虽然许多人养过这种鱼，但是试图繁殖它的人并不多，所以就没有人注意到它有很奇特的生殖行为。到春天天气转暖时，雄鱼会游到水面上吸气，然后沉入水中，一边吹气一边吐黏液，形成无数小气泡，粘在一起浮在水面上。这是雄鱼为下一代准备的巢。泡巢筑好后，雄鱼去找雌鱼示威、跳舞、求爱，如果雌鱼拒绝其求爱，或者雌鱼还没有成熟，恼羞成怒的雄鱼会攻击它，甚至将其咬死。如果雌鱼接受了求爱，雄鱼会缠住它，让它的身体翻转过来，腹部朝上产卵，雄鱼则躺在雌鱼下面对卵受精。在受精卵下沉时，雄鱼会用口，把卵粘到泡巢上。雌鱼产完卵以后，雄鱼就将其赶走，自己一直守住泡巢，驱赶任何试图靠近的鱼。大约一两天后，幼鱼孵化出来了，暂时住在泡巢中。雄鱼还会继续守卫，如果有幼鱼掉下来，它会把幼鱼拖回巢中。再经过三天，幼鱼可以自由活动了，这时雄鱼才把它们从泡巢中拉出来。
由于这种筑巢习性，叉尾斗鱼需要平静的水面，因此它们只能生活在池塘、水库、沟渠、稻田等静水或死水之中。此外，它们对环境倒没有什么挑剔的，在溶氧量低的水中也能生存。因为叉尾斗鱼有两套呼吸器官，除了用鳃吸收水中的氧气，鳃的后侧还有一个特殊的辅助呼吸器官——迷器，迷器上面的毛细血管与空气接触时能够吸入空气中的氧气。所以，叉尾斗鱼常常快速地将头浮出水面呼吸空气，有时动作过快，甚至跃出了水面，跳到了鱼缸外，让人以为是在自杀。
叉尾斗鱼在野外如此之多，生命力如此顽强，似乎不至于遭到灭顶之灾。但是，1990年，台湾清华大学进行了调查，发现原本在台湾地区分布广泛的叉尾斗鱼（台湾称为盖斑斗鱼）由于栖息地的丧失、农药和工业污染等原因竟然已濒临灭绝，促使台湾农委会在当年8月31日公告将之列入珍贵稀有保育类野生动物，予以保护，并实施复育计划。近年来，由于注意到野生叉尾斗鱼特别喜欢吃孑孓（据统计，一尾野生叉尾斗鱼一天能吃300多条孑孓），有助于灭蚊，台湾一些机构有系统地组织小学生繁殖、放养、观察这种“环保鱼”。儿时的玩耍因此被赋予了新的意义。
导致台湾地区斗鱼濒危的那些因素在大陆也存在，而且日趋严重。大陆现在也有人开始关注对这种美丽有趣而且有益的小鱼的保护，这是值得鼓励的。
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