在内战时期，亚伯拉罕·林肯没有躲在后方，而是亲自指挥战斗。同南部的奴隶主进行了斗争，美国联邦政府最终在他的领导下，保护了国家的利益与统一，加快了美国社会前进的步伐。
1865年4月14日，亚伯拉罕·林肯遇刺，4月15日早上停止了呼吸，这个与全世界人民争取自由的斗争紧密联系在一起的传奇人物，被他的人民称为“新时代国家统治者的楷模”的伟大总统，永远地离开了这个世界。
在林肯总统遇刺身亡之后，在1864年大选时当选为副总统的安德鲁·约翰逊接替了林肯总统的职位。上任后，摆在他面前的问题就是要面临关于如何惩治分裂主义分子和处理奴隶的选举权问题。安德鲁·约翰逊对分裂主义分子采取了宽大的政策，而对于后者，他实行了严厉政策。在任期内，他对南方种植园的奴隶主们表明了自己的立场，对南方方面实行了一系列重建措施，他的这种逆时代潮流的决定在当时受到了控制国会的共和党激进派的强烈反对。他们发起了弹劾约翰逊的运动，虽然未能成功，但使约翰逊因此而名声扫地。
在南北战争中，有一位拥有赫赫战绩的将领，这就是继安德鲁·约翰逊的美国第18任总统尤利塞斯·辛普森·格兰特。这位无敌尤利西斯、阿波麦托克斯英雄，他是美国历史上第一位军人总统。
在1864年3月，林肯总统亲自命令他担任将军，尤利塞斯·辛普森·格兰特在战斗中利用自己的智慧，迫使南方的军事总司令罗伯特·李向他投降。1868年，尤利塞斯·辛普森·格兰特当选为总统，任期从1869年3月4日开始到1877年3月4日结束。
尤利塞斯·辛普森·格兰特作为一名军人，十分善于战斗。可是对于政治管理方面，他却并不能随心所欲地控制和管理，于是，他的赫赫战绩和他平淡的政绩就形成了鲜明的对比。尤其到了第二任期时，他那种对南方奴隶主妥协让步以及贪污的举动和姑息养奸的态度，引起了美国人民的强烈不满。导致的结果是他再次执政的愿望落空，不得不离开了白宫。
1865年到1887年是美国南方重建的重要时期。同时也是南北双方在政治与经济上争取资产阶级经济民主和政治民主斗争的继续。在林肯、约翰逊两任总统和国会激进派的三个重建方案的推动下，尽管最终结果是南方重建以南北两种势力的妥协而告终，可是，南方社会的经济结构却已经开始向资本主义的农业化慢慢地发生着卒，南北两方面的矛盾也发生了相应的重要转化，就是代表着两种不同社会制度的政治势力矛盾，转化为代表维护资本主义的生产关系的不同利益集团的内部派别争斗。从整体上来讲，战争之后的南方经济制度和社会政治，已经发生了有利于工业资产阶级和资本主义发展的缓落化，虽然，这种缓慢的变化方式，使美国保持了南北两地的巨大差距，但是，某些奴隶制的势力和残余势力依然在南方保留了下来。
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