1月19日，盟军总部发布特别通告，宣布成立远东国际军事法庭，以对日本战犯进行审判。在该法庭于5月正式开庭前，麦克阿瑟即指令在马尼拉成立特别军事法庭，对山下奉文和本间雅晴等战犯进行审判。山下在麦克阿瑟进攻吕宋岛时曾下令军队撤出马尼拉，但他未能阻止留守日军的暴行，这一点特别令麦克阿瑟愤恨。当审讯还在进行时，麦克阿瑟致电法庭，认为没必要拖延时间，要求迅速结案。结果，法 庭于2月间判处山下死刑。山下不服，提出上诉。9名法官中也有2人提出异议，认为这是利用法律来达到复仇的目的。麦克阿瑟在复审时表示找不到有什么可"从轻发落之处"，其判决是无可非议的。3月23日，"马来亚雄狮"山下奉文赴刑。本间被认为是制造"巴丹死亡行军"的罪魁祸首。日本人是在战后才得知这一事件真相的，天皇知道后马上剥夺了本间的军职和各种勋章。像山下一样，他被匆匆判处死刑。本间的辩护律师和墨菲法官对判决结果提出抗议，认为这是一次极不正常的审判。本间的夫人甚至亲自去向麦克阿瑟求情。但在复审书中，麦克阿瑟认为"被告以军事权力和军事必要性为名，集体消灭那些不能再为战争出力的人，其罪行之凶残与危险已到了无以复加的地步。……如果被告不应得到这种判刑结局的话，那么司法史上就没有什么人应得到这种结局的了。"5月3日，远东国际军事法庭在东京正式开庭，对28名主要战犯进行起诉。审判一直持续到1948年11月12日，期间有两人死亡，一人因病终止审判。最后包括东条英机在内的7名战犯被判死刑，16名被判无期徒刑，其余两人为有期徒刑。
与此同时，修宪工作也在加紧进行。这项工作始自上一年的10月，当时币原内阁组织了一个以国务大臣松本烝治为首的宪法问题调查委员会。经过三个月的酝酿，松本向内阁会议提交了一份宪法修改草案。但该草案基本承袭了原来的帝国宪法，仍维护天皇的统治大权，只不过把"天皇神圣不可侵犯"改为"天皇至尊不可侵犯"。在草案正式提交盟军总部前，《每日新闻》于2月1日抢先披露了草案内容。对这一极为保守的草案，麦克阿瑟当然是不能接受的。在惠特尼的鼓动下，他决定采取"冲击疗法"，于2月3日下令由惠特尼领导的民政局亲自拟定修改方案，并提出修改三原则：1．天皇处于国家元首地位，皇位世袭；天皇依据宪法所行使的职能要体现国民的基本意志。2．日本要废止运用国家权力发动战争，放弃以战争作为解决争端的手段；日本不拥有军队和交战权。3．废除日本的封建制度；贵族的权利只限于尚在的一代。
根据这一指示，惠特尼领导一班人马从2月4日起日夜奋战，进行了一周的突击作业，完成了新宪法草案，在经过麦克阿瑟批准后，于2月13日交给日本方面，希望日方以该草案为蓝本迅速起草一份日本的方案。最后出台的宪法草案被称为"麦克阿瑟草案"，实际上是美国制度与英国制度的结合物。它把天皇降到了只是"国家象征"的地位，确立了像美国政府那样的三权分立体制。国会两院将由民选产生，首相由众院选举，并直接对国会负责。对这样一部体现主权在民的彻底冲击日本国体的宪法草案，最初日本政府怎么也无法接受。2月21日，币原拜会麦克阿瑟，试图寻求松动，但麦克阿瑟对他说："象征天皇制和放弃战争，这是不容变更的两大原则。只因规定了这两个原则，才排除了苏联的反对而维持了天皇制。在当今国际形势下，美国方面提出的草案是绝对必要的修正方案，也只有这样，才能保住天皇的地位。"这话一点不假。实际上，币原心里也明白，当时国际社会对天皇一片讨伐之声，要把他作为战犯进行审判，甚至要求彻底废除天皇制。在这种情况下，麦克阿瑟能够不顾这些呼声坚持保留天皇，已经是够宽容的了，作为孤立的想重返国际社会的战败国还有什么可讨价还价的呢？重要的是天皇保住 了，至于其地位如何已无关紧要。这样，日本方面终于决定接受"麦克阿瑟草案"，并马上投入了起草工作。3月7日，东京各大报在"主权在民"、"放弃战争"等大标题下登载了新宪法草案，同时还刊登了麦克阿瑟的声明："令人非常满意的是，今天我能向你们宣布，天皇和日本政府决定向日本人民提出一部我完全赞同的、崭新的、开明的宪法。"
新宪法草案公布后，立即在广大群众中引起强烈反响。人们在街头巷尾、在报纸上、在家庭中、在工作岗位上等一切场所进行讨论和辩论，并提出各种各样的修改意见。总的来说，绝大多数日本人是拥护这部草案的，他们对草案把天皇制的保留和主权在民的思想加以调和，有"一种安心之感"。据5月27日《每日新闻》的调查结果，支持草案有关天皇地位的规定者占85％，反对者占13％；对是否有必要放弃战争问题，70％认为有必要，28％认为无必要。从6月到10月，日本召开第90届临时议会对草案进行审议，在经过一些小的改动和文字推敲后获得通过。11月3日，新宪法正式颁布，并于第二年(1947年)的5月3日起施行。
新宪法的颁布保障了日本向现代资产阶级民主制度的平稳过渡，对战后日本的复兴起了重大作用。它除了在日本的国体、政体及放弃战争与武装力量等方面作出重要规定外，其改革精神几乎触及到日本社会的方方面面。其中包括建立地方议会、地方自治政府和地方警察机构，实行地方自治制度，从而改变了过去那种中央集权的领导体制；实行国家公务员制度，国民有权选举和罢免公务员，从而改变了过去那种带有浓厚军事封建色彩的官吏制度，等等。更可贵的是，它最大限度地吸收了各国宪法中有关保障国民权利的条款，并结合日本的实际加以充实和扩大，成为资本主义国家宪法中关于国民权利规定最详细的一部宪法。当然，这部宪法从某种意义上来说是麦克阿瑟强加于日本的，然而在当时的情况下，麦克阿瑟这样做无疑是正确的、进步的、无可非议的。他在回忆录中对他的这一杰作相当得意，说该宪法"是历史上最自由的宪法"，甚至认为"这部宪法也许是占领当局唯一最重要的成就，因为它给日本人民带来了他们前所未有的自由与权利"。美国前总统尼克松则称："在现代政治史上还没有一个人物能像麦克阿瑟那样被称作法典制订者。他几乎成了一个半神话式的人物——在政治上高瞻远瞩，能够按照理想的模式独力改造一个社会。"
1946年4月10日，即在麦克阿瑟的新宪法草案出笼后不久，日本根据新的选举法举行了战后第一次国会选举。在这次选举中，1300多万妇女首次获得了选举权，在1300多万张选票上写上了她们所要选的人。由于妇女参政及一张选票可以连记几个候选人，其选举结果在日本政界引起极大变动。在新选出的466名议员中，没有一个政党在国会中占有半数以上的席位，其中自由党14l席，进步党94席，社会党93席，协同党14席，5席，其他党派38席，无党派81席。新议员的成份也有了巨大变化，老牌职业政治家只有6人进入议会，其他议员来自各个阶层。妇女破天荒地有39人当选为议员。在宣布选举结果的第二天，一位立法界人士来见麦克阿瑟，非常不安而苦恼地对他说："我遗憾地告诉您，有一件可伯的事情发生了。"麦克阿瑟一惊，忙问是什么事。那个人回答说："有一个妓女被选进了众议院。"麦克阿瑟又问："她得了多少票？"那个人叹口气说："25．6万张。"麦克阿瑟尽可能郑重其事地对他说："那么我应当说，这恐怕不会是全靠她那暖昧的职业得来的吧。"过后，他给全体当选议员包括那位妓女在内，发了贺信。
解放妇女，是麦克阿瑟津津乐道的得意之事。他在回忆录中写道："在驻日占领当局所完成的一切改革中，我感到最悦意的无过于妇女地位的改变了。"的确，日本妇女现在走出家门，开始在她们以前从未涉足的领域工作，有的甚至当上了警察。她们积极参加工会组织，取得了同男子同工同酬的权利，甚至被允许休产假。在高等学校，她们现在可以与男生同校，接受与男子同等质量的教育。有关婚姻家庭的法律也是建立在男女平等基础上的，废除了歧视女性的所有规定。
尽管大选达到了麦克阿瑟的预期效果，但大选后的日本却面临着严重的政治危机。由于币原所在的进步党在议会中只得了94席，这样币原内阁就没有继续存在的依据了。币原本人在选举后还想以稳定政局和修改宪法为由，企图继续留任。但自由党、社会党、协同党和组成"打倒币原内阁联合委员会"，迫使币原内阁于4月22日宣布总辞职。看来，由自由党单独或联合其他政党组阁是顺理成章的事了。但恰在此时，盟军总部于5月3日发出指令，把自由党总裁鸠山一郎列入清洗之列，属于不受欢迎的人。这样，由自由党单独组阁便失去了基础。
这期间，日本又面临着严重的粮食危机。从年初开始的粮荒逼得人们走投无路，纷纷走上街头抗议示威。从5月1日劳动节起，在全国范围内要求供应粮食的示威运动不断高涨。5月12日，东京要米大会的游行队伍涌进皇宫，向天皇上书，在这种情况下，为了尽快结束"政治空白期"及社会动荡局面，吉田茂被推举为自由党领袖，准备与进步党联合组建"粮食内阁"。
吉田茂是个老牌外交家，战前曾任外务省次官和驻英大使，不赞成日本军国主义的侵略政策。战争期间，作为主和派因主张与盟国早日媾和而于1945年6月被捕，坐了一个多月的班房。同年9月17日，他接替重光葵就任外务大臣，与盟军总部多有来往。他不靠一团和气、有求必应来笼络人心，也不靠唯唯诺诺、有令必行来取悦占领当局。他甚至有时也和麦克阿瑟顶牛。据说在任外相不久后的一天，吉田茂与麦克阿瑟因意见分歧发生了激烈的争论，气得麦克阿瑟在房间里迈着大步走来走去。吉田见到这一情景不禁想到动物园中关在笼子里的狮子，于是忍俊不禁笑出声来。这一笑更激怒了麦克阿瑟，他厉声质问："笑什么？"吉田大胆地如实招来："我感到像是在狮子笼里听教诲，忍不住就笑了。"自进占日本后，麦克阿瑟还是第一次见到如此不逊的日本人。他目瞪口呆地紧盯着吉田，终于也忍不住笑了起来。吉田那天非常开心，回到家里就笑着问女儿："你见过狮子笑吗？"从那天起，他们两个人建立了良好的私人友谊和工作关系。麦克阿瑟信任吉田茂，欣赏他的才能，喜欢他那种不加粉饰的诙谐和机智。因此，他对吉田能出任首相感到满意，并希望他尽快组阁。
但一波未平，一波又起。5月19日，东京25万群众在皇宫前广场举行"粮食五一节"集会，作出成立民主人民政府的决议，并进入皇宫交涉。皇宫前的事态震动了占领当局。第二天，麦克阿瑟发表声明："我认为有必要提醒日本国民，这种有组织、有领导的群众性暴力活动和人身威胁行为日益增加的倾向，将严重威胁日本未来的发展。……今后不再允许不法分子的暴力行动。这种行为不仅是对有秩序的政府的威胁，也是对盟军占领日本的目的及其安全的威胁。如果日本社会中少数分子不能保持现阶段和当前形势下所要求的自制和自重，为了管制和纠正这种值得忧虑的状态，我将不得不采取必要的手段。"
麦克阿瑟的声明对吉田茂组阁无疑是一个巨大鼓舞，但他并不急于求成。他明白，在组阁之前必须首先解决粮食问题，否则他的内阁是站不稳的。他也清楚，游行示威虽不是好事，但也可以利用它向占领当局施加压力，让美国向日本出口粮食。他对手下人说："如果全国的老百姓打着红旗示威游行一个月，美国人就会很快把粮食运来的。"果然，麦克阿瑟面对日本内阁迟迟不能组建再也坐不住了。5月21日夜，他派车去接吉田茂，当面向他保证："只要我当最高统帅，就不会让一个日本人饿死。"20分钟后，吉田回到首相官邸，脸上带着微笑对左右说："这样组阁的条件就具备了。"次日晨，吉田内阁宣告成立。
与此同时，麦克阿瑟向华盛顿要求调运太平洋地区美军的库存粮到日本。但美国众议院拨款委员会对把军粮用于援助前不久的敌国表示异议。作为回答，麦克阿瑟申诉了自己的理由，并警告说："给我面包，要不就给我子弹。"他得到了面包，实现了自己的诺言，也赢得了日本人的敬佩和信任。从5月底起，粮食源源不断地运到日本。至9月份，这些粮食几乎占了日本居民全部配给量的80％以上，使日本度过了艰难的粮食危机期。从这时起，日本国民，特别是城市居民开始感到有了希望，并渐渐把麦克阿瑟当作他们心目中的神来祟拜。据说有一天，有个老樵夫来到东京，在盟军总部前停下来。他先朝麦克阿瑟的将旗深深鞠了一躬，再转过身来朝皇宫方向深鞠一躬。这位老人代表了大多数日本人的心态。在他们眼里，天皇是他们永恒的精神支柱，而麦克阿瑟则是：他们敬畏的"幕府将军"。
麦克阿瑟在日本所取得的另一个重大成就是进行土地改革。战前日本的土地制度是寄生地主制，约有一半耕地集中在少数靠收取高额地租过活的地主手中。麦克阿瑟称这种所 有制为"实质上的奴隶制"。这种制度一方面严重阻碍了资本主义在农村中的发展，造成生产力水平低下，农民生活极为困苦；另一方面又严重加剧了农村中的阶级矛盾，引起农民的普遍不满和反抗，租佃纠纷比比皆是，搅得社会动荡不安。麦克阿瑟从进占日本之初，即确定了解放农民的方针，并就此向日本政府发出过指令。币原内阁曾于1945年12月提出一项农地改革方案，但该方案所制订的改革措施极不彻底。它允许地主把土地分成若干份给家属，并有权以自耕名义收回出租土地，因此，它实际上是一个保护地主过关、维护地主阶级利益的方案。对这样一个方案，占领当局及盟国方面显然不能接受。1946年5、6月问，对日理事会的苏联和英国代表先后提出各自的改革方案。在此基础上，麦克阿瑟于6月向日本政府提出自己的土改方案。该方案规定，由国家征购不在村地主的全部出租土地，然后以分期付款方式转卖给佃农；在村地主保有的土地为l町步(约合0．4英亩)，超过部分也由国家收购；每一农户的自耕地不超过3町步；残存出租地的地租改以货币支付。这场彻底的革命性改革，堪称战后日本最成功的改革。至1950年，共有约500万英亩的土地被征购，475万余户佃农(相当于农户总数的%75)买到了土地，85％以上的可耕地转到自耕农手中。这样，日本农村中的阶级关系通过改革发生了巨大变化：不在地主阶层被完全消灭了，纯粹的佃农仅占600万农户的5％。租佃关系已不再是农村中的基本生产关系，而代之以自耕农为主的小农经济体制。麦克阿瑟称他的土改是"占领当局所取得的最有深远意义的成就之一"。的确，日本战后的土地改革具有划时代的历史意义。它彻底完成了清除封建土地制度的历史使命，打破了使日本农民处于奴隶化地位的经济桎梏，解放了农村生产力，调动了广大农民的积极性；为日本农业的发展开辟了真正解放的道路，为日本经济的重建确立了新的基础。土改后，日本的农业生产很快恢复到战前水平，到1960年农产量增长了60％。
在经济领域，麦克阿瑟还对曾充当军国主义侵略战争工具的日本银行体制、财政体制和税收制度等方面进行了重大改革，建立起一系列使经济正常而健康运转的配套设施。他把日本银行变成不受各种势力所左右的自主性中央金融机构，把财政大权完全置于国会和国民监督之下，并确立起以直接税为主、间接税为辅的新税制。
在对政治体制和经济体制革新的同时，麦克阿瑟的改革还触及到思想文化特别是教育领域。战前及战时的日本，政府对学校实行集中控制，严格而带有歧视性。教科书中充满了对天皇的崇拜及军国主义和极端民族主义的鼓噪。目的在于严格控制对青少年的培养，使之成为没有独立思想和人格的、绝对服从天皇意志和国家政策的工具。战后初期，日本文部省曾于1945年9月15日发布《新日本建设的教育方针》，但该方针推行的仍是一条维护天皇制国体、坚持教育敕语①思想体系的路线。因此，麦克阿瑟在占领之初即提出废除军国主义教育，实行学校教育自由化，采取以培养民主国家国民为宗旨的进步的教育制度，以改变日本人的性格与志趣，造就向往自由与和平、具有独立人格的新一代人。从1945年10月起，他发布了改革日本教育的一系列指令，内容涉及学校管理、教员任免、课程设置及教学内容等方面。1946年1月，他要求华盛顿派教育使团来日本，以向盟军总部提出有关今后日本教育改革的具体方针和措施。该使团于3月到达日本后，对日本教育的历史与现状进行了考察，于月底向麦克阿瑟提交了一份报告书。该报告书指出，日本教育的改革方向是尊重人权和机会均等，培养具有多样性、自发性和创造性的人。为此，它提出要大幅度削减文部省的行政管理权，由监督行政改为指导行政；设立地方教育委员会，以实行彻底的地方教育分权化；推行"六、三、三、四"制的新学制，把原来的六年义务教育改为九年；实行单轨制教育，使人人都有上大学的权利。4月，麦克阿瑟批准并公布了该方案，并责令日本政府于第二年正式实行新体制。根据这一指示，参照美国使团的报告书，日本政府于1947年3月颁布新教育法。新教育法的施行，彻底废除了战前地主资产阶级性的、极端民族主义的、天皇至上的教育敕语思想体系，树立了以美国为样板的、现代资产阶级性的、以尊重个人价值和尊严为前提的、旨在培养充满独立自主精神的和平爱好者与社会建设者的自由教育思想体系。日本学生第一次享受到以开发智力为主要目的的教育，它完全改变了日本青少年的性格与志趣。麦克阿瑟不无得意地说："在一个几年前在观念上还几乎完全是军国主义的社会里，我们发现大多数儿童现在最感兴趣的是职业和日常世界。实际上，在几百个儿童中，对军人生涯感兴趣的只有一个，而这个儿童想当麦克阿瑟将军！"
①1890年10月， 日本文部省以天皇名义颁布《教育敕语》作为国家权威的德育教育方针，其中心思想是宣扬天皇权威至高无上。
麦克阿瑟所推行的改革对战后日本的历史产生了极深远的影响。在1951年4月他被解职时，吉田茂在向全国发表的广播讲话中动情地说："麦克阿瑟将军为我国利益所做的贡献是历史上的一个奇迹。是他把我国从投降后的混乱凋敝的境地中拯救了出来，并把它引上了，恢复和重建的道路，是他使民主精神在我国社会的各个方面牢牢扎根。"尼克松则称麦克阿瑟"是历史上最进步的占领军司令之一，而且是其中少数政绩卓著者之一"；他"留给后人的最大业绩"，不是第二次世界大战中用兵如神的才能，而是在日本所推行的民主改革。他本是个打仗的里手，现在却成了改革的行家，这完全是靠着他的魄力、胆识与博学来实现的。他使用独裁的手段，完成了使日本永远摆脱独裁的任务。这正是：底下出民主，独裁也能造自由。
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