美国调查小组也提出了自己的观点，但是与埃及方面的观点相差甚大。美方认为，990航班的副驾驶有意自杀，并最终造成了这次不幸事件。美国专家分析飞行记录仪之后，认为有人关掉了位于驾驶室内的开关掣，而这个开关掣负责控制飞机的两个引擎，关闭它无疑等于让飞机下坠。因而美方推测，关闭开关掣的那个人有自杀的企图。
这并不是没有先例，两年前，新加坡航空的子公司胜安航空在印尼坠机，很多人就怀疑是飞机上有人想自杀造成的。当时胜安航空公司的一架波音737客机在由新加坡飞往印尼首都雅加达，不幸在途中坠毁，机上104人全部丧生。事后调查人员就发现该航班机师朱卫民“有个人问题”，是他在蓄意令飞机坠毁。
据美国国家运输安全委员会说，在自动操作系统突然被关闭约20秒后，990客机的两个引擎被关闭，飞机随即俯冲入大西洋。美国国家运输安全委员会怀疑的是备勤机师。当时，机长离开驾驶室，飞机就是由备勤机师控制着。是他有意把飞机坠落在大西洋上，于是他就关掉了飞机的自动导航系统。当时他还不停念着“tawakaltalaallah”，这是阿拉伯语，意思是“我把信念都交托给神”，作出了和正机师挽救客机完全相反的操作。上述论证只不过是美国调查人员的猜想，未经过任何证实，但在给上级的报告中，他们指出了可能有杀人倾向或自杀倾向这种说法。
美方的这个调查结果自然引来埃及政府的强烈不满，他们坚决认为是飞机的机件问题导致了这场意外的发生。在一些西方国家中的埃及社群，也对美国的这份报告十分不满，他们认为，埃及人是根本不喜欢自杀的。
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