记录显示伦敦的死亡人数从每周1000-2000人持续上升，到1665年九月，平均每周已经有7000人死亡。到深秋时候，疫情得到了一定程度的控制。到1666年二月，城市才被认为安全到可以迎接国王了。
然而，躲在牛律的查理二世及其王公大臣们，仍然恣意享乐，照旧过着骄奢淫逸的生活。他们对伦敦灾民的疾苦熟视无睹，也没有采取任何有效措施来阻止瘟疫的扩散。这场大瘟疫连同斯图亚特复辟王朝的残忍和腐朽，深深地刻在了英国人民的记忆中。不久就爆发了光荣革命。
9月2日、3日，伦敦城遭遇了一场大火，烧毁了大部分蓄存病菌的房屋，这是疫情得以控制的开端。另一个可能的原因是，大部分被感染的人群都已经死掉了。此后伦敦城在大火过后的基础上重建，城市在这场瘟疫过后又获得了的新生。
黄热病：无法估量的损失
1648年，黄热病在西印度群岛的巴巴多斯崭露头角，此后的两个世纪里，黄热病在美洲、非洲及少数欧洲国家流行，故又称为“美洲瘟疫”。
这种黄热病也叫做黑呕病，开始时是寒颤和发烧，患者感到浑身虚弱、背痛、头痛、四肢酸痛，这些症状逐渐加重。更严重的情况下会发生呕吐——呕吐物因胃出血而发黑。两到三天后发烧、寒颤和疼痛消退。对于那些较为幸运的患者（大约占十分之七）疾病就此结束，并且幸存者从此终生免疫。对于另外的人，则只有两三天的轻松，随后发烧和吐黑水再次发作，病人的鼻子和牙床开始渗血。当肝脏发生功能障碍时，患者肤色会像得了黄疽病一样发黄，精神失常，经常剧烈挣扎。当然也有少数人在这最后的阶段也奇迹般的康复，但大多数患者会陷入昏迷，直到惊厥和死亡结束他们的痛苦。
当时殖民者惊奇地发现，许多非洲黑人对黄热病具有极强的免疫力，但众多的欧洲白人以及当地的印第安人却毫无抵抗能力。
据当时不完全统计，发病的一个月里，就有近80%的患者死亡，尸体多到掩埋不迭。很快，黄热病从巴巴多斯传播到西印度群岛，并进一步在中美洲各地登陆。此后的两百多年间，黄热病横扫整个美洲，来自欧洲的白人殖民者成为其重点打击对象。
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