其中的伊贺忍者，其实是从所谓的“恶党”演变而来的。
“恶党”，日本历史上是指从镰仓幕府后期到南北朝期间一直为统治者所镇压的地方武装势力以及零散的武装农民。当然，今天我们说这个名词的时候，已经没有了褒贬的意义，只是习惯性地沿用了那个时代的称呼而已。
位于南伊贺与大和国境线上的笠间峠和黑田庄（三重县名张市），都因曾经是“恶党”出没之地而闻名。在这里有着东大寺的大庄园，而在对抗中成长起来的“恶党”——地方武士集团，慢慢地演变成了忍者军团。
当时，因为要建造东大寺巨大的七堂伽蓝，所以无论是建造还是修补，都需要大量的木材，而且需求频繁，即使是甲贺也有大量木材被征用。建造所使用的木材，大都是从伊贺黑田周边的山上砍伐运走的，还需要有人负责制材、运输的任务。所以，不久以后，东大寺开始享有免除杂役的特权（在佛寺、神社从事交通、土木工程等杂役可以被免除年贡）侵占公田，将这些田地庄园化，并因此与拥有邻接庄园的兴福寺产生了对抗。同时，朝廷方面也围绕着土地的界线、河流山岳的拥有权等，一再地与东大寺的特权进行斗争。
时移世易，随着源、平之战爆发，武士集团开始渐渐抬头，各大名的家臣的领地也开始在庄园内出现。这个时候由于豪族大江氏的势力扩大，东大寺开始被迫处于守势。而此刻搅乱东大寺庄园的，就是以大江氏势力为依靠的“恶党”。
他们先是在通往笠间峠途中的黑田坂拦路抢劫，抢夺东大寺的年贡等纳入物，继而又封锁了通往东大寺庄园的道路，在路上设置鹿角，修筑城郭，阻断庄园纳入物的运输。不久后这些行动愈演愈烈，如强抢年贡租税、强行收割稻谷等，同时煽动农民赶走东大寺的工人，杀害神职人员，占领东大寺所属的各处庄园。这种势头一直到南北朝时代都没有衰弱，而东大寺则依靠足利幕府的力量对他们进行镇压，但“恶党”们却投靠了南朝，并因此得到南朝的支持而继续采取对抗行动。
在长期的战斗中，“恶党”们开始形成了自己独特的战斗风格，他们与武士的战斗风格有着明显的不同，所使用的武器也不同于武士，所以黑田“恶党”无疑已经具备了伊贺忍者的最基本要素。
另外，他们还将夺取到的年贡在村落里储藏起来，积累财富，所以在不久后又产生了村落守护体制，他们也因此脱去了“恶党”的外衣，开始获得了地方武士的地位。
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