通常有大约二十名的伊贺忍者被任命为伊贺者，属加藩奉行，分为两组，一组人的任务不是一般佣兵的工作，而是以刺探为中心，参勤交代之时则跟在藩主身边。他们集中居住在江户染井的居所中，归染井留守役调配。其他十人住在至今仍能从地名中看到的上野市忍町的宿舍，并在当地从事忍者的工作。
逐渐地，伊贺者的工作看起来变得不像忍者了。一直到了幕末，造反和外国船只的出没逐渐增多，他们作为忍者的技能再次有了用武之地。其中最著名的历史事件是壬生野村泽村甚三郎在嘉永六年（1853），于佩里来航之际潜入对方的船中，作为最后的忍者进行了侦查。
但是，伊贺者在藤堂藩初期被称为“忍者之众”，“忍者”的叫法当时是“盗贼”之意，这个名称在武士阶级来说是蔑视用语，因此在世人听来这个名称并不那么好，所以“伊贺者”的叫法开始出现。藩主们对伊贺者名声的忌讳之心也可谓有趣。
除了伊贺者之外，当时还有无足人制度。所谓“无足人”，就是平时务农，但被准予拥有姓和带刀的准武士，无足人有四种之多。当中北伊贺方面的无足人作为准战斗要员，活跃在伊贺者之下，我们将在后面提到的松尾芭蕉，也是一位出自北伊贺的无足人。
不久江户幕府灭亡，伊贺者也失去了靠山，无法再靠忍术生活。但是，他们又一次顽强地生存下来了，凭借利用忍术的特殊技能他们可以比较轻松地从事其他各种职业。他们因为精通草药采制，所以有部分在药业医疗方面工作。而火药知识能大派用场的烟花师，以及学校、消防、警察、园艺师、画师、街头艺人、绳结制作等职业，都能让忍术大显其能，他们也以此来适应明治以后的生活。
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