如前文所述，大学研究是国家基础研究体系的基石，是创新的基本。然而由于资金和参与研究机构有限，日本大学在很多重要领域内缺少好的研究项目。他们集中于应用研究而非基础科学研究。由于教员的提拔依据的是资历和相关背景，所以在新领域内进行创新研究的动力非常微小。本世纪，日本在科学领域内获得5次诺贝尔奖，而美国获得180次，德国60次，丹麦和奥地利这样的小国家也各获得9次。
日本研究力量的核心主要在公司内部，其次是政府实验室。日本历史上，私人企业禁止向大学研究项目投资。直到1998年，教育省才废除了禁止学术机构接受企业基金的限令。
由于缺乏生气勃勃的大学体制，日本尽量通过干预和津贴来进行弥补。日本对单个公司授予r&d津贴的做法扭曲了市场，而且政府援助的企业r&d项目很麻烦并鼓励战略上的趋同性。正如我们在第二章中描述的，合作r&d不是最优选择，而且一直以来对日本的竞争力只能产生有限的影响。合作r&d的使用应当是有选择性的，而且限于远离商业化并且不威胁竞争的研究项目。项目的组织应便于参与者之间的知识交流。
1999年9月，日本教育省宣布了一项涉及99个国立大学和学院的彻底改革。教育省计划将这些学校重新划分为独立管理机构，以人为地实现10年内削减25%的中央政府雇员的目标。然而，独立管理地位不会给大学的运作带来更独立的自由。比如，教育省计划对大学校长进行指派，而目前大学校长是由内部选举产生的。涉及到大学项目调整的官方程序依然是死板的。
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