1927年，旧制学生（游美预备部，当时只剩下两个年级，应分别于1928、1929年毕业留洋）鉴于该部既已停办，要求不要再留校念下去了，提前留学算了。教务长及评议会绝大部分成员均表示反对。外交部闻讯拿不定主意，发函与曹云祥校长说：“提前出洋有违校章，以难照准，但旧制学生程度究竟如何，外交部不甚明了，请校长查明呈复。”曹云祥在既未征询教务长意见，又未通过评议会的情况下，便答复外交部说：“高三可以提前出洋，高二可于明年出洋。”教务长梅贻琦认为这是越权行为：“以校长关于学生之程度一层，既未询问教务长，上述之办法更未征求教务长及评议会意见，递而呈复外交部既易引起误会，于手续尤为不合，因而呈请辞职。”此事最终迫使外交部不得不收回成命，曹云祥作了检讨方才平息。
1927年10月6日，在评议会上，曹云祥报告：董事会已经改组，章程亦已公布。但不久，国学研究院突发风潮。蒋天枢《陈寅恪先生编年事辑》（增订本）记载：“（1927）11月，研究院发生风潮。起因为：外交部聘梁任公先生为庚款董事会董事。按章程规定，校长由董事中互选。曹云祥恐梁先生将代之为校长，暗中运动教职员反对，教育系教授朱君毅独甘为奔走，嗾研究生王省上书云‘研究院教员旷职（时任公先生因病返津），请求易人。’曹将信油印寄与任公，欲迫令去职。全院同学闻之大愤，质问王省，尽吐实情。于是同学们一方面赴津，请求梁先生勿辞，一方面请求外交部，撤换曹云祥及朱某。”
风潮发生后，《清华周刊》发文解释称：研究院同学于本星期二发出宣言，谓迩来有人阴谋破坏研究院；评议会通过议案，由校长致函梁任公示意劝其辞职，而梁以此为有辱彼人格，已函复校长谓不能自动辞职。若当局不满意，可以辞退等语。该宣言长凡数千言，校长与梁任公原函均在上面。现校长处已出条告谓评议会并未通过取消研究院之议案，亦未有劝梁辞职之意，研究院同学或系因传闻失实，发生误会，故特将评议会原案公布。想此种因误会而生风波，一经解释，即能平静云。
不管事件的真实情形如何，最终结果王省被开除，朱君毅辞职。到1927年12月30日，校评议会议决：大学部及研究院学生欲居住校外者，须先得教务长之许可，就是必须得到梅贻琦的许可。但一切住外费用均须自理。曹云祥见大势已去，随即发表辞职报告：本人于三日前已向外交部提出辞呈，大意谓校事稍有基础，将来发展，自当让贤云云，大约不久将有批文来校，本人于实际上确有种种之困难，故此次辞职一事，纯系根本不能继续问题，并非仅因研究院事而起。
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