当然，南科大最大的价值，在于能够实现大学自治。我们知道，在中国，所有的大学，都是由教育部控制的。如果不参加教育部组织的高考，学生就没有入学资格。如果得不到教育部的认可，学校就没有招生资格，那么就拿不到教育部统一颁发的文凭。至于研究生的招生，从硕士和博士点的设置，就得教育部的审批，招生分数线，要由教育部控制，有的专业，甚至由教育部统一组织考试。中国的大学，实际上是教育部在办，极而言之，可以说中国只有一所大学，教育部大学，所有的大学，都是教育部大学的分校。南科大成立，没有得到教育部的准生证，招生，没有得到批准，录取的学生没有参加高考，所有的办学步骤，没有一件得到过教育部的认可，连日后的文凭，也准备发自己的。最令教育部感到气结的是，这样无法无天的南科大，居然能够得到一些家长和学生的认可，甘冒没有体制通行证的风险，也要投身这场实验。这样的社会认可，如果弥散开来，那么垄断也就无疾而终了。
如果南科大能够按自己的初衷办下去，破冰的效应扩散开来，对于目前的教育体系的打击将是致命的。这意味着，教育部的垄断被打破。事实上，目前如此糟糕的大学之所以还能够生存下去，很大程度上是因为垄断。学生和家长虽然有用脚投票的意愿，也的确有越来越多的人选择走出去。但出国读书昂贵的费用，却不是大多数民众可以承受得了的。如果有比较近，而且费用比较低，又跟国外大学相类似的大学可供国内的家长和学生选择，那么，这些国内的副部级大学就会面临危机。事实上，即便是国内大学金字塔顶尖的清华北大，面对竞争，也相当没有底气。看一看前些年香港大学进军内地市场时的情景，就可以知道。如果有一天像港大。香港科技大学、香港中文大学这样的学校，能以同等的条件在内地招生，那么清华北大会有多恐慌？如果中国有十个南科大，北大清华如果不改，至少好学生都会走光了。
当然，南科大的价值，在很大程度上，要看它到底能不能按它的初衷坚持下来。如果只顶着改革之名，最终逐渐妥协，理念逐渐消散，制度慢慢复旧，那么，即使南科大之名还在，朱清时校长也还在，但南科大等于也就没了。说到底，南科大对中国教育的意义，在于它的回归大学本质的改革内涵。
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