即便对皇帝，张居正也表现出威严的一面来。
明神宗即位时，仅十岁，皇太后把朝政交给了张居正的同时，也把教育小皇帝的责任交给了他，因此张居正身兼二职：首辅与帝师。小皇帝一切都仰赖张居正的辅佐，他对身材颀长美髯及胸的长者既敬重又畏惧。一次明神宗在读《论语》时，误将“色勃如也”之“勃”字读作“背”音，张居正厉声纠正：“当作勃字！”声如雷鸣，吓得神宗惊惶失措，在场的官员们无不大惊失声。慈圣皇太后为了配合张居正的调教，在宫中对神宗严加看管，动辄谴责：“使张先生闻，奈何！”在太后和皇帝的心目中，张居正的地位与威权之高可想而知。
由上可见，钢铁般的意志是张居正的核心性格，他就是以这样的铁腕手段行事、执法，镇压动乱和打击反对派。对内如此，对外更加如此。
张居正崇尚军事家孙武，用兵法治理国政，推行“杀以止杀，刑期无刑”“盗者必获，获而必诛”的主张，给敌对势力以无情的镇压。并以打击的力度考核官吏，遇有镇压不得力的，一概杀无赦。所谓:“约束不明，申令不熟，将之过也；约束已明，申令已熟，而士不用命，则士之过也，杀之无赦。”这一杀气腾腾的指令，以立法的形式驱使官吏肆无忌惮地镇压一切不服从朝廷的政见和动乱。他还放手任用酷吏治理边远地区，如殷正茂是个心狠手辣的枭雄，为人贪酷，名声不好，任用他遭到多人反对，可张居正认为只有他才能解决问题，力排众议，任命他为两广总督，他一上任即大张旗鼓地镇压蓝一清、赖元爵起事，杀了上万人，平息了这一风波。张居正在给他的信中，不无得意地说:“大功克就，岭表辑宁，朝士大夫始服公之雄略，而信仆知人之明。”万历元年，张居正刚上台，就面临广东潮州一带的反明势力的叛乱，在给殷正茂的信中说:“大抵南贼譬之蔓草，铲尽还生。从古以来经略南方者，皆未能以一举而收荡平之功，其势然也。今当申严将令，调益生兵，大事芟除，见贼即杀，勿复问其向背。诸文武将夫有不用命者，宜照敕书，悉遵军法从事，斩首以徇。了此，则诸不逞之人，皆破胆而不敢旁睨矣。不惜一朝之费，而贻永世之安。”
“见贼即杀，勿复问其向背”，这是非常残酷的镇压理论。用战争时期形成的孙子兵法，治理和平时期的内政，必然崇奉暴力。综观他的内外政策，除了对蒙古俺答实施优抚政策外，对境内的动乱和治安，不论是起义还是盗贼，力行诛杀，从不手软。万历五年徽州织丝机工抗税，他认为:“此事虽由殷石汀(殷正茂)议处欠当，然既奉钦依，则令由上出，乃不行申诉，辄纠众鼓噪，是抗王法也。此而不惩，则天下效尤，渐不可长。”在他明知此事是官府处理不当而引起的纠纷，本可协调解决的，仍然制止申诉，只是因为令已发出，为了不使天下效尤和朝廷的脸面，照样施以惩办，使闹事的机工冤沉海底。虽然他也有符合民意的，认为地方动乱之源是在官吏不良的言论，但他考察官吏以功实为准的实质，实际上重视的是镇压是否得力，公然鼓励施暴。毫无疑问，有些小股起义乃是弱势群体对压迫的反抗，在他看来，不论起因如何，只要冒犯朝廷，一概杀之无赦，以暴力彻底摧毁任何可能有的反抗，巩固明王朝的统治才是他最终的目的。
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