唯一的问题是宗教信仰。和当时的普通女子一样，爱玛是个虔诚的基督徒，而达尔文自从环球航行归来，就对基督教信仰产生了怀疑。达尔文的父亲也不信教，但是他忠告达尔文，要像他那样向妻子隐瞒自己对宗教的看法，否则会影响家庭幸福。但是“透明人”达尔文在结婚前就向爱玛坦白了自己不信教，并透露了自己在秘密研究进化论。这成了爱玛一生的烦恼，她担忧的是他们死后不能一起上天堂，不能永远在一起。按照基督教的教义，像达尔文这种不信基督教的人只能下地狱，除非能在死前皈依基督教。
在婚后不久，爱玛发现自己怀孕后，促使她更现实地思考死亡的问题：在当时，这并非多虑，达尔文的表哥福克斯的妻子是因为生小孩儿死的。爱玛给达尔文写了一封信，虽然他们生活在一起，但是她显然觉得这个问题重大到需要用文字来表述。她表示尊重达尔文对基督教的怀疑，但是也相信达尔文的看法还未定型。她希望达尔文在科学研究中养成的除非已被证明否则就不相信的习惯，不要影响到他对无法用相似的方法证明，超出人们的理解能力的其他事情的判断。这对她来说很重要，“任何关系到你的事情同样关系到我，如果我想到我们不能永远相互拥有，对我来说将会是最不幸的事。”
达尔文此时对基督教的看法的确还未定型，他只是无法相信基督教《圣经》叙述的是真实的历史，无法接受《圣经》中那位暴虐、凶残的上帝，无法相信基督的神迹会是真实的……直到大女儿安妮夭折，他才彻底地否定了基督教。“怀疑以一种很慢的速率在我的心中滋长着，但最后还是完成了。”达尔文晚年在自传中回顾自己的心路历程时写道，“速率是那样的慢，以至我没有感到有什么苦恼，而且此后我连一秒钟也没有怀疑过我的结论是正确的。真的，我很难明白人们怎么能够希望基督教是真实的，因为果真如此的话，其经文以明明白白的语言表示了，凡是不信仰基督的人，其中包括我的父亲、兄弟以及几乎我所有的好朋友，都要永世受到惩罚。这真是一种可诅咒的教义。”
20多年后，当达尔文病重时，爱玛又给他写了一封类似的信。但是一切已晚。在科学理性和亲人感情之间，达尔文选择了前者。他知道这样的选择对爱玛来说意味着什么。基督教“可诅咒的教义”在他们之间划下了一片“痛苦的空间”（爱玛语），达尔文只能默默承受。他珍藏着这两封他没有答复的“美丽的信”，把它们和他的手稿放在一起。晚年的某一天，达尔文翻出了第一封信，想到了爱玛无法摆脱的苦恼，想到了她永远不变的爱，就在信的下方加了一句：“当我死时，你要知道，有许多次，我亲吻它并为之哭泣。”
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