卫尉寺、宗正寺、太仆寺、大理寺、司农寺、太府寺和鸿胪寺组成。
叶桓把监督司取消，改为都察院，设六科给事中，成立六部的独立监察机构。地方先设四道巡按御史和各州提刑按察司，同时设督抚，形成地方三重临察网络。
还有比较独立的部门，像是直接受叶桓这个大王管理的军情司和青衣卫这两个情报组织，他们的职能不变，不过在行政等级上低六部一级，当然，六部一品尚书也不能插手这两个特殊部门。
内务部，管理已经把大秦改名为大汉的商会，还有王府的一切产业，相当于是叶桓这个大王的私人财产，或者说是王室的独立财产，管辖王府的一切开支和采购。
其实一开始叶桓不想设立这么多的部门，毕竟他现在只是占领北方三州之地加上一块面积还可以的草原之地，人口三千多万，不过他最后想一想还是按照帝国的标准来建立行政制度，至于一些机构部门可以精简一下人员就可以，不至于造成机构和人员的臃肿。
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