第三，文龙刚愎撒泼，无人臣礼。前后章疏，具在御前。近且有“牧马登州，取南京如反掌”等语。据登莱道申报，岂堪听闻？大臣不道，三当斩！
第四，文龙总兵以来，每岁饷银数十万，无分毫给兵，每月止散米三斗五升，侵盗边海钱粮，四当斩！
第五，皮岛自开马市，私通外夷。五当斩！
第六，命姓赐氏，即朝廷不多行。文龙部下官兵，毛其姓者数千人。且以总兵而给副、参、游、守之札，不下千人。其走使、舆台，俱参、游名色，亵朝廷名器，树自己爪牙，犯上无等。六当斩！
第七，由宁远回，即劫掠商人洪秀、方奉等，取其银九百两，没其货，夺其舡，仍禁其人，恬不为怪。积岁所为，劫赃无算，躬为盗贼。七当斩！
第八，收部将之女为妾，凡民间妇女有姿色者，俱设法致之，或收不复出，或旋入旋出。身为不法，故官丁效尤，俱以虏掠财货、子女为常，好色诲淫，八当斩！
第九，人命关天。文龙拘锢难民，不令一人渡海，日给之米一碗，令往夷地掘参，遭夷屠杀无算。其畏死不肯往者，听其饿死岛中，皮岛白骨如山。草菅人命，九当斩！
第十，疏请内臣出镇，用其腹爪陈汝明、孟斌、周显谟等，辇金长安，拜魏忠贤为父，绘冕旒像于岛中。至今陈汝明等一伙，仍盘踞京中。皇上登极之赏，俱留费都门，是何缘故？交结近侍，十当斩！
第十一，奴酋攻破铁山，杀辽人无算。文龙逃窜皮岛，且掩败为功。十一当斩！
第十二，开镇八年，不能复辽东寸土，观望养寇，十二当斩！
督师袁崇焕历数毛文龙十二大罪状后，毛文龙神丧气夺，口不能言，惟叩头求生。袁督师严厉地说：“尔不知国法久了，若不杀尔，东江一块土，非皇上有也！”然后问东江各官等道：“文龙罪状明否？”各官唯唯，没人敢说话。又问众兵，同样也唯唯无辞。只有几个毛文龙门下私人，称其数年劳苦。袁崇焕厉声斥责说：“毛文龙，不过就是一个匹夫罢了！因他守卫边疆，官至都督，满门封荫，酬劳足够了吧？他竟然敢欺骗朝廷，无法无天！我们要五年平奴，就要奉行列祖列宗制定的国法，今日不斩文龙，何以惩后？皇上赐给我尚方宝剑，正是这个原因。”这些人吓得唯唯诺诺，不敢仰视。
袁督师叩头请旨道：“臣今诛文龙，以肃军政。镇将中再有如文龙者，亦以是法诛之。”又说：“臣五年不能平奴，求皇上亦以诛文龙者诛臣！”袁督师宣谕后，立即取下尚方剑，令水营都司赵不忮、何麟图监斩，令旗牌官张国柄执尚方剑，斩毛文龙于帐前。这时毛文龙的兵将在帐外汹汹，但袁崇焕军威严肃，且事出意外，这些兵将还不敢挑起正面冲突。
袁崇焕计斩毛文龙后，命将毛文龙的遗体，装棺安葬。
袁崇焕亲自到毛文龙灵柩前拜祭，祭奠其亡灵。祭词云：“昨日斩尔，乃朝廷**；今日祭尔，乃僚友私情。”遂下泪祭拜。
只杀毛文龙一人，其余不问，照旧任职。这样就稳住了东江的局势。皮岛的副、参、游、都、守等官员，不下千员，既多又滥。如旅顺参将毛永义所管3600员名，经过袁崇焕亲自点核，能为兵者，不过千人。因此，对毛文龙的部众，进行核查整编。分东江官兵为四协：用毛文龙之子承祚管一协，用旗鼓徐敷奏管一协，另二协由东江各官举游击刘兴祚、副将陈继盛二员分管。将毛文龙的印与剑、以及东江的事权，令副将陈继盛代管。
分赏东江官兵。将带来饷银10万两，分给各岛官兵。安抚各岛军民，释放狱中无辜。袁督师核查，毛文龙虽曾经夸口说有众数十万，其实官兵不过2万人，不需设一“赘帅”，因此上疏请求皇上，应停此缺，“省糜费而杜隐忧”。
移咨朝鲜国王。向朝鲜国王李倧，通报此事。立即奏报皇上。
袁督师处理完东江事后，于五月初九日，扬帆回航宁远。
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