1927年4月，商务馆张元济先生的亲笔信也可证明这一消息：
张元济致曹云祥信
庆五先生阁下：
前日文旆远临，获聆教益，快慰无既。辱荷枉存，尤增光宠。翌日冒雨造访，适遇公出，未获晤谈，藉伸别绪，怅望之至。昨奉手书，藉悉台从安抵京师，并知贵校已议改组。董事会一经成立，想阁下必可即日南来。际此时变，愈益艰难，万端待理，亟盼贤者之指导耳。王君处先已去信，系托乃翁转达者，尚无回信，承询谨复。沪局骤变，闸北顿遘巨灾，至堪怜。惟敝公司幸托福庇，尚未殃及。辱承垂注，不胜感谢。外致梁任公一信，并乞转付为荷。十六年四月十一日
曹云祥最终没有去商务馆任职。虽然不清楚其中的原因，但通过这些资料可知，清华国学研究院发生风潮之前，曹云祥就已经做了要离开清华的打算。
邢军纪说：
有句话叫家家有本难念的经，清华也是这样。曹云祥是何等样人？他能隐生退意，足见清华有难事。难事之一，虽说清华经费充足，但断奶有日，按照庚款协定，到1940年为限，依照当下旧制，颇有坐吃山空之虑。断奶之际，也是清华大限来临之日。曹云祥不想被人骂，三十六计，走为上计。其二，此时国内大学蜂起，清华自周诒春始，就计划改革校制，使其跟上时代，成为一所新型大学，但是，若真要推行，何其难哉。比如张彭春一来就提出学校与游学完全分开，停招旧制留美预备社，游美学额完全公开透明，并对全国大学开放，公开考试，公开录取，不再为清华学子所独有。像这样激进但却颇为现代的举措，真要实施，曹云祥却勉为其难。因为这要触动在校学生的根本利益，他们本来可以搭上旧制列车直通欧美，突兀告知要取消这个特权，其憎怨情势可以想见。作为一校之长，他必然是首当其冲，而张彭春不过是他身后人物。一想到自己成了众矢之的，而张彭春却成了观看靶子的人，曹云祥就不高兴。他的中庸之道告诉他，此事行不得也，哥哥。其三，曹云祥在清华后期，已经成长为政治人物和社会活动家，他对于清华的注视，不再是专注的，而是漂移的，不再是专情的，而是心不在焉的。
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